genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73568672--73568855	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	25	2.00
73576173--73576356	40	4.6	40	82	4	228	25	22	26	26	2.00
73576173--73576392	80	2.8	79	84	4	266	24	22	26	26	2.00
73591837--73591918	34	2.4	35	72	8	80	28	18	24	29	1.98
73597205--73597435	48	4.9	48	70	12	181	27	19	23	29	1.98
73619933--73620030	27	3.5	28	86	5	119	33	28	13	24	1.93
73619932--73620030	28	3.5	28	86	5	112	33	29	13	24	1.93
73623047--73623200	40	3.9	40	93	0	256	27	22	28	21	1.99
73623047--73623227	80	2.3	79	86	5	249	28	23	27	20	1.99
73626067--73626128	25	2.4	24	80	17	63	59	0	4	35	1.19
73626875--73626931	30	1.9	30	85	7	80	40	8	14	36	1.76
73628728--73628823	42	2.3	42	94	5	169	19	34	28	17	1.95
73628788--73628855	29	2.3	29	100	0	136	14	36	25	23	1.93
73632542--73632652	43	2.6	43	75	1	116	33	23	18	25	1.97
73639426--73639489	33	1.9	33	90	0	101	23	25	14	37	1.92
73645430--73645460	16	1.9	16	100	0	62	25	32	25	16	1.96
73645462--73645529	34	2.0	34	100	0	136	32	29	20	17	1.96
73645553--73645668	6	18.8	6	72	15	76	49	12	18	19	1.79
73645570--73645640	19	3.8	19	72	10	74	47	12	19	19	1.81
73645604--73645668	25	2.6	25	90	0	103	46	13	20	20	1.84
73645553--73645659	37	2.9	37	83	4	126	48	12	19	19	1.80
73646301--73646424	27	4.6	27	82	4	142	27	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73646284--73646417	54	2.5	53	79	3	151	26	20	17	35	1.94
73648612--73648686	11	7.1	11	72	13	59	29	17	14	38	1.89
73648614--73648674	21	2.9	21	85	0	77	32	16	13	37	1.87
73648826--73649128	27	11.2	27	88	0	399	25	18	18	36	1.94
73649112--73649345	27	8.7	26	78	5	191	30	6	21	41	1.78
73649195--73649345	54	2.8	54	90	0	248	29	6	20	43	1.77
73649195--73649345	27	5.6	27	86	0	203	29	6	20	43	1.77
73655718--73655763	24	1.9	24	100	0	92	63	4	4	28	1.33
73655713--73655768	24	2.5	21	81	15	76	60	5	5	28	1.41
73655755--73656010	130	2.0	130	100	0	512	47	5	5	41	1.50
73661820--73661895	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
73663084--73663228	40	3.6	40	82	4	166	27	24	24	23	2.00
73680005--73680080	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
73681269--73681413	40	3.6	40	84	4	175	26	24	25	24	2.00
73694653--73694677	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
73698221--73698268	24	2.1	22	81	14	53	45	33	2	18	1.61
73699844--73699922	39	2.0	39	92	0	131	44	21	2	31	1.66
73701119--73701151	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
73706495--73706564	21	3.3	21	81	15	74	20	5	0	74	1.02
73706495--73706574	5	15.8	5	73	21	69	20	5	0	75	0.99
73706506--73706574	26	2.6	25	80	13	68	20	4	0	75	0.97
73714951--73715035	43	2.0	43	82	13	104	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73721294--73721377	43	2.0	43	83	9	109	23	26	20	29	1.99
73722679--73722835	43	3.7	43	80	6	176	28	15	24	31	1.95
73726058--73726226	46	3.7	46	71	16	159	20	19	28	31	1.97
73729895--73730239	173	2.0	173	96	0	636	25	24	20	30	1.99
73735804--73735884	41	2.0	41	92	0	135	22	20	13	43	1.87
73736593--73736644	25	2.1	25	100	0	104	44	3	21	30	1.70
73746553--73746804	40	6.3	40	90	1	285	24	19	26	28	1.99
73748176--73748398	39	5.7	39	94	2	351	24	27	22	24	2.00
73753348--73753385	17	2.2	18	95	4	69	13	50	26	10	1.73
73759270--73759376	54	2.0	54	85	3	144	17	20	22	39	1.93
73759269--73759375	27	3.9	27	82	9	119	17	21	22	38	1.93
73766969--73767077	27	4.0	26	82	8	119	18	23	21	36	1.95
73766966--73767075	54	2.0	54	87	3	159	17	24	20	37	1.94
73768505--73768615	43	2.6	43	83	0	141	28	17	27	26	1.97
73778546--73778669	43	2.9	42	83	4	144	29	13	27	29	1.94
73794083--73794164	42	2.0	42	85	9	114	23	31	28	17	1.96
73795159--73795250	48	1.9	48	88	0	139	28	26	20	25	1.99
73797305--73797372	34	2.0	34	85	5	93	23	23	22	30	1.99
73819126--73819335	39	5.3	39	93	2	325	25	21	27	25	2.00
73826435--73826657	39	5.7	40	86	8	266	25	21	27	25	2.00
73826435--73826657	79	2.8	80	84	9	271	25	21	27	25	2.00
73826435--73826690	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73829544--73829649	44	2.4	45	82	7	128	31	26	16	25	1.97
73830101--73830140	21	1.9	21	94	0	71	40	25	5	30	1.77
73831910--73831953	22	2.0	22	86	0	61	52	0	2	45	1.13
73832037--73832092	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
73832025--73832088	34	1.9	32	87	6	92	50	3	0	46	1.17
73836759--73836934	46	3.8	46	76	12	180	20	19	29	30	1.97
73836756--73836927	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
73844329--73844500	47	3.7	47	87	8	237	22	20	28	28	1.99
73851661--73851709	23	2.1	22	82	14	55	73	8	8	10	1.25
73866878--73866937	28	2.1	28	82	11	70	26	31	13	28	1.94
73867006--73867042	19	2.0	19	89	5	58	16	37	18	27	1.92
73867149--73867191	16	2.7	16	88	0	59	6	18	20	53	1.67
73871376--73871422	23	2.0	23	100	0	94	25	12	25	36	1.92
73873936--73874053	43	2.8	42	81	7	157	28	25	15	30	1.96
73882268--73882321	26	2.1	26	100	0	108	40	14	11	33	1.82
73882797--73883060	145	1.8	144	86	4	379	36	10	25	27	1.89
73884718--73884792	9	8.4	9	81	8	91	40	24	10	25	1.87
73884718--73884789	26	2.7	26	89	6	101	40	25	11	23	1.87
73884837--73884932	17	5.3	17	68	14	66	51	14	3	31	1.58
73884829--73884918	17	4.8	19	70	14	80	48	15	4	31	1.65
73884792--73884942	37	4.1	37	92	0	241	47	14	6	31	1.70
73887674--73887832	32	4.9	32	88	3	176	33	22	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73887825--73887978	29	5.3	29	94	0	254	25	29	12	32	1.92
73887927--73888195	31	8.7	31	86	3	303	28	27	15	27	1.96
73887927--73888195	93	2.9	93	88	2	355	28	27	15	27	1.96
73913080--73913343	45	5.9	45	92	2	401	23	22	28	25	1.99
73913189--73913385	45	4.5	42	86	6	132	25	21	28	24	1.99
73916578--73916652	23	3.0	23	72	20	78	37	14	18	29	1.91
73917417--73917448	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
73917418--73917448	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
73921869--73921900	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
73921870--73921900	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
73922509--73922624	24	4.9	24	81	5	119	32	32	13	20	1.92
73923938--73923994	17	3.2	17	77	5	60	42	5	0	52	1.24
73928646--73928750	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
73933884--73934116	49	4.7	50	84	2	317	25	18	27	28	1.98
73933887--73934116	100	2.3	98	87	2	325	25	18	27	29	1.98
73937781--73937826	5	9.4	5	77	13	51	73	0	2	23	0.94
73937754--73937831	16	4.8	16	75	15	63	69	1	2	26	1.09
73937765--73937821	10	5.5	11	74	18	52	70	1	1	26	1.07
73937921--73937992	36	2.0	36	94	0	126	25	16	44	13	1.85
73938244--73938297	22	2.5	22	81	3	65	20	33	29	16	1.95
73939788--73939828	15	2.7	15	92	3	64	43	21	2	31	1.66
73941550--73941613	30	2.1	30	91	0	101	18	23	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73941703--73941733	16	1.9	16	93	0	53	25	0	9	64	1.24
73942948--73943224	27	10.3	27	87	1	378	42	22	16	19	1.89
73942948--73943197	107	2.3	108	90	0	394	42	22	16	18	1.88
73943216--73943595	27	14.0	27	80	4	410	26	13	19	40	1.89
73944792--73944843	25	2.0	26	92	3	88	19	19	23	38	1.93
73946089--73946194	24	4.4	24	87	1	140	18	37	4	38	1.72
73961931--73962014	32	2.6	32	79	7	89	29	26	16	27	1.97
73961936--73962014	33	2.4	34	80	8	99	30	24	16	29	1.96
73963637--73963729	24	3.9	24	91	0	141	22	37	3	36	1.71
73970389--73970610	27	8.3	27	82	1	257	42	21	15	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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