genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59727306--59727431	65	1.9	65	93	0	216	33	17	12	36	1.88
59727634--59728139	68	7.4	68	92	0	832	26	20	22	30	1.98
59728100--59728180	42	1.9	42	94	0	144	20	17	24	37	1.94
59728032--59728249	110	2.0	110	92	0	364	24	19	22	33	1.97
59727964--59728318	178	2.0	179	92	0	586	25	20	22	31	1.98
59728142--59728354	68	3.1	68	92	0	345	25	21	22	30	1.99
59729822--59729871	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
59733516--59733558	22	2.0	22	95	0	77	41	13	20	23	1.88
59735828--59735942	18	6.3	18	77	4	115	41	16	6	34	1.75
59735838--59735943	36	3.0	36	87	1	133	41	16	6	35	1.74
59735968--59736017	18	2.7	19	75	6	57	50	10	8	32	1.65
59736140--59736255	53	2.2	53	85	0	160	43	21	17	18	1.88
59738010--59738034	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
59738069--59738196	53	2.4	53	86	3	186	17	18	21	42	1.89
59738323--59738502	18	9.6	18	67	11	83	33	9	15	41	1.79
59749592--59749674	31	2.6	31	78	3	85	59	16	6	18	1.57
59749912--59749979	21	3.2	21	78	0	73	1	48	17	32	1.56
59750396--59750424	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
59751690--59751757	29	2.4	29	95	2	120	33	23	2	39	1.70
59755540--59755683	56	2.6	56	94	0	243	35	4	13	46	1.63
59755480--59755627	74	2.0	74	88	2	217	34	3	13	48	1.59
59755567--59755666	29	3.5	28	77	15	116	35	5	15	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59755596--59755802	74	2.8	74	95	1	371	35	2	13	48	1.57
59755480--59755739	130	2.0	130	93	3	443	35	3	13	48	1.59
59755679--59755741	29	2.1	31	85	8	85	31	1	14	52	1.51
59755977--59756018	14	3.4	13	81	18	54	66	0	0	33	0.92
59755977--59756028	12	4.3	12	77	15	54	63	1	0	34	1.06
59755923--59756141	105	2.1	105	90	1	341	54	4	5	35	1.43
59760514--59760860	47	7.4	47	94	0	579	32	8	29	28	1.88
59760514--59760860	140	2.5	141	93	0	579	32	8	29	28	1.88
59760979--59761056	37	2.1	36	86	6	104	25	19	30	24	1.98
59765323--59765372	22	2.3	23	79	10	59	34	38	2	26	1.68
59765333--59765385	22	2.4	22	78	12	63	33	35	1	28	1.68
59765319--59765411	7	12.9	7	69	6	51	39	33	1	25	1.63
59765432--59765465	15	2.4	14	90	5	50	41	29	2	26	1.70
59765432--59765465	7	4.7	7	85	7	50	41	29	2	26	1.70
59765485--59765524	15	2.7	14	84	7	53	47	35	0	17	1.48
59765482--59765539	22	2.6	22	77	0	62	46	31	0	22	1.52
59765560--59765605	14	3.3	14	84	0	65	50	26	0	23	1.50
59765880--59766213	41	8.2	41	84	2	388	27	19	23	29	1.98
59767963--59768004	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
59794757--59794804	22	2.1	23	81	11	55	14	4	54	27	1.59
59796533--59796573	17	2.5	16	85	14	57	73	2	7	17	1.17
59796529--59796573	19	2.4	19	82	10	58	73	2	6	17	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59801194--59801573	189	2.0	189	97	0	715	41	16	6	35	1.75
59806290--59806485	40	4.9	40	84	6	245	26	28	20	24	1.99
59806290--59806480	80	2.4	80	89	1	276	26	29	20	23	1.99
59816198--59816368	46	3.7	46	82	6	211	23	29	19	27	1.98
59822465--59822569	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
59822429--59822569	40	3.5	40	80	12	148	24	22	27	24	2.00
59822429--59822575	79	1.9	80	81	7	183	25	22	27	23	2.00
59822794--59822961	47	3.6	47	90	0	255	33	8	30	27	1.86
59824939--59825117	40	4.5	40	93	0	295	24	21	27	25	1.99
59833723--59833784	30	2.1	30	87	0	88	38	8	24	29	1.84
59834350--59834504	66	2.3	66	80	5	161	31	16	30	21	1.95
59841643--59841772	50	2.5	52	87	3	183	24	16	27	30	1.97
59852607--59852631	13	1.9	13	100	0	50	8	48	16	28	1.74
59853612--59853835	46	4.8	45	76	12	179	21	30	20	27	1.98
59858617--59858723	42	2.5	42	81	3	144	16	33	19	29	1.94
59858617--59858737	42	2.9	41	76	11	120	16	31	20	31	1.95
59865155--59865339	40	4.7	40	83	6	225	25	28	22	23	1.99
59865155--59865339	79	2.3	81	81	8	218	25	28	22	23	1.99
59866467--59866642	56	3.1	56	97	0	334	22	22	9	44	1.82
59868570--59868748	94	1.9	94	83	2	234	25	29	18	27	1.98
59868570--59868788	93	2.3	93	80	4	235	25	28	18	27	1.98
59872287--59872317	15	2.1	15	93	0	53	64	3	12	19	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59874001--59874098	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
59874029--59874111	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
59874001--59874112	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
59877611--59877655	22	2.0	22	95	0	81	37	17	2	42	1.62
59896581--59896697	50	2.5	47	83	10	134	29	18	29	23	1.98
59896622--59896746	50	2.6	47	86	8	155	25	18	31	24	1.98
59896624--59896750	47	2.6	49	86	8	163	25	18	30	24	1.98
59897360--59897385	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
59897937--59897977	22	1.9	21	85	14	57	14	41	24	19	1.89
59897937--59897977	21	1.9	22	85	14	59	14	41	24	19	1.89
59902535--59902559	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
59912066--59912225	39	4.1	39	92	0	257	23	32	21	21	1.98
59918182--59918455	49	5.6	49	83	3	297	24	25	19	31	1.98
59918428--59918593	46	3.7	45	83	8	203	22	28	19	29	1.98
59918428--59918541	43	2.6	44	92	5	194	22	30	18	28	1.97
59921151--59921199	23	2.1	23	88	0	71	30	18	30	20	1.96
59923242--59923311	30	2.3	30	97	0	131	20	38	0	41	1.52
59924949--59924991	22	2.0	22	86	9	61	55	18	0	25	1.42
59926426--59926457	11	2.9	11	95	0	55	9	6	3	81	0.97
59934111--59934292	40	4.6	40	89	6	255	27	26	21	24	1.99
59934111--59934292	80	2.3	80	91	2	287	27	26	21	24	1.99
59942139--59942318	39	4.6	40	90	4	260	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59942139--59942318	79	2.3	80	87	5	260	27	26	21	24	1.99
59956360--59956402	22	2.0	22	86	9	61	55	18	0	25	1.42
59957614--59957647	17	2.0	17	88	11	52	64	11	2	20	1.39
59960109--59960326	40	5.5	40	89	2	298	24	28	23	23	2.00
59968493--59968517	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
59977870--59978324	47	9.6	47	91	1	703	32	8	29	29	1.86
59977870--59978324	96	4.8	96	91	3	715	32	8	29	29	1.86
59977870--59978324	143	3.2	143	91	1	725	32	8	29	29	1.86
59982428--59982650	40	5.6	40	87	3	254	25	21	27	26	1.99
59982502--59982685	79	2.3	80	84	3	230	27	20	27	25	1.99
59982428--59982685	119	2.2	120	79	5	265	26	20	27	25	1.99
59989761--59989848	29	3.1	29	86	1	124	26	12	27	34	1.92
59989759--59989867	57	1.9	57	81	3	130	27	11	28	32	1.92
59995579--59995611	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
59997700--59997879	40	4.6	40	84	5	215	25	27	23	24	2.00
59997700--59997879	80	2.3	79	87	3	247	25	27	23	24	2.00
60022840--60022898	28	2.0	29	93	6	102	49	6	10	33	1.63
60024529--60024557	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
60025489--60025641	77	2.0	77	94	0	270	40	9	16	33	1.80
60030753--60030903	45	3.4	45	79	2	144	33	29	14	21	1.93
60033634--60033906	135	2.0	134	92	3	451	39	11	19	29	1.87
60049854--60050031	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60049855--60050010	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60049851--60050031	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60049936--60050042	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60058445--60058650	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
60069085--60069129	16	2.8	16	93	0	72	53	22	20	4	1.63
60069085--60069135	8	6.4	8	80	8	59	52	21	19	5	1.66
60069085--60069135	24	2.1	24	88	0	75	52	21	19	5	1.66
60078639--60078747	58	1.9	57	86	1	155	27	15	30	26	1.96
60078626--60078738	29	4.0	29	82	6	124	27	15	30	27	1.96
60089744--60089783	21	1.9	21	89	0	62	45	22	7	25	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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