genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  289  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95526550--95526580	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
95535690--95535751	31	2.0	31	93	0	106	41	16	11	30	1.83
95536167--95536221	24	2.2	25	78	9	60	43	14	16	25	1.86
95536286--95536338	25	2.2	24	93	3	88	37	20	22	18	1.94
95536854--95536878	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
95537858--95537959	30	3.4	30	84	2	134	29	23	2	44	1.68
95538510--95538591	7	11.3	7	76	14	51	82	0	13	3	0.79
95538507--95538570	21	3.1	19	79	18	74	81	0	18	0	0.70
95538496--95538584	29	3.1	30	78	12	80	79	0	17	2	0.83
95538517--95538555	13	2.9	13	84	3	51	76	0	23	0	0.78
95538544--95538591	1	48.0	1	78	0	51	89	0	4	6	0.58
95538510--95538591	14	5.6	14	75	12	58	82	0	13	3	0.79
95538513--95538589	35	2.2	35	81	6	84	83	0	12	3	0.79
95538513--95538584	8	8.6	8	75	18	58	83	0	13	2	0.76
95539253--95539287	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
95539284--95539363	24	3.3	24	80	5	81	48	7	10	33	1.65
95539266--95539357	23	4.2	22	80	12	109	42	6	11	39	1.68
95539370--95539438	35	2.0	34	82	2	84	30	17	11	40	1.85
95539383--95539489	18	5.6	18	66	20	65	29	12	12	45	1.78
95539434--95539487	17	2.9	19	86	10	85	29	12	11	46	1.77
95539392--95539482	43	2.1	43	85	4	121	25	13	13	48	1.78
95539434--95539489	18	3.1	18	87	7	87	28	12	10	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95540310--95540448	60	2.3	59	84	8	165	25	26	20	26	1.99
95544626--95544670	22	2.0	22	86	0	63	26	24	13	35	1.92
95547594--95547635	16	2.6	16	88	11	59	52	2	0	45	1.13
95547611--95547657	23	1.9	25	87	12	71	57	0	0	42	0.98
95548310--95548392	26	3.3	27	74	17	63	42	0	1	56	1.07
95548306--95548429	58	2.1	60	86	7	173	44	0	1	53	1.16
95556202--95556227	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
95569880--95569918	6	6.5	6	100	0	78	15	35	15	33	1.89
95571307--95571343	19	2.0	19	94	5	67	56	5	0	37	1.22
95573292--95573582	150	1.9	150	88	2	433	32	8	20	38	1.82
95575742--95575841	12	8.9	10	68	26	51	62	2	5	31	1.28
95575742--95575898	10	17.8	9	63	23	50	61	1	5	32	1.26
95575816--95575875	15	3.9	15	77	14	68	61	0	5	33	1.17
95575823--95575876	16	3.3	16	75	12	56	61	0	5	33	1.19
95575790--95575898	20	5.8	19	73	20	88	60	0	4	33	1.23
95575745--95575894	17	8.7	17	66	26	50	61	1	5	32	1.27
95575820--95575898	10	8.2	10	70	20	53	60	0	5	34	1.18
95575849--95575909	20	3.0	21	80	17	76	62	0	3	34	1.12
95577613--95577696	28	3.0	28	83	6	100	21	14	7	57	1.61
95577981--95578054	34	2.2	34	82	4	87	29	6	17	45	1.74
95577998--95578062	34	1.9	34	83	0	85	29	7	16	46	1.75
95578164--95578251	45	2.0	45	90	0	140	22	21	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95583927--95584001	24	3.2	24	69	16	59	45	14	13	26	1.82
95584519--95584702	42	4.4	42	88	0	224	20	35	21	22	1.96
95588423--95588543	37	3.2	37	82	3	145	37	28	15	18	1.91
95596124--95596253	65	2.0	66	96	3	246	39	6	9	45	1.61
95596588--95596637	26	2.0	25	88	11	75	40	12	4	44	1.60
95597207--95597252	23	2.0	23	86	0	65	32	28	26	13	1.93
95601338--95601374	20	1.9	19	89	10	58	8	27	16	48	1.74
95604937--95605154	40	5.5	40	91	1	305	22	29	24	22	1.99
95613215--95613472	40	6.5	40	85	2	297	26	29	21	22	1.99
95624860--95624893	6	5.5	6	96	3	59	14	2	0	82	0.79
95630239--95630296	29	2.0	29	100	0	116	55	0	13	31	1.39
95630881--95630919	18	2.1	19	85	4	53	17	15	0	66	1.25
95638779--95638895	62	1.9	59	86	5	162	52	3	3	41	1.35
95652994--95653208	40	5.4	40	86	5	242	24	21	28	25	1.99
95652994--95653208	80	2.7	80	88	5	294	24	21	28	25	1.99
95658731--95658772	15	2.8	15	85	0	57	52	11	16	19	1.74
95661737--95662115	38	9.0	38	69	18	218	31	23	14	30	1.94
95661744--95662035	85	3.4	85	94	0	521	31	24	14	29	1.94
95661867--95662115	47	5.7	47	75	13	228	31	23	14	30	1.94
95661952--95662085	48	2.8	48	87	1	180	32	22	14	31	1.93
95661867--95662115	133	1.9	132	86	2	356	31	23	14	30	1.94
95668523--95668560	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95670813--95670958	43	3.4	43	69	13	113	23	21	25	29	1.99
95678819--95678857	19	2.0	20	85	5	53	35	5	0	58	1.20
95701600--95701647	22	2.2	22	96	3	89	20	8	18	52	1.71
95704102--95704147	15	3.0	15	83	3	56	78	0	19	2	0.86
95705947--95706002	21	2.7	21	80	0	67	28	5	35	30	1.80
95708025--95708101	28	2.7	29	73	15	88	42	2	0	54	1.14
95713944--95713972	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
95721593--95721839	46	5.4	46	96	0	404	40	14	23	21	1.91
95721593--95721889	92	3.2	92	88	2	398	40	14	23	21	1.90
95721593--95721889	138	2.1	140	86	3	402	40	14	23	21	1.90
95721593--95721894	46	6.4	49	91	3	276	40	14	23	21	1.90
95724105--95724499	196	2.0	196	97	0	754	34	5	21	38	1.75
95724934--95725088	43	3.6	42	78	9	154	23	16	26	33	1.95
95728414--95728471	26	2.2	26	96	3	107	48	6	20	24	1.74
95730653--95730745	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
95731839--95731872	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
95731870--95731914	14	3.2	14	84	6	56	20	11	0	68	1.19
95732061--95732097	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
95732060--95732123	23	2.7	23	74	11	67	45	1	0	53	1.10
95735309--95735430	43	2.9	42	74	2	127	25	13	25	35	1.93
95738044--95738096	21	2.5	21	81	6	63	45	18	20	15	1.85
95738093--95738136	21	2.1	21	86	0	61	52	18	20	9	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95741384--95741471	39	2.2	40	82	7	101	45	14	9	30	1.76
95741392--95741460	19	3.6	19	68	14	52	44	14	7	33	1.73
95749187--95749238	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
95752412--95752495	37	2.2	38	78	8	89	33	7	13	46	1.70
95757696--95757763	35	1.9	36	84	3	93	32	13	16	38	1.87
95757269--95757857	300	2.0	297	92	2	984	37	10	12	39	1.77
95765008--95765063	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
95765012--95765054	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
95764949--95765170	120	1.9	120	98	0	426	42	1	6	49	1.38
95764951--95765138	61	3.1	60	70	14	188	42	1	6	48	1.39
95765132--95765173	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
95765123--95765164	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
95765388--95765456	16	4.3	16	92	0	93	33	33	1	31	1.67
95767762--95767872	56	2.0	56	87	1	161	36	4	17	42	1.69
95771803--95771967	58	2.9	57	82	5	181	41	1	3	53	1.24
95772089--95772159	12	5.7	13	73	18	53	50	0	1	47	1.09
95772338--95772443	44	2.5	40	75	19	99	34	27	5	32	1.80
95772350--95772443	44	2.1	46	90	4	147	34	27	6	31	1.82
95772425--95772479	16	3.4	16	80	9	67	29	27	7	36	1.84
95777985--95778039	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
95778082--95778128	23	2.0	24	84	12	62	59	0	12	27	1.34
95778111--95778160	25	2.0	26	84	11	68	58	6	4	32	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95778125--95778166	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
95778184--95778317	25	5.6	25	72	13	102	55	4	5	34	1.45
95778795--95778892	30	3.3	30	97	0	178	18	6	51	24	1.69
95778829--95778882	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
95779528--95779733	87	2.4	87	82	5	229	36	18	14	30	1.91
95779671--95779864	106	1.8	107	87	4	293	39	17	14	28	1.89
95779800--95780130	88	3.7	89	82	6	357	36	18	17	27	1.93
95779777--95780109	181	1.9	181	83	5	442	34	19	17	28	1.95
95780066--95780549	73	6.5	75	82	5	601	32	19	16	31	1.94
95780058--95780549	148	3.3	146	90	2	725	31	20	16	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333