Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  310  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101556666--101556779
40
2.9
39
74
10
106
42
27
14
15
1.87
101561760--101561793
17
2.0
17
88
0
50
47
0
2
50
1.16
101570064--101570108
21
2.1
21
84
8
56
40
20
22
17
1.92
101577865--101578577
135
5.3
135
89
0
1030
29
20
22
26
1.99
101577874--101578352
45
10.6
46
66
14
174
29
20
22
27
1.98
101580267--101580442
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
101580264--101580435
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
101582844--101582886
17
2.5
17
82
10
52
27
4
4
62
1.35
101583159--101583188
2
15.5
2
93
6
53
46
0
0
53
1.00
101584854--101584898
18
2.6
17
79
6
54
51
0
0
48
1.00
101584859--101584915
27
2.1
27
84
12
73
57
0
1
40
1.09
101591400--101591433
16
2.1
16
88
0
50
41
14
0
44
1.45
101594928--101595013
37
2.3
37
76
11
95
37
11
6
44
1.68
101596836--101596884
10
4.7
10
75
9
53
2
16
8
73
1.16
101596893--101596983
5
18.4
5
74
15
82
53
2
2
41
1.25
101599851--101600016
43
3.9
42
75
10
124
26
20
24
28
1.99
101599907--101600016
42
2.6
42
77
9
116
28
20
23
27
1.99
101602916--101602979
31
2.1
31
85
5
85
31
17
10
40
1.84
101603798--101603830
6
5.3
6
96
3
57
36
0
15
48
1.45
101604208--101604246
21
1.9
20
85
15
53
41
0
0
58
0.98
101605928--101605960
5
6.6
5
100
0
66
81
0
18
0
0.68
101608536--101608572
11
2.9
13
80
19
51
35
2
0
62
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101608755--101608966
107
2.0
108
96
0
390
41
8
6
44
1.60
101609552--101609597
20
2.3
20
75
13
51
47
0
0
52
1.00
101609757--101609877
61
2.0
61
96
0
224
28
19
3
48
1.65
101610692--101610721
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
101614203--101614425
40
5.6
40
86
3
236
24
20
28
26
1.99
101614279--101614460
79
2.3
80
82
1
215
25
20
28
25
1.99
101622112--101622336
80
2.8
79
81
3
227
24
20
28
27
1.99
101622165--101622334
40
4.3
40
90
0
225
24
20
28
27
1.99
101622188--101622369
79
2.3
80
81
1
206
25
20
28
25
1.99
101623775--101623812
19
2.0
20
84
5
51
36
5
21
36
1.76
101627849--101627898
10
5.4
9
79
11
57
62
0
4
34
1.14
101627849--101627941
37
2.5
34
77
16
96
58
0
4
37
1.18
101627856--101627935
40
2.1
37
84
11
99
60
0
5
35
1.19
101628311--101628353
21
2.1
21
91
4
70
55
0
2
41
1.12
101628568--101628611
20
2.2
20
87
0
61
31
0
4
63
1.14
101628571--101628621
18
2.7
19
82
11
61
29
1
3
64
1.22
101628560--101628677
47
2.5
46
81
6
139
33
1
3
61
1.22
101637245--101637319
18
4.2
18
89
0
114
29
8
20
42
1.80
101637247--101637317
36
2.0
36
97
0
133
29
5
21
43
1.75
101638275--101638300
9
2.9
9
100
0
52
46
42
0
11
1.40
101643978--101644004
14
1.9
14
100
0
54
37
22
7
33
1.82
101646024--101646061
19
2.1
19
90
9
62
76
0
23
0
0.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101650278--101650454
50
3.5
49
88
3
255
36
14
22
27
1.92
101650430--101650578
31
4.8
31
91
1
219
28
20
26
24
1.99
101650605--101650726
47
2.6
46
84
1
154
30
15
24
29
1.96
101650698--101650811
42
2.7
43
89
4
169
30
14
26
28
1.95
101655251--101655292
22
1.9
22
90
9
68
26
26
0
47
1.52
101657086--101657128
18
2.4
18
88
0
59
18
27
9
44
1.80
101660183--101660355
93
1.9
93
92
0
292
27
30
21
20
1.98
101660176--101660351
46
3.8
46
80
7
203
28
30
21
19
1.98
101660227--101660370
46
3.1
45
73
11
130
29
29
20
20
1.98
101663502--101664175
126
5.3
126
88
1
965
28
17
16
37
1.91
101663503--101664175
254
2.7
251
89
0
1022
28
17
15
37
1.91
101664289--101664343
17
3.2
17
87
7
76
54
29
0
16
1.42
101664452--101664509
17
3.4
17
88
4
82
53
29
0
17
1.44
101664199--101664815
164
3.8
161
85
6
811
41
21
2
34
1.66
101664492--101664530
15
2.6
15
95
0
69
48
30
0
20
1.50
101664641--101664697
24
2.4
24
91
2
89
54
29
0
15
1.42
101675368--101675400
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
101675682--101675955
46
6.0
46
91
0
361
21
24
14
40
1.90
101675697--101675959
92
2.9
92
90
0
400
21
24
13
41
1.89
101679575--101679629
26
2.1
26
89
0
83
41
16
14
27
1.87
101686295--101686340
24
1.9
24
90
0
74
41
17
13
28
1.86
101686523--101686580
24
2.4
24
88
0
80
55
17
6
20
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101689552--101689602
13
3.7
14
78
19
54
78
11
0
9
0.97
101703984--101704016
17
1.9
17
88
11
50
48
6
3
42
1.43
101708190--101708229
14
2.6
15
85
14
55
65
0
0
35
0.93
101712183--101712223
17
2.4
17
87
0
55
46
9
17
26
1.79
101712192--101712225
17
2.0
17
94
0
59
41
8
23
26
1.83
101718787--101718886
50
2.0
50
96
0
182
25
29
19
27
1.98
101723721--101723761
3
13.7
3
100
0
82
34
0
31
34
1.58
101724333--101724387
16
3.4
16
89
0
83
36
7
29
27
1.84
101724369--101724461
44
2.1
46
86
8
129
32
6
26
34
1.82
101724632--101724664
17
1.9
17
100
0
66
63
0
0
36
0.95
101724565--101724686
58
2.2
58
81
14
148
50
3
0
45
1.23
101729394--101729452
24
2.6
23
76
10
59
25
10
1
62
1.36
101733604--101733658
3
18.0
3
96
3
101
32
1
0
65
1.03
101734333--101734817
253
1.9
253
97
0
925
25
27
21
25
1.99
101735189--101735280
9
9.4
9
74
21
55
15
2
1
81
0.84
101735189--101735280
12
7.3
12
80
8
76
15
2
1
81
0.84
101735179--101735280
18
5.1
19
76
19
93
14
2
1
80
0.92
101735177--101735301
50
2.5
50
83
7
139
19
3
1
76
1.01
101735192--101735273
6
13.8
6
87
5
96
15
2
1
80
0.88
101735211--101735292
18
4.5
17
80
11
65
20
3
0
75
0.95
101735209--101735301
12
7.6
12
78
9
71
22
3
0
74
0.96
101738263--101738492
80
2.9
79
91
1
379
46
6
24
22
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101739082--101739119
20
2.0
20
94
5
69
71
0
28
0
0.87
101744535--101744562
3
9.3
3
100
0
56
35
0
0
64
0.94
101745738--101745815
19
4.1
19
72
11
61
56
0
5
38
1.22
101745740--101745836
10
10.3
10
73
17
75
58
0
3
38
1.14
101746202--101746258
19
2.8
21
73
24
59
59
0
3
36
1.14
101746209--101746244
18
1.9
19
88
5
56
63
0
5
30
1.17
101746202--101746266
10
6.7
9
78
18
60
60
0
4
35
1.18
101762853--101762903
3
17.0
3
84
15
70
33
1
0
64
1.05
101762853--101762903
14
3.4
14
87
12
75
33
1
0
64
1.05
101763520--101764000
254
1.9
253
95
2
855
25
27
21
25
1.99
101764337--101764443
11
9.6
11
72
14
78
14
2
0
81
0.86
101764335--101764445
43
2.7
43
84
6
131
15
3
0
80
0.90
101764337--101764411
1
75.0
1
70
0
51
10
2
1
85
0.76
101764337--101764428
6
15.5
6
77
17
70
13
2
1
83
0.79
101764337--101764421
5
16.8
5
81
11
61
12
2
1
83
0.80
101764351--101764445
27
3.5
26
77
14
84
16
3
0
80
0.85
101767405--101767634
80
2.9
79
91
1
379
46
6
24
22
1.76
101768224--101768261
20
2.0
20
94
5
69
71
0
28
0
0.87
101773674--101773701
3
9.3
3
100
0
56
35
0
0
64
0.94
101774877--101774954
19
4.1
19
72
11
61
56
0
5
38
1.22
101774879--101774975
10
10.3
10
73
17
75
58
0
3
38
1.14
101775343--101775399
19
2.8
21
73
24
59
59
0
3
36
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101775350--101775385
18
1.9
19
88
5
56
63
0
5
30
1.17
101775343--101775407
10
6.7
9
78
18
60
60
0
4
35
1.18
101783236--101783265
15
2.0
15
93
0
51
63
0
0
36
0.95
101787728--101787795
33
2.1
33
100
0
136
20
14
29
35
1.93
101793059--101793156
48
2.0
49
92
2
162
37
9
17
35
1.82
101796656--101796761
25
4.2
26
90
4
180
35
26
6
31
1.82
101796656--101796761
51
2.1
51
92
3
178
35
26
6
31
1.82
101803772--101803878
26
4.2
26
93
2
189
36
25
6
31
1.81
101803772--101803878
51
2.1
52
94
1
189
36
25
6
31
1.81
101815467--101815506
20
2.0
21
85
5
55
65
0
2
32
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333