genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92445046--92445268	40	5.6	40	81	7	240	24	21	27	25	1.99
92445046--92445268	79	2.8	80	83	8	267	24	21	27	25	1.99
92445099--92445303	79	2.6	79	85	3	225	25	20	27	25	1.99
92450181--92450313	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
92451699--92452389	47	14.6	47	93	2	1159	32	8	29	29	1.86
92451699--92452389	143	4.9	142	93	2	1160	32	8	29	29	1.86
92451699--92452389	190	3.6	188	94	1	1159	32	8	29	29	1.86
92459917--92459981	33	2.0	33	84	0	85	24	20	26	29	1.99
92463917--92464592	47	14.4	47	94	0	1073	28	30	8	32	1.86
92464086--92464161	22	3.3	22	67	22	66	26	31	10	31	1.90
92464462--92464584	22	5.3	22	62	11	66	29	31	9	29	1.89
92471614--92471796	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
92471593--92471796	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
92477236--92477371	56	2.4	56	92	0	218	33	25	13	27	1.93
92478174--92478289	58	2.0	58	98	0	223	21	21	6	50	1.72
92480132--92480519	40	9.7	40	92	0	641	22	27	19	30	1.98
92491704--92491756	18	2.9	18	78	18	56	13	24	43	18	1.86
92491704--92491752	19	2.6	19	81	15	57	14	22	42	20	1.88
92493557--92493670	29	4.0	29	83	6	135	28	29	14	26	1.95
92493548--92493658	58	1.9	58	87	1	161	27	30	15	26	1.96
92493730--92493763	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
92498086--92498199	29	4.0	28	78	8	122	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92498077--92498187	58	1.9	58	85	1	152	27	28	16	27	1.97
92498411--92498453	16	2.7	16	85	0	59	4	18	20	55	1.60
92499728--92499759	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
92500458--92500539	40	2.0	40	95	0	146	26	31	9	31	1.89
92505894--92506044	39	3.8	40	94	2	245	17	23	29	29	1.97
92513820--92513844	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
92516315--92516369	20	2.8	19	77	2	56	23	14	27	34	1.94
92532701--92532822	33	3.8	33	81	5	124	27	25	14	32	1.95
92532730--92532861	32	4.1	33	78	3	124	29	24	14	31	1.94
92532805--92532900	33	2.9	32	84	7	113	29	22	10	37	1.88
92533582--92533623	21	2.0	21	90	4	68	30	16	0	52	1.44
92536768--92536866	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
92544739--92544837	28	3.5	29	86	9	125	28	15	27	29	1.96
92551511--92551618	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
92557933--92558033	33	3.0	33	82	1	112	29	17	22	29	1.97
92561273--92561299	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
92565896--92566109	104	2.1	104	99	0	419	28	19	9	43	1.81
92568012--92568187	51	3.5	48	78	15	187	31	24	17	26	1.97
92573835--92573937	51	2.0	51	98	0	197	45	10	21	22	1.82
92574126--92574172	24	1.9	24	86	4	67	21	23	10	44	1.83
92574290--92574497	55	3.8	53	81	6	229	24	25	15	34	1.95
92574288--92574490	108	1.9	110	87	2	302	25	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92574264--92574498	55	4.4	53	79	7	228	23	24	16	35	1.95
92580440--92580622	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
92585457--92585711	55	4.8	54	80	9	249	22	24	17	35	1.95
92585502--92585702	108	1.8	110	85	6	284	24	24	15	34	1.95
92588051--92588227	88	2.0	88	97	0	336	39	9	14	36	1.78
92589333--92589453	21	5.9	21	80	1	129	15	22	16	45	1.85
92589333--92589453	42	2.9	42	79	7	149	15	22	16	45	1.85
92589323--92589448	63	2.0	61	83	6	155	15	22	15	46	1.83
92590262--92590321	30	2.0	30	96	0	111	23	28	33	15	1.94
92598161--92598673	47	10.9	47	93	0	828	28	30	8	32	1.87
92598261--92598336	22	3.3	22	67	22	66	26	31	10	31	1.90
92600123--92600290	40	4.2	40	91	3	252	25	23	26	25	2.00
92600525--92600568	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
92605832--92605869	15	2.5	16	87	12	62	63	5	0	31	1.17
92605825--92605876	8	6.5	8	78	8	52	63	3	1	30	1.23
92605831--92605876	16	2.9	16	87	9	67	63	4	2	30	1.26
92605824--92605880	24	2.4	25	79	8	73	63	3	3	29	1.28
92606027--92606091	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
92606114--92606245	25	5.6	25	73	12	91	58	2	3	35	1.29
92606107--92606163	14	3.9	15	73	26	52	61	0	3	35	1.13
92607651--92607903	73	3.5	72	92	3	409	31	18	17	32	1.95
92607836--92608081	88	2.8	86	82	5	269	34	19	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92608106--92608521	72	5.5	74	87	5	509	31	19	15	32	1.93
92608411--92608662	127	2.0	128	86	2	355	35	18	14	31	1.91
92608539--92608796	72	3.5	75	87	4	353	31	20	15	32	1.94
92608539--92608810	148	1.8	146	85	3	384	33	19	15	31	1.93
92618366--92618751	27	14.3	27	84	3	125	30	12	20	36	1.90
92618406--92618774	27	13.7	27	84	3	431	30	11	21	36	1.89
92619091--92619150	27	2.2	28	90	3	95	25	36	18	20	1.94
92633124--92633216	20	4.7	20	80	0	96	35	25	23	15	1.94
92641439--92641466	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
92641546--92641622	37	2.1	37	100	0	154	46	10	19	23	1.80
92642611--92642667	24	2.4	24	87	0	87	19	17	15	47	1.83
92643548--92643592	23	2.0	23	90	0	72	55	26	2	15	1.52
92643545--92643592	11	4.4	11	78	17	55	54	27	2	16	1.54
92645873--92646205	27	12.4	27	87	0	452	34	19	21	24	1.96
92646346--92646432	27	3.2	26	80	6	93	19	20	21	37	1.94
92655422--92655806	50	7.6	50	81	3	414	24	17	26	31	1.97
92655420--92655806	101	3.8	101	83	3	431	24	17	26	31	1.97
92655525--92655802	151	1.8	150	92	0	475	24	17	26	30	1.97
92656011--92656041	16	2.0	15	93	6	53	48	0	19	32	1.49
92662763--92662813	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
92663896--92663964	26	2.7	26	100	0	138	30	31	14	23	1.94
92664067--92664182	28	4.2	28	86	2	155	18	25	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92666509--92666576	27	2.5	27	76	4	75	23	32	17	26	1.97
92670621--92670662	17	2.5	16	85	11	57	59	21	9	9	1.57
92671525--92671569	21	2.1	21	88	8	65	53	6	8	31	1.58
92676094--92676118	10	2.5	10	100	0	50	12	12	20	56	1.67
92676229--92676282	27	2.0	27	100	0	108	22	11	18	48	1.79
92676953--92676987	12	3.1	12	84	16	56	51	0	0	48	1.00
92683537--92683583	24	1.9	25	86	4	69	19	34	0	46	1.50
92683554--92683588	18	1.9	18	88	0	52	20	31	0	48	1.50
92684060--92684144	42	2.0	42	97	0	161	25	32	7	34	1.83
92691388--92691464	28	2.7	26	75	18	66	24	27	19	28	1.99
92691501--92691647	29	5.1	29	73	8	104	42	17	13	25	1.86
92691686--92691745	29	2.1	29	96	0	111	38	20	15	26	1.91
92696277--92696455	75	2.4	75	78	9	195	27	21	23	26	1.99
92696956--92696985	15	2.0	15	93	0	51	43	6	20	30	1.77
92699725--92699757	3	10.7	3	93	6	57	30	3	0	66	1.06
92699855--92699902	24	2.0	25	87	4	71	33	8	4	54	1.50
92699862--92699916	25	2.2	24	80	3	65	32	5	3	58	1.38
92699920--92699979	24	2.4	24	81	10	59	28	6	6	58	1.49
92699899--92700006	26	4.4	25	74	17	84	28	6	5	59	1.45
92700012--92700053	22	2.0	22	85	4	59	28	7	0	64	1.20
92700012--92700059	22	2.3	20	76	13	53	29	6	0	64	1.18
92700012--92700083	24	3.1	23	79	13	69	30	5	1	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92700141--92700341	26	8.2	24	71	18	112	27	5	7	59	1.47
92700284--92700325	22	1.9	22	85	9	59	28	7	7	57	1.52
92702711--92702748	16	2.3	17	86	4	51	63	5	0	31	1.17
92702713--92702754	19	2.0	21	86	13	61	64	4	0	30	1.14
92706990--92707488	251	2.0	251	100	0	998	38	13	10	38	1.78
92709522--92709558	17	2.1	19	90	10	60	29	0	2	67	1.04
92709873--92709911	17	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
92711298--92711348	15	3.5	15	71	10	52	29	5	13	50	1.65
92711293--92711350	28	2.1	28	93	0	98	27	5	17	50	1.67
92711293--92711394	28	3.6	28	78	8	91	29	3	15	50	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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