genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27409359--27409411	25	2.1	25	100	0	106	37	32	7	22	1.82
27412816--27413038	39	5.7	40	84	8	248	24	26	22	26	2.00
27412816--27413038	79	2.8	80	82	9	246	24	26	22	26	2.00
27431044--27431083	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
27431239--27431299	30	2.0	30	87	0	86	37	9	22	29	1.87
27431996--27432026	13	2.4	13	100	0	62	45	12	29	12	1.80
27448130--27448208	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27448371--27448896	47	11.1	47	94	0	827	28	30	10	31	1.90
27460221--27460328	37	2.9	37	93	4	182	25	31	20	23	1.98
27460530--27460723	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
27460623--27460694	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
27465277--27465507	118	2.0	112	80	6	248	51	10	5	32	1.58
27465918--27465959	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
27467539--27467736	90	2.2	91	89	3	303	27	26	15	30	1.96
27471128--27471187	30	2.0	30	86	0	84	40	8	25	26	1.84
27475493--27475631	69	2.0	69	100	0	278	25	10	21	42	1.84
27478725--27478783	29	2.0	30	83	3	75	40	6	25	27	1.80
27489599--27489633	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
27489830--27489875	17	2.7	18	74	19	53	52	6	2	39	1.40
27489989--27490066	26	3.0	26	83	9	88	67	2	0	29	1.03
27490000--27490065	31	2.1	31	81	15	75	69	1	0	28	0.97
27490000--27490066	5	13.0	5	80	12	55	70	1	0	28	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27493971--27494286	45	7.0	45	75	4	255	18	19	16	45	1.86
27501394--27501472	34	2.3	33	82	8	88	25	26	21	26	1.99
27516361--27516524	44	3.8	43	83	6	188	26	20	27	25	1.99
27516352--27516524	45	3.9	45	83	6	203	26	20	26	26	1.99
27529869--27529963	34	2.8	35	79	6	97	26	24	22	27	2.00
27535641--27535740	35	2.9	35	90	4	157	40	30	11	19	1.86
27535642--27535756	35	3.3	34	86	7	151	39	31	10	19	1.85
27538087--27538307	40	5.6	40	83	5	279	27	26	22	23	2.00
27538087--27538307	120	1.8	119	90	4	356	27	26	22	23	2.00
27545146--27545387	50	4.9	49	80	7	227	30	25	18	25	1.98
27545202--27545285	28	3.2	28	68	25	92	28	29	17	23	1.97
27555481--27555530	24	2.1	24	100	0	100	26	12	32	30	1.92
27555605--27555636	16	2.0	16	93	0	55	43	15	25	15	1.86
27556215--27556319	27	3.9	26	70	7	77	43	21	5	28	1.75
27556269--27556410	27	5.3	27	78	4	144	38	23	9	28	1.87
27556270--27556424	54	2.9	54	74	6	163	38	25	9	27	1.87
27572929--27573010	34	2.4	34	83	4	94	25	25	23	25	2.00
27584328--27584361	16	2.1	16	94	0	59	47	17	17	17	1.84
27584598--27584666	28	2.4	29	87	2	95	24	13	36	26	1.92
27584966--27585090	27	4.7	27	79	2	117	42	20	7	30	1.78
27585020--27585140	27	4.5	27	74	9	86	39	21	9	29	1.84
27584966--27585148	80	2.3	80	82	8	203	39	21	8	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27585020--27585140	54	2.3	54	80	1	136	39	21	9	29	1.84
27585607--27585638	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
27587452--27587669	40	5.5	39	86	4	224	26	20	27	26	1.99
27595571--27595608	20	1.9	20	88	0	58	10	36	31	21	1.87
27610382--27610444	33	1.9	33	83	0	81	28	20	23	26	1.99
27614316--27614413	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
27626024--27626243	40	5.6	40	80	5	241	26	26	22	24	2.00
27631518--27631663	37	3.9	37	94	0	238	26	30	19	24	1.98
27631869--27632062	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
27635827--27636041	46	4.6	46	74	11	161	26	26	17	30	1.97
27636657--27636717	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27643196--27643265	25	2.8	25	95	0	122	22	22	27	27	1.99
27643468--27643709	27	9.0	27	87	3	290	24	20	18	36	1.95
27643469--27643709	54	4.5	54	87	1	322	24	20	18	36	1.95
27643700--27643919	27	8.1	28	82	6	213	30	8	22	39	1.83
27643702--27644161	27	17.2	27	84	5	175	34	8	22	33	1.86
27643700--27643907	81	2.6	81	85	3	260	29	8	21	40	1.82
27643900--27644186	27	10.7	27	89	1	391	37	9	24	28	1.86
27645954--27646097	24	6.0	24	89	2	209	28	21	20	29	1.98
27646147--27646213	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
27646147--27646202	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
27659767--27659998	49	4.7	49	84	3	311	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27664967--27665162	50	3.9	49	78	3	221	28	26	18	27	1.98
27674905--27675062	43	3.7	43	78	7	153	24	15	25	33	1.95
27679797--27679834	20	1.9	20	94	0	67	42	18	13	26	1.87
27684805--27685349	40	13.6	40	93	0	894	27	19	27	25	1.99
27692055--27692317	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99
27718977--27719137	43	3.8	43	74	6	132	27	26	19	26	1.99
27727627--27727688	27	2.3	27	94	0	106	41	8	12	37	1.73
27727952--27728113	41	4.0	41	88	0	234	24	24	25	25	2.00
27728261--27728319	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
27729993--27730172	40	4.5	40	90	3	283	24	28	22	23	1.99
27735576--27735698	46	2.6	46	84	5	140	23	30	20	26	1.99
27741174--27741374	46	4.3	47	77	9	173	21	30	19	28	1.98
27743302--27743340	2	19.5	2	94	0	69	0	2	46	51	1.14
27754055--27754313	27	9.6	27	86	0	331	40	20	8	30	1.82
27754055--27754447	54	7.3	54	80	2	380	38	21	8	31	1.84
27754055--27754368	27	11.7	27	78	9	119	38	21	9	30	1.84
27754390--27754491	27	3.8	27	77	2	71	41	21	7	29	1.81
27754055--27754505	81	5.6	80	72	7	347	39	20	9	31	1.84
27754494--27754733	27	9.0	27	87	4	326	33	19	22	25	1.97
27754494--27754733	53	4.5	54	87	3	326	33	19	22	25	1.97
27754494--27754733	80	3.0	79	87	3	329	33	19	22	25	1.97
27754460--27754734	53	5.1	54	83	6	303	34	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27755160--27755224	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
27755383--27755443	26	2.3	27	85	2	79	14	22	22	39	1.91
27755398--27755456	27	2.2	26	84	3	73	18	23	20	37	1.94
27755593--27755766	6	27.8	6	69	20	90	18	15	14	51	1.77
27755593--27755766	31	5.5	31	90	0	240	18	15	14	51	1.77
27767913--27767959	16	3.2	16	71	22	57	46	8	4	40	1.54
27773344--27773431	45	2.0	45	88	0	131	37	13	12	36	1.83
27777282--27777453	93	1.8	93	91	0	281	29	30	19	20	1.97
27777274--27777443	46	3.7	45	79	10	191	30	30	19	20	1.97
27777325--27777468	46	3.1	46	71	14	125	30	29	18	21	1.97
27785989--27786326	39	8.6	39	89	3	296	27	26	21	24	1.99
27785970--27786319	117	3.0	115	81	7	359	28	27	21	22	1.99
27790139--27790297	27	5.9	27	83	11	177	33	22	25	18	1.96
27790157--27790300	54	2.7	54	94	4	247	34	23	25	17	1.96
27790689--27790718	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
27791885--27791963	26	3.0	26	100	0	158	35	26	7	30	1.84
27795466--27795794	48	6.9	48	86	2	428	24	17	30	27	1.97
27795466--27795797	143	2.3	143	86	2	477	24	16	30	27	1.97
27795466--27795827	191	1.9	193	83	3	471	25	16	30	27	1.97
27799674--27799710	18	2.1	18	100	0	74	32	40	16	10	1.83
27815437--27815872	47	9.3	47	89	2	637	32	11	30	26	1.91
27815723--27815844	22	5.3	22	64	21	70	33	12	29	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27818106--27818509	48	8.5	48	80	5	398	26	17	28	26	1.98
27818106--27818469	144	2.5	144	83	2	444	26	17	29	27	1.97
27833016--27833250	50	4.7	49	81	6	267	31	24	16	26	1.96
27833016--27833250	101	2.4	99	86	4	312	31	24	16	26	1.96
27835840--27836000	80	2.0	80	100	0	322	34	14	16	34	1.89
27842047--27842107	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
27852230--27852389	46	3.5	45	83	5	189	25	21	31	21	1.98
27855765--27855937	93	1.8	93	88	2	265	20	20	29	28	1.98
27855769--27855945	46	3.8	46	76	14	173	20	20	29	29	1.98
27887640--27887703	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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