Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  6  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1569212--1569258
21
2.3
20
85
10
60
29
2
2
65
1.15
1572609--1572643
16
2.1
17
94
5
63
54
0
5
40
1.24
1577157--1577238
38
2.2
38
86
0
110
30
12
8
48
1.70
1585176--1585210
12
2.8
12
91
4
52
60
0
8
31
1.27
1586820--1587329
44
11.8
44
70
11
207
27
22
20
29
1.98
1586775--1587330
175
3.2
175
87
3
734
27
22
19
29
1.98
1586775--1587338
85
6.5
85
76
8
487
28
22
19
30
1.98
1587092--1587328
41
5.6
41
73
10
219
28
22
21
27
1.99
1602824--1602925
30
3.4
31
82
5
113
28
22
4
44
1.73
1603267--1603309
3
13.7
3
85
9
59
69
0
30
0
0.88
1603266--1603351
7
12.9
7
77
18
67
76
0
23
0
0.78
1603270--1603354
6
13.3
6
77
16
82
77
0
22
0
0.77
1603460--1603507
12
3.5
13
78
16
53
77
10
8
4
1.12
1603458--1603510
26
2.0
26
89
10
81
75
11
9
3
1.16
1603519--1603571
26
2.0
26
85
0
70
30
45
18
5
1.73
1603654--1603712
5
11.8
5
77
16
52
83
0
16
0
0.66
1603651--1603713
11
5.6
11
78
17
76
82
0
17
0
0.67
1603659--1603713
7
7.4
7
84
15
67
83
0
16
0
0.64
1603654--1603712
15
3.5
16
80
15
66
83
0
16
0
0.66
1603651--1603713
22
2.8
23
83
11
85
82
0
17
0
0.67
1604066--1604108
22
2.0
22
86
8
63
34
13
9
41
1.77
1604212--1604280
36
1.9
35
85
2
93
27
14
13
44
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1604212--1604565
17
19.9
17
67
15
173
29
14
11
44
1.79
1604434--1604565
36
3.6
34
72
21
108
29
14
13
42
1.84
1606568--1606598
15
2.1
15
100
0
62
38
22
19
19
1.93
1611308--1611367
30
1.9
30
90
6
93
61
1
3
33
1.22
1618387--1618438
23
2.3
22
75
21
54
9
23
1
65
1.32
1618396--1618450
12
4.6
12
73
15
51
12
23
0
63
1.29
1618432--1618469
17
2.2
18
85
4
51
10
23
2
63
1.39
1621576--1621603
9
3.1
9
100
0
56
46
32
0
21
1.52
1622247--1622316
35
2.0
35
91
0
113
47
20
15
17
1.83
1622327--1622360
6
5.7
6
85
0
50
47
11
20
20
1.81
1622327--1622361
18
1.9
18
94
0
61
45
11
20
22
1.82
1622977--1623022
22
2.1
22
84
8
58
23
19
0
56
1.42
1624982--1625024
22
2.0
22
85
0
59
58
9
11
20
1.61
1624989--1625029
11
3.7
11
80
0
55
56
7
14
21
1.63
1627526--1627630
37
2.8
37
76
12
99
52
0
11
35
1.44
1627984--1628044
19
3.2
18
75
20
61
57
1
4
36
1.30
1628311--1628346
3
12.0
3
93
0
63
69
0
0
30
0.89
1628447--1628509
24
2.7
23
84
13
85
57
9
0
33
1.31
1628450--1628516
3
22.3
3
73
11
57
61
7
0
31
1.24
1628977--1629012
11
3.2
12
88
11
58
47
0
52
0
1.00
1629124--1629179
8
6.8
8
73
15
51
17
0
3
78
0.89
1629129--1629192
34
1.9
32
87
6
92
25
0
4
70
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1629119--1629186
26
2.6
26
77
9
75
22
0
4
73
1.01
1630068--1630663
44
13.6
44
74
11
381
26
21
20
31
1.98
1630068--1630616
87
6.3
87
75
11
399
26
22
20
30
1.98
1641717--1641765
17
2.6
21
69
27
54
53
0
10
36
1.35
1642116--1642164
19
2.5
20
83
9
66
59
4
4
32
1.35
1642426--1642461
3
12.0
3
93
0
63
69
0
0
30
0.89
1642494--1642532
11
3.4
11
85
7
51
71
0
2
25
0.98
1642497--1642547
19
2.6
19
73
14
50
68
0
3
27
1.07
1642570--1642615
15
2.9
16
84
15
60
56
10
0
32
1.34
1642574--1642606
6
5.5
6
86
13
50
54
12
0
33
1.37
1643203--1643261
8
7.2
8
74
11
57
16
0
1
81
0.78
1643203--1643257
6
9.2
6
80
7
51
16
0
1
81
0.77
1656329--1656433
37
2.8
37
76
12
99
52
0
11
35
1.44
1656800--1656848
20
2.6
17
77
22
53
59
2
4
34
1.28
1657243--1657306
23
2.7
23
84
11
76
57
9
0
32
1.30
1657246--1657313
3
22.3
3
73
8
57
61
7
0
30
1.23
1657923--1657974
14
3.4
14
74
23
50
19
0
3
76
0.93
1657935--1657971
19
1.9
19
88
0
56
24
0
5
70
1.08
1657926--1657988
33
1.9
32
84
9
83
25
0
4
69
1.07
1658886--1659434
44
12.6
44
74
12
379
26
22
20
30
1.98
1658886--1659436
87
6.3
87
74
10
238
25
22
20
30
1.98
1658876--1659306
177
2.5
170
79
5
495
26
22
19
31
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1670507--1670611
37
2.8
37
76
12
99
52
0
11
35
1.44
1670977--1671025
20
2.6
17
77
22
53
59
2
4
34
1.28
1671292--1671323
3
11.0
3
93
6
57
68
0
0
31
0.90
1671423--1671486
23
2.7
23
84
11
76
57
9
0
32
1.30
1671426--1671493
3
22.3
3
73
8
57
61
7
0
30
1.23
1671955--1671990
11
3.2
12
88
11
58
47
0
52
0
1.00
1672098--1672158
8
7.2
8
73
14
52
19
0
3
77
0.91
1672097--1672152
19
3.3
18
76
16
57
21
0
3
75
0.96
1676366--1676403
20
2.0
20
89
5
60
55
0
0
44
0.99
1676641--1676674
6
5.7
6
100
0
68
14
0
0
85
0.60
1682716--1683146
215
2.0
215
91
1
704
31
22
22
23
1.99
1683741--1684457
238
3.0
238
99
0
1427
36
16
15
31
1.90
1684418--1684483
26
2.5
26
100
0
132
48
18
12
21
1.80
1684181--1684712
264
2.0
263
97
1
1012
37
16
15
30
1.90
1685114--1685141
12
2.3
12
100
0
56
67
7
0
25
1.15
1686437--1686480
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
1686504--1686540
16
2.3
17
81
13
51
59
2
0
37
1.12
1686573--1686630
15
3.6
15
72
17
53
50
1
3
44
1.29
1688809--1688834
6
4.3
6
100
0
52
15
15
34
34
1.89
1694692--1694739
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
1694688--1694743
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
1694688--1694739
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1694902--1694954
22
2.3
22
87
6
70
50
7
7
33
1.59
1694894--1694954
24
2.7
23
84
5
79
52
6
8
32
1.57
1694943--1695010
30
2.3
29
84
2
82
58
4
4
32
1.37
1694973--1695029
25
2.3
25
84
0
69
59
1
3
35
1.25
1695470--1695572
30
3.4
30
93
0
179
22
2
49
25
1.64
1695565--1695590
11
2.4
11
100
0
52
46
0
42
11
1.40
1695535--1695613
41
1.9
41
94
0
140
30
2
45
21
1.65
1695575--1695655
30
2.7
30
90
0
135
27
3
45
23
1.69
1695505--1695650
71
2.1
71
97
0
274
27
2
47
22
1.65
1696402--1696451
14
3.6
14
86
7
75
64
6
14
16
1.48
1696431--1696673
76
3.3
73
82
5
290
34
20
17
27
1.95
1696660--1696687
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
1696581--1696763
89
2.1
88
87
5
271
38
19
16
25
1.93
1696669--1697689
73
13.3
73
75
14
672
33
21
17
27
1.95
1696899--1696926
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
1696423--1697609
239
5.0
239
89
5
1712
33
21
17
27
1.95
1696908--1697131
74
3.0
72
88
4
322
33
22
17
27
1.96
1697138--1697165
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
1696675--1697689
317
3.3
294
82
11
1064
33
21
16
27
1.95
1697639--1697744
54
1.9
54
83
9
135
37
18
15
28
1.91
1697781--1698021
122
2.0
123
89
3
369
39
21
13
25
1.89
1697900--1698074
71
2.5
70
84
3
210
34
22
14
29
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1707220--1707482
40
6.6
40
88
3
325
24
20
27
26
1.99
1707259--1707517
80
3.3
80
85
3
256
25
20
27
25
1.99
1709535--1709603
30
2.3
31
92
2
113
42
5
24
27
1.77
1709527--1709592
4
16.0
4
78
6
69
40
6
25
27
1.79
1711122--1711169
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
1711118--1711173
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
1711118--1711169
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
1711326--1711390
25
2.8
24
83
6
80
52
6
7
33
1.55
1711379--1711446
30
2.3
29
84
2
82
58
4
4
32
1.37
1711409--1711465
25
2.3
25
84
0
69
59
1
3
35
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333