genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57848597--57848621	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
57848897--57849067	43	4.0	43	71	11	138	22	16	27	33	1.95
57857806--57857882	26	3.0	26	84	0	100	37	23	20	18	1.94
57858642--57858676	17	2.1	17	100	0	70	57	22	5	14	1.59
57864214--57864391	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
57864211--57864391	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
57872302--57872479	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57872303--57872458	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57872299--57872479	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57877663--57877758	42	2.3	42	85	5	122	28	27	16	28	1.97
57881744--57881930	71	2.6	71	90	1	295	27	18	14	39	1.90
57884605--57884764	86	1.9	85	80	6	189	25	18	24	31	1.98
57884632--57884746	42	2.7	44	76	11	114	28	19	20	32	1.96
57887731--57887915	40	4.7	40	80	7	200	24	23	27	24	2.00
57887784--57887948	79	2.1	79	82	6	192	26	21	28	24	1.99
57895625--57895845	40	5.6	40	84	5	261	25	21	27	25	1.99
57895695--57895878	80	2.3	80	82	5	205	26	20	27	25	1.99
57902359--57902490	42	3.1	43	79	7	135	25	15	25	34	1.95
57904221--57904271	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
57921801--57921880	34	2.4	34	89	4	117	25	25	25	25	2.00
57921817--57921899	34	2.5	34	86	5	107	28	21	21	27	1.99
57926542--57926671	49	2.7	47	80	5	154	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57926704--57926765	30	2.1	30	90	0	97	29	25	14	30	1.95
57926737--57926888	46	3.3	45	85	7	184	23	31	17	26	1.97
57935471--57935582	44	2.6	42	81	6	118	24	16	24	35	1.94
57935465--57935621	43	3.7	42	75	10	147	25	15	22	35	1.94
57937405--57937577	46	3.7	46	76	15	176	22	19	27	30	1.98
57937402--57937571	93	1.8	93	92	0	286	22	19	28	30	1.98
57944561--57944604	22	2.0	22	100	0	88	22	18	18	40	1.91
57951886--57952102	40	5.4	40	84	6	235	26	23	26	23	2.00
57959216--57959419	27	7.5	26	85	3	192	26	15	28	28	1.96
57959216--57959419	54	3.8	53	81	6	221	26	15	28	28	1.96
57959216--57959419	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
57967233--57967436	27	7.5	26	84	3	183	26	15	28	29	1.96
57967233--57967436	54	3.8	53	80	6	212	26	15	28	29	1.96
57967233--57967436	109	1.9	108	84	3	275	26	15	28	29	1.96
57971426--57971451	5	5.2	5	100	0	52	61	19	0	19	1.35
57974417--57974742	27	12.1	27	80	10	262	31	10	19	38	1.85
57974417--57974736	54	6.0	54	82	7	314	31	9	19	39	1.84
57974473--57974737	80	3.3	80	86	3	381	31	9	20	38	1.85
57974473--57974737	107	2.5	107	84	6	349	31	9	20	38	1.85
57979105--57979134	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
57979338--57979522	49	3.7	50	86	3	259	30	26	17	25	1.97
57980185--57980338	6	24.8	6	71	18	102	46	12	21	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57980185--57980278	25	3.8	25	89	0	143	45	15	22	15	1.84
57980185--57980316	31	4.5	31	67	21	93	45	13	21	18	1.84
57980215--57980310	19	4.8	19	70	20	70	45	13	20	19	1.84
57980209--57980338	62	2.1	62	91	0	206	46	13	20	20	1.83
57980259--57980338	25	3.2	25	78	5	92	47	11	18	22	1.80
57980209--57980338	31	4.2	30	73	16	97	46	13	20	20	1.83
57980456--57980563	27	4.0	26	85	5	135	37	21	23	18	1.95
57980722--57980786	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
57981174--57981258	27	3.1	27	80	6	100	30	20	16	32	1.94
57981299--57981475	27	6.6	27	84	3	187	30	9	20	39	1.84
57981265--57981451	54	3.5	54	78	0	167	33	9	20	37	1.84
57983383--57983558	6	28.8	6	73	18	114	47	11	18	22	1.81
57983362--57983558	12	16.2	12	69	16	75	48	11	18	22	1.79
57983412--57983558	25	5.7	25	72	16	113	46	12	18	22	1.82
57983419--57983552	43	3.3	42	76	15	145	47	11	18	22	1.81
57983383--57983555	61	2.8	61	78	14	185	46	11	19	22	1.81
57983675--57983760	27	3.2	26	83	4	91	34	18	23	23	1.96
57983675--57983780	27	4.0	27	81	6	83	35	18	23	21	1.95
57983940--57984005	22	3.0	22	74	12	64	34	22	22	19	1.96
57984484--57984588	25	4.2	24	76	11	88	33	7	19	40	1.80
57984497--57984588	25	3.8	24	79	14	91	31	7	21	39	1.82
57984535--57984602	22	3.0	22	85	10	75	36	8	17	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57999218--57999247	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
57999451--57999635	49	3.7	50	86	3	259	30	26	17	25	1.97
58000297--58000450	6	24.8	6	71	18	102	46	12	21	19	1.83
58000297--58000390	25	3.8	25	89	0	143	45	15	22	15	1.84
58000297--58000428	31	4.5	31	67	21	93	45	13	21	18	1.84
58000327--58000422	19	4.8	19	70	20	70	45	13	20	19	1.84
58000321--58000450	62	2.1	62	91	0	206	46	13	20	20	1.83
58000371--58000450	25	3.2	25	78	5	92	47	11	18	22	1.80
58000321--58000450	31	4.2	30	73	16	97	46	13	20	20	1.83
58000568--58000675	27	4.0	26	85	5	135	37	21	23	18	1.95
58000834--58000898	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
58001287--58001371	27	3.1	27	80	6	100	30	20	16	32	1.94
58001412--58001588	27	6.6	27	84	3	169	30	9	20	39	1.84
58001412--58001588	81	2.2	81	80	3	187	30	9	20	39	1.84
58003535--58003688	6	25.0	6	73	17	111	47	12	18	22	1.81
58003511--58003608	25	3.7	25	74	15	88	47	10	19	22	1.79
58003535--58003653	37	3.6	35	68	25	96	47	13	17	21	1.81
58003566--58003688	43	3.0	43	83	6	159	47	13	17	21	1.81
58003511--58003654	31	4.6	31	75	13	134	47	11	18	21	1.80
58003572--58003635	19	3.4	19	66	20	53	48	14	15	21	1.80
58003566--58003688	37	3.3	37	82	8	144	47	13	17	21	1.81
58003806--58003891	27	3.2	26	83	4	91	34	18	23	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58003806--58003911	27	4.0	27	81	6	83	35	18	23	21	1.95
58004072--58004137	22	3.0	22	74	12	64	34	22	22	19	1.96
58004524--58004607	27	3.1	27	80	10	109	29	20	16	33	1.95
58004617--58004723	54	2.0	54	81	3	126	32	9	20	37	1.85
58004648--58004771	27	4.6	26	84	4	131	29	8	20	41	1.82
58013111--58013149	19	2.1	19	85	9	53	38	2	25	33	1.70
58013455--58013508	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
58013631--58013791	81	2.0	81	95	0	286	37	11	22	28	1.89
58013815--58014011	50	3.9	50	80	2	209	26	18	25	29	1.98
58019286--58019337	26	2.0	26	84	0	68	40	7	11	40	1.70
58019565--58019759	50	3.9	49	80	2	221	26	17	25	29	1.98
58022516--58022585	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
58022789--58022947	27	5.9	27	87	0	219	27	20	17	34	1.95
58022789--58022947	81	2.0	81	89	0	246	27	20	17	34	1.95
58023004--58023359	27	13.1	27	80	5	193	31	8	20	39	1.82
58023023--58023341	54	5.9	54	79	4	286	31	8	20	39	1.83
58023023--58023341	81	3.9	82	78	4	308	31	8	20	39	1.83
58029764--58029849	43	2.0	43	84	13	115	27	27	18	25	1.98
58032997--58033212	107	2.0	107	97	0	405	35	14	20	29	1.92
58042027--58042189	45	3.7	45	75	9	174	30	30	18	20	1.97
58043843--58043886	16	2.8	15	83	10	52	47	2	13	36	1.56
58047538--58047603	20	3.3	20	73	0	69	13	28	21	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58047550--58047630	40	2.0	40	80	4	92	19	25	16	38	1.92
58050152--58050208	29	2.0	29	100	0	114	28	21	14	36	1.92
58055272--58055414	41	3.5	41	74	9	123	20	18	30	30	1.96
58067784--58067956	93	1.9	93	91	0	283	28	27	20	23	1.99
58067778--58067952	46	3.8	46	79	10	194	30	26	20	22	1.98
58072186--58072323	70	2.0	70	100	0	276	29	14	21	34	1.93
58072272--58072367	40	2.4	40	92	3	158	25	17	26	31	1.97
58074585--58074644	29	2.1	29	96	0	111	28	25	0	46	1.53
58092544--58092616	23	3.2	23	66	33	66	43	13	4	38	1.63
58092522--58092620	46	2.2	46	98	0	189	41	13	5	40	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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