genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94460988--94461024	16	2.3	16	100	0	74	16	5	21	56	1.59
94471929--94472026	44	2.2	44	96	0	178	39	13	26	20	1.89
94471929--94472059	44	3.0	44	88	2	165	38	12	26	22	1.90
94472249--94472445	54	3.6	54	84	4	254	36	18	24	21	1.95
94479613--94479648	18	2.0	18	100	0	72	22	22	33	22	1.97
94484021--94484059	20	1.9	21	85	15	55	28	5	15	51	1.64
94491120--94491190	16	4.4	16	83	0	79	32	23	4	39	1.74
94492895--94493117	40	5.6	40	85	5	249	23	22	28	26	1.99
94505744--94505786	6	7.3	6	81	2	52	16	2	4	76	1.05
94505744--94505786	12	3.7	11	85	11	59	16	2	4	76	1.05
94508417--94508461	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
94510127--94510187	30	2.0	30	96	0	113	29	13	26	31	1.93
94514904--94514959	27	2.0	28	83	10	71	58	7	12	21	1.57
94529900--94529933	10	3.3	10	91	4	50	0	23	61	14	1.33
94530147--94530179	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
94533395--94533562	46	3.6	47	78	13	188	29	18	29	22	1.97
94533395--94533614	94	2.3	92	86	7	300	29	19	29	21	1.98
94533395--94533654	48	5.5	47	77	8	235	28	19	28	23	1.98
94541465--94541523	29	2.0	29	87	6	84	45	0	3	50	1.18
94541891--94541932	20	2.0	20	82	13	50	47	0	4	47	1.23
94542628--94542666	18	2.2	18	95	0	69	23	0	12	64	1.28
94548480--94548687	44	4.8	43	77	7	156	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94548522--94548688	44	3.8	43	81	3	183	25	29	20	24	1.99
94550754--94550854	29	3.5	29	86	1	141	26	15	27	29	1.96
94558546--94558645	29	3.5	29	88	1	148	27	15	28	30	1.96
94561227--94561405	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
94562671--94563218	47	11.6	47	92	2	782	33	9	29	27	1.88
94562671--94563950	94	13.8	94	73	14	816	32	10	28	28	1.91
94562880--94562955	22	3.3	22	66	16	64	28	13	31	26	1.93
94563069--94563190	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
94563410--94563950	47	11.4	47	90	3	743	33	8	29	28	1.87
94563563--94563640	22	3.3	22	65	22	59	35	10	26	26	1.89
94563728--94563806	25	3.3	25	65	22	69	29	6	30	34	1.82
94563801--94563922	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
94562678--94564145	732	2.0	732	98	0	2864	32	12	27	28	1.92
94568380--94568456	38	2.0	38	97	0	145	24	28	6	40	1.80
94569458--94569798	50	6.8	50	79	1	349	29	25	19	25	1.98
94569510--94569794	101	2.8	101	92	0	471	30	26	18	24	1.98
94569459--94569798	151	2.3	151	83	1	403	29	25	19	25	1.98
94571774--94571875	27	3.8	27	88	0	150	33	12	26	27	1.93
94579194--94579314	41	2.9	41	79	7	120	32	23	14	29	1.94
94579242--94579382	40	3.5	40	81	8	160	31	25	17	26	1.97
94585336--94585457	43	2.8	43	85	3	165	25	13	27	33	1.94
94587041--94587363	162	2.0	162	96	0	592	24	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94591526--94591574	24	2.0	25	88	4	73	59	6	2	32	1.34
94599229--94599282	26	2.1	26	100	0	108	31	25	18	24	1.97
94599256--94599423	40	4.2	40	82	7	200	24	27	22	25	2.00
94599267--94599423	79	2.0	80	83	6	203	24	27	22	25	2.00
94607412--94607595	40	4.6	40	77	10	189	25	27	22	25	2.00
94607379--94607596	79	2.7	79	81	7	237	25	26	21	26	1.99
94611011--94611043	11	3.1	11	82	8	50	33	18	21	27	1.96
94611158--94611288	47	2.7	47	85	8	167	22	16	28	33	1.95
94628538--94628622	44	2.0	43	83	2	107	38	8	2	50	1.45
94628592--94628623	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
94628758--94628803	5	9.2	5	95	0	83	41	0	0	58	0.98
94631979--94632025	24	2.0	23	91	4	76	6	21	2	70	1.20
94632732--94632783	27	2.0	27	82	14	65	53	5	0	40	1.25
94632906--94632944	19	2.1	19	100	0	78	43	10	25	20	1.83
94659520--94659604	44	1.9	44	100	0	170	37	12	23	25	1.91
94689454--94689495	20	2.2	19	83	12	50	59	4	19	16	1.54
94690997--94691105	37	2.9	37	94	0	182	27	30	19	22	1.98
94691252--94691437	100	1.9	96	91	6	302	30	26	6	36	1.83
94691252--94691438	48	3.8	48	90	5	295	31	26	6	35	1.83
94691408--94691555	47	3.1	47	90	0	233	26	29	11	33	1.91
94699379--94699603	40	5.7	40	86	5	296	24	22	27	25	2.00
94699379--94699636	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94703183--94703314	50	2.6	50	79	8	149	33	14	14	37	1.86
94705366--94705570	35	5.9	35	77	6	200	28	9	20	40	1.85
94706463--94706509	23	2.0	23	100	0	94	29	21	8	40	1.83
94721226--94721294	31	2.5	26	75	22	77	26	7	20	46	1.76
94721240--94721302	31	2.0	31	100	0	126	25	6	23	44	1.77
94722221--94722426	35	5.9	35	74	13	174	29	9	20	40	1.83
94723185--94723224	19	2.1	19	95	0	71	20	25	45	10	1.81
94723476--94723516	18	2.3	18	100	0	82	34	4	17	43	1.70
94725406--94725486	29	2.8	29	88	0	117	30	25	14	28	1.95
94736250--94736480	50	4.7	49	77	4	257	29	26	17	25	1.97
94736250--94736474	99	2.3	99	83	3	274	29	26	17	26	1.97
94739169--94739214	14	2.9	17	81	15	55	54	0	0	45	0.99
94748921--94748960	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
94788627--94788689	30	2.1	30	96	0	117	28	20	17	33	1.95
94795001--94795028	13	2.2	13	100	0	56	21	32	28	17	1.96
94801865--94801932	34	2.0	34	100	0	136	29	17	17	35	1.93
94805274--94805715	27	16.4	27	83	6	475	28	22	9	40	1.84
94805274--94805727	108	4.2	108	85	5	555	28	22	9	40	1.85
94805720--94805896	27	6.6	27	87	0	228	35	19	19	25	1.95
94806114--94806196	27	3.1	26	86	5	94	19	22	21	36	1.95
94806284--94806342	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
94806499--94806580	27	3.1	27	85	5	96	15	23	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94806723--94806854	6	21.8	6	75	16	121	19	17	13	49	1.80
94806698--94806831	61	2.2	61	89	2	198	20	18	13	47	1.82
94806824--94806861	18	2.1	18	85	9	51	15	13	15	55	1.70
94808845--94808912	27	2.6	26	81	4	82	30	25	10	33	1.89
94808869--94809338	27	17.4	27	84	3	534	27	21	10	41	1.84
94808869--94809348	108	4.5	107	86	5	594	27	21	10	41	1.85
94809343--94809538	27	7.3	27	82	2	223	35	18	19	27	1.95
94809736--94809818	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
94810121--94810202	27	3.1	27	84	5	87	15	21	24	37	1.93
94810320--94810476	6	25.8	6	70	16	110	19	17	13	49	1.79
94810320--94810453	61	2.2	61	86	2	189	20	17	13	48	1.81
94812826--94812897	37	1.9	37	94	0	126	27	18	19	34	1.95
94814171--94814226	25	2.2	25	93	6	96	30	3	17	48	1.65
94814859--94814897	18	2.2	18	85	0	51	17	20	0	61	1.34
94825405--94825568	42	3.9	42	87	1	222	29	15	25	29	1.96
94832005--94832074	25	2.8	25	91	0	113	27	22	27	22	1.99
94844764--94844807	22	2.0	23	82	13	56	70	9	9	11	1.34
94848540--94848570	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
94848537--94848576	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
94848822--94848953	53	2.4	55	81	9	157	21	22	18	36	1.95
94848762--94849017	55	4.8	54	76	11	210	21	24	16	37	1.93
94850284--94850526	40	6.1	40	79	0	207	21	25	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94857548--94857679	56	2.4	55	89	1	201	32	24	14	28	1.94
94862168--94862237	25	2.8	25	95	0	122	22	22	28	25	1.99
94862399--94862462	27	2.4	28	76	7	69	35	28	18	17	1.93
94862442--94862613	27	6.4	27	82	0	202	23	18	19	38	1.93
94862442--94862611	54	3.1	54	90	0	259	23	17	19	39	1.92
94862593--94862799	27	7.7	27	81	5	197	29	9	20	40	1.84
94862593--94862799	80	2.6	81	82	6	235	29	9	20	40	1.84
94862765--94862973	54	3.9	54	83	3	224	38	8	21	32	1.83
94862792--94862948	27	5.8	27	90	0	206	40	8	21	29	1.82
94862765--94862973	81	2.6	80	79	3	229	38	8	21	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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