genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83017940--83017974	17	2.1	17	100	0	70	34	11	11	42	1.77
83021242--83021343	37	2.8	37	93	0	177	44	27	10	17	1.82
83021230--83021356	37	3.5	37	89	1	175	45	28	9	16	1.78
83024368--83024541	46	3.8	46	90	3	269	26	31	7	35	1.84
83024569--83024809	47	5.1	47	94	0	428	25	28	12	34	1.91
83031377--83031426	12	3.9	13	71	12	50	60	0	6	34	1.21
83031456--83031520	21	3.1	21	76	8	62	58	0	4	36	1.19
83031601--83031650	19	2.7	19	81	6	59	66	2	6	26	1.26
83033312--83033755	119	3.7	119	89	0	627	31	18	15	34	1.93
83041700--83041749	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
83045528--83045561	7	4.9	7	100	0	68	58	0	0	41	0.98
83045528--83045571	21	2.1	21	83	8	54	59	2	2	36	1.23
83045909--83046032	18	6.8	18	68	17	78	58	1	5	33	1.31
83045919--83045983	21	3.1	21	78	8	71	60	0	4	35	1.18
83046064--83046113	19	2.7	19	84	6	68	68	2	4	26	1.18
83047764--83047808	20	2.2	21	84	4	56	55	6	0	37	1.26
83049113--83049171	27	2.2	27	78	3	66	33	10	13	42	1.78
83049181--83049244	32	2.0	32	81	6	76	34	4	15	45	1.67
83054151--83054291	27	5.2	28	80	14	154	36	22	22	18	1.95
83054133--83054291	81	2.0	80	82	6	196	35	21	23	19	1.96
83054175--83054291	54	2.2	54	96	0	216	35	23	23	17	1.95
83054395--83054470	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83055915--83055965	26	2.0	26	100	0	102	35	23	7	33	1.84
83059273--83059310	18	2.1	18	90	0	58	42	44	2	10	1.52
83059287--83059311	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
83059336--83059377	6	6.5	6	86	13	57	80	0	2	16	0.81
83059338--83059384	14	3.3	14	85	11	60	76	2	2	19	0.99
83059336--83059377	20	2.1	20	95	0	75	80	0	2	16	0.81
83059396--83059455	18	3.4	17	75	9	57	26	10	20	43	1.83
83061083--83061314	116	2.0	116	98	0	446	25	13	9	51	1.71
83066835--83066920	42	2.0	42	100	0	172	23	18	6	51	1.70
83079952--83079996	22	2.0	23	82	4	56	2	22	31	44	1.65
83081287--83081317	4	7.8	4	92	0	53	25	25	0	48	1.52
83082670--83082859	103	1.8	103	81	10	235	28	16	15	38	1.90
83082833--83083067	101	2.3	100	83	5	294	36	19	14	29	1.91
83082833--83083096	101	2.6	99	83	5	285	34	19	15	30	1.92
83083898--83083928	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
83083978--83084257	99	2.8	98	79	5	301	31	17	21	30	1.96
83083973--83084273	100	3.0	99	77	7	318	32	16	19	30	1.94
83084163--83084367	111	1.9	110	85	2	286	33	16	19	31	1.93
83089641--83089678	18	2.1	18	100	0	76	28	15	23	31	1.96
83099312--83099425	44	2.6	44	80	8	124	32	18	20	28	1.96
83099541--83099697	44	3.6	43	75	5	152	30	18	19	31	1.96
83104749--83104778	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83106816--83106954	40	3.5	40	94	2	235	27	29	23	20	1.98
83114440--83114538	40	2.5	40	93	3	164	26	29	24	20	1.99
83141483--83141519	19	1.9	19	94	0	65	35	5	0	59	1.20
83143078--83143110	14	2.2	16	89	10	52	21	15	12	51	1.75
83144340--83144385	24	1.9	24	81	0	56	34	23	23	17	1.96
83150845--83151202	119	3.0	119	91	0	592	33	15	18	31	1.93
83151127--83151415	83	3.5	83	88	2	413	33	16	20	29	1.95
83153067--83153116	19	2.7	19	84	6	68	26	4	2	68	1.18
83153133--83153166	15	2.3	15	90	5	52	32	0	5	61	1.20
83153146--83153271	18	6.9	18	72	16	91	34	4	1	59	1.28
83153197--83153261	21	3.1	21	80	10	80	35	3	0	61	1.12
83153208--83153257	23	2.1	24	85	10	68	38	4	0	58	1.17
83153623--83153648	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
83154916--83155099	50	3.8	50	79	13	222	24	31	19	25	1.98
83157961--83158131	92	1.8	93	90	3	274	27	29	21	22	1.99
83157953--83158127	46	3.8	46	78	15	191	28	28	20	22	1.98
83157958--83158146	46	4.1	46	72	16	133	28	28	20	22	1.98
83163776--83163995	46	4.7	47	77	12	179	24	31	17	26	1.97
83163819--83163987	92	1.8	93	83	8	229	22	30	18	27	1.98
83166137--83166190	26	2.1	26	100	0	108	50	11	7	31	1.66
83166353--83166396	21	2.1	20	84	16	54	40	0	0	59	0.98
83167974--83168014	17	2.4	17	87	0	55	21	39	17	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83179478--83179513	15	2.5	15	90	4	56	58	2	25	13	1.49
83180537--83180582	20	2.2	20	84	7	56	21	6	19	52	1.69
83184137--83184184	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
83184131--83184174	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
83184131--83184190	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
83187066--83187117	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
83190655--83190699	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
83193176--83193225	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
83194531--83194578	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
83194525--83194568	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
83194525--83194584	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
83195560--83195604	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
83200831--83200927	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
83201110--83201155	20	2.3	19	82	10	56	17	21	19	41	1.90
83208922--83208973	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
83214825--83215029	27	7.6	27	90	1	288	40	21	8	29	1.83
83214825--83215138	27	11.7	27	82	5	255	39	22	7	29	1.82
83215122--83215175	27	2.0	27	92	0	90	37	18	18	25	1.94
83215931--83215988	27	2.2	26	84	3	71	20	24	20	34	1.97
83219389--83219432	21	2.1	21	86	0	61	22	11	34	31	1.90
83219408--83219590	41	4.5	41	79	8	187	33	15	28	21	1.95
83219469--83219573	20	5.3	19	68	13	68	35	16	31	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83222861--83222940	27	3.0	27	88	0	97	37	22	8	31	1.85
83222919--83223064	27	5.4	27	84	0	166	36	17	19	25	1.94
83223986--83224128	6	23.3	6	72	14	105	20	17	13	48	1.80
83223986--83224064	31	2.5	31	85	0	104	21	17	12	48	1.80
83224014--83224128	49	2.3	49	86	2	160	19	19	13	48	1.80
83225063--83225099	19	1.9	19	88	0	56	32	13	8	45	1.73
83228782--83228807	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
83258953--83258996	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
83263186--83263285	24	4.1	24	79	6	85	38	12	22	28	1.89
83272341--83272407	28	2.4	28	87	5	91	34	23	11	29	1.91
83280234--83280303	28	2.5	28	93	4	115	32	28	12	25	1.93
83289617--83289788	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
83289610--83289785	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
83290995--83291208	107	2.0	107	99	0	419	28	22	13	35	1.92
83294209--83294471	47	5.6	47	91	2	411	33	7	28	29	1.86
83294209--83294471	93	2.8	95	90	4	408	33	7	28	29	1.86
83295883--83296154	40	6.8	40	93	0	436	23	21	29	25	1.99
83300173--83300436	47	5.6	47	92	1	429	33	7	29	28	1.86
83300173--83300436	96	2.8	94	93	2	438	33	7	29	28	1.86
83300173--83300436	143	1.9	141	94	1	465	33	7	29	28	1.86
83303442--83303517	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
83304703--83304847	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83311496--83311571	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
83312758--83312902	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
83318362--83318532	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
83318354--83318529	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
83324488--83324528	20	2.0	20	90	0	64	29	29	9	31	1.89
83327596--83327666	37	1.9	37	94	5	126	39	12	30	16	1.86
83335828--83336071	49	4.9	48	80	8	274	28	27	18	25	1.98
83335840--83336071	100	2.3	98	85	3	304	28	28	18	25	1.98
83338333--83338378	24	1.9	24	82	8	58	28	6	4	60	1.40
83343011--83343090	35	2.3	35	84	0	106	23	25	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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