genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23886751--23886867	53	2.2	52	84	4	144	26	29	10	34	1.89
23886750--23886868	27	4.4	27	78	6	125	26	29	10	33	1.90
23886770--23886894	53	2.4	53	81	8	139	29	26	10	33	1.90
23887031--23887077	23	2.0	23	83	0	58	25	14	27	31	1.95
23891762--23891806	20	2.2	20	84	0	54	35	15	26	22	1.94
23896186--23896232	10	4.6	10	80	12	51	61	0	2	36	1.08
23898262--23898348	37	2.3	37	83	15	99	42	22	8	26	1.81
23903796--23903879	27	3.1	26	74	6	78	32	33	17	16	1.93
23903794--23903909	54	2.1	54	83	0	142	31	32	17	18	1.94
23909478--23909502	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
23909835--23909939	42	2.5	43	79	4	124	29	20	21	28	1.98
23920359--23920383	13	1.9	13	100	0	50	24	40	28	8	1.83
23921875--23921968	27	3.6	27	76	12	99	25	25	13	35	1.93
23922838--23923023	6	30.8	6	72	19	147	47	15	17	19	1.83
23922838--23923023	85	2.2	84	94	0	318	47	15	17	19	1.83
23923140--23923204	26	2.5	25	85	9	85	38	24	21	15	1.92
23923140--23923213	26	2.8	26	78	15	82	37	22	22	16	1.93
23923522--23923604	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
23923811--23924011	79	2.5	79	81	5	235	26	20	19	33	1.97
23923804--23924011	27	7.8	27	84	3	251	26	19	19	34	1.96
23923804--23924011	53	3.9	54	85	5	271	26	19	19	34	1.96
23924007--23924185	26	7.0	26	79	12	156	40	8	21	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924007--23924185	51	3.5	51	81	9	177	40	8	21	28	1.83
23926182--23926374	6	31.8	6	70	19	116	49	12	16	21	1.79
23926182--23926346	30	5.7	30	72	17	150	49	12	16	21	1.78
23926182--23926374	85	2.2	85	82	5	224	49	12	16	21	1.79
23926491--23926556	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
23926491--23926564	27	2.8	26	80	13	80	35	22	24	17	1.95
23926704--23926762	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
23927131--23927326	27	7.4	27	84	2	227	26	20	17	35	1.95
23927131--23927335	54	3.9	54	85	4	265	26	20	18	35	1.95
23927332--23927680	27	13.0	27	83	6	422	42	10	20	26	1.85
23927332--23927680	134	2.6	134	88	1	504	42	10	20	26	1.85
23934065--23934344	105	2.7	104	87	3	375	31	17	22	28	1.97
23941469--23941554	30	3.0	29	81	13	97	10	12	16	60	1.59
23941478--23941557	15	5.4	15	76	18	78	10	13	13	62	1.54
23943940--23944115	46	3.8	46	75	10	178	21	18	29	30	1.97
23943936--23944108	93	1.9	93	91	0	283	21	19	30	29	1.97
23946619--23946956	118	3.0	115	82	12	448	37	5	3	53	1.42
23946619--23946811	62	3.2	61	74	14	211	36	5	2	55	1.37
23946735--23947014	104	2.7	105	91	4	441	36	6	3	53	1.45
23947113--23947220	9	12.1	9	73	16	82	43	13	2	39	1.59
23947121--23947217	16	6.1	16	72	9	72	43	14	3	39	1.61
23947108--23947220	34	3.4	34	76	14	128	43	15	2	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23947108--23947289	64	2.7	64	83	6	202	43	14	2	38	1.60
23947255--23947326	9	8.2	9	77	9	60	48	15	0	36	1.45
23947248--23947322	34	2.2	34	85	4	98	50	14	0	34	1.43
23952131--23952168	14	2.5	15	83	16	51	39	13	0	47	1.42
23952141--23952169	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
23952334--23952362	14	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
23952779--23952840	21	3.0	21	92	0	97	27	19	51	1	1.56
23952777--23952866	42	2.1	42	81	4	110	28	18	50	2	1.59
23955764--23956021	40	6.5	40	89	4	371	25	26	22	24	2.00
23957912--23958551	104	6.3	103	78	7	615	27	21	19	30	1.98
23958010--23958188	91	2.0	91	85	2	243	27	21	18	32	1.97
23957912--23958292	195	2.0	195	86	1	539	27	21	19	30	1.98
23959028--23959071	22	2.0	22	100	0	88	36	4	9	50	1.55
23963739--23964035	33	8.8	33	68	11	133	27	26	15	30	1.96
23965041--23965073	16	2.1	16	88	5	50	18	18	3	60	1.49
23967374--23967504	68	1.9	68	82	3	165	33	16	22	27	1.95
23988534--23988575	22	1.9	22	95	0	75	45	2	23	28	1.66
23990469--23990683	46	4.6	45	80	10	213	28	17	29	25	1.97
23990783--23990893	55	2.0	55	98	0	213	33	12	22	31	1.91
23992624--23992728	53	2.0	53	82	0	129	20	23	18	38	1.93
24000318--24000781	232	2.0	232	91	0	748	35	17	14	32	1.90
24007277--24007316	21	1.9	21	100	0	80	22	25	5	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24021712--24021796	25	3.2	25	64	23	66	23	24	15	36	1.93
24021559--24021820	54	4.9	54	88	3	357	23	23	16	36	1.94
24021783--24022008	47	4.8	46	74	12	194	22	25	18	33	1.97
24022521--24022578	30	1.9	30	85	0	80	34	20	6	37	1.80
24027034--24027093	30	2.0	30	87	6	86	45	20	8	26	1.79
24027928--24027978	26	2.0	26	81	14	61	50	25	0	23	1.49
24033934--24033967	5	6.8	5	86	0	50	20	2	0	76	0.92
24034138--24034195	14	3.9	14	74	14	53	31	1	5	62	1.27
24042466--24042499	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
24044071--24044121	20	2.6	20	81	9	61	33	0	5	60	1.21
24047237--24047411	39	4.5	39	90	0	271	45	20	3	30	1.67
24047492--24047547	16	3.5	16	90	0	76	30	7	3	58	1.42
24050032--24050108	31	2.5	31	93	0	118	55	11	3	28	1.53
24057334--24057401	34	2.0	34	82	0	82	41	26	7	25	1.81
24058555--24058824	39	6.9	40	86	4	354	48	17	1	31	1.58
24058546--24058824	78	3.6	78	90	0	427	49	17	1	31	1.57
24061828--24062027	101	2.0	101	82	2	240	20	26	24	29	1.99
24065148--24065363	46	4.7	44	78	11	184	29	19	29	21	1.98
24066518--24066579	22	2.9	22	82	2	81	14	37	25	22	1.92
24068872--24068913	12	3.5	12	80	0	57	19	30	4	45	1.71
24069520--24069550	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
24070342--24070371	15	2.0	15	93	0	51	50	6	6	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24072878--24072993	41	2.7	43	81	4	146	31	29	16	23	1.96
24072878--24072993	43	2.8	42	78	6	137	31	29	16	23	1.96
24072878--24073007	43	3.1	42	76	11	131	32	28	16	23	1.96
24073883--24073937	25	2.2	26	78	15	62	41	9	0	49	1.34
24084149--24084200	14	3.6	13	78	19	50	40	7	0	51	1.30
24085956--24086089	40	3.3	40	75	7	110	32	26	12	28	1.93
24094883--24094997	45	2.6	45	84	8	162	27	25	23	23	2.00
24099468--24099636	40	4.5	40	78	15	180	24	28	23	23	2.00
24099540--24099598	31	1.9	31	100	0	118	23	28	25	22	1.99
24099503--24099636	71	1.9	71	98	0	259	25	28	24	21	1.99
24103379--24103673	47	6.3	47	90	1	457	33	8	29	27	1.86
24111672--24111762	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
24111736--24112067	47	7.1	47	93	0	513	26	28	10	33	1.90
24111779--24111900	22	5.3	22	65	24	72	26	28	11	33	1.91
24111920--24112038	22	5.1	22	62	28	59	24	29	13	32	1.93
24111848--24111972	24	5.2	25	61	30	67	28	28	10	32	1.90
24117896--24118322	48	8.9	48	78	4	407	26	16	29	28	1.97
24117883--24118303	144	2.9	143	81	3	452	26	16	29	28	1.97
24118519--24118572	25	2.2	25	93	3	92	37	12	16	33	1.87
24120172--24120439	46	5.8	46	77	11	278	29	27	19	22	1.98
24120180--24120444	93	2.8	93	94	0	449	29	28	20	22	1.98
24124059--24124243	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24124060--24124243	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
24124112--24124276	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
24124489--24124833	170	2.0	170	98	0	663	25	17	16	40	1.90
24126682--24126887	53	3.8	53	74	1	187	21	23	16	37	1.93
24133072--24133126	28	2.0	28	85	0	74	23	23	9	43	1.82
24133171--24133271	48	2.1	48	96	0	184	33	23	9	32	1.88
24144291--24144342	26	2.0	26	100	0	104	26	3	19	50	1.65
24145743--24145866	39	3.2	39	84	0	176	27	29	20	23	1.99
24151756--24152621	48	18.2	48	78	4	887	25	17	29	27	1.98
24151756--24152623	192	4.6	193	83	5	1029	26	17	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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