genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75202171--75202313	21	6.6	21	68	10	67	44	34	0	21	1.53
75202193--75202262	28	2.5	28	86	6	88	44	35	0	20	1.52
75202202--75202305	7	14.7	7	70	8	59	48	30	0	21	1.51
75202302--75202360	7	8.1	7	74	7	55	27	49	1	22	1.59
75202306--75202369	22	2.9	22	90	0	101	25	46	1	26	1.61
75202352--75202593	114	2.1	115	99	0	477	38	19	4	37	1.73
75202726--75202823	7	13.4	7	73	8	70	47	24	1	26	1.58
75202731--75202815	21	3.9	21	80	11	107	45	25	1	27	1.61
75202715--75202808	46	2.0	46	95	0	170	43	25	2	28	1.66
75202652--75202788	25	5.6	25	67	14	90	43	27	1	27	1.63
75202980--75203075	41	2.4	41	91	1	149	15	22	23	37	1.93
75203132--75203157	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
75203433--75203608	40	4.4	40	85	5	207	26	27	21	24	1.99
75205681--75205856	56	3.1	56	92	0	280	28	11	22	36	1.90
75205681--75205884	112	1.8	112	83	2	275	26	13	24	35	1.92
75205702--75205884	56	3.3	56	86	1	206	26	13	25	35	1.92
75207441--75207553	46	2.3	47	79	14	113	52	14	4	29	1.61
75208039--75208168	18	7.1	19	72	19	91	63	0	3	32	1.15
75208047--75208169	32	4.2	30	78	16	100	62	0	3	33	1.17
75208039--75208169	54	2.4	55	81	11	144	63	0	3	32	1.15
75208078--75208169	20	4.3	23	70	22	58	63	0	2	34	1.07
75208016--75208169	29	5.3	29	74	16	108	63	1	2	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75208156--75208194	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
75208200--75208252	24	2.2	24	83	10	63	69	0	0	30	0.88
75209300--75210127	90	9.2	90	89	1	1212	29	26	13	30	1.94
75209953--75210101	45	3.3	45	67	14	126	29	24	12	32	1.93
75224607--75224766	38	4.2	38	86	3	207	31	25	21	20	1.98
75224609--75224790	76	2.4	77	81	10	212	30	25	21	21	1.99
75233064--75233105	17	2.3	18	88	8	59	19	35	28	16	1.93
75236570--75236672	33	3.1	34	83	6	95	30	27	18	24	1.98
75236589--75236671	32	2.5	33	88	1	114	30	27	18	24	1.98
75236863--75236927	27	2.5	26	82	9	78	33	16	26	23	1.96
75240571--75240753	91	2.0	91	98	0	357	34	21	21	22	1.97
75242664--75242853	40	4.8	40	91	3	269	26	27	22	23	1.99
75242638--75242853	80	2.7	78	85	7	267	26	27	21	24	1.99
75244929--75245104	56	3.1	56	92	0	280	28	11	22	36	1.90
75244929--75245135	112	1.8	112	84	2	281	27	13	24	35	1.92
75244950--75245135	56	3.3	56	87	1	212	26	12	24	36	1.92
75247277--75247341	26	2.5	26	85	5	87	67	1	3	27	1.14
75247298--75247437	12	12.4	12	73	19	99	62	0	2	34	1.10
75247295--75247402	55	1.9	57	87	7	159	62	0	3	33	1.12
75247295--75247435	19	7.7	19	72	16	102	63	0	2	33	1.09
75247298--75247436	34	4.2	31	78	19	115	63	0	2	33	1.09
75247358--75247435	23	3.2	25	78	12	92	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75247277--75247437	40	3.8	43	75	14	140	64	0	2	32	1.11
75247424--75247462	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
75247468--75247521	25	2.2	25	83	6	65	70	0	0	29	0.88
75247471--75247539	34	1.9	37	83	13	92	66	0	2	30	1.06
75248570--75249400	90	9.2	90	90	0	1261	29	27	14	29	1.95
75264112--75264272	38	4.2	38	85	4	200	29	24	23	22	1.99
75276083--75276167	33	2.6	33	86	0	116	29	28	18	23	1.98
75276358--75276422	27	2.5	26	85	9	87	33	18	26	21	1.96
75276358--75276431	27	2.8	25	80	15	78	33	18	24	22	1.97
75276575--75276635	27	2.3	27	94	0	104	27	16	16	39	1.90
75276616--75276747	27	4.9	27	72	5	115	31	11	19	37	1.87
75276872--75276938	34	2.0	34	93	0	116	38	17	13	29	1.88
75279121--75279249	45	2.9	45	88	0	168	23	14	29	32	1.94
75292769--75292814	20	2.3	20	100	0	92	13	36	32	17	1.88
75293813--75293977	46	3.6	44	73	11	145	27	17	29	26	1.98
75306555--75306587	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
75311648--75311804	42	3.7	42	76	12	117	31	25	17	25	1.97
75314962--75315008	19	2.4	19	85	3	58	59	4	2	34	1.29
75315122--75315170	2	24.5	2	91	0	62	40	0	0	59	0.98
75319518--75319568	25	2.0	25	92	0	84	39	0	33	27	1.57
75323068--75323116	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
75329156--75329463	46	6.5	46	70	11	178	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75335516--75335575	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
75336292--75336325	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
75339278--75339320	16	2.7	16	82	7	52	34	2	0	62	1.08
75339268--75339341	30	2.3	31	79	13	78	28	1	0	70	0.96
75340289--75340322	8	4.2	8	88	11	52	85	0	11	2	0.71
75340289--75340318	15	1.9	16	93	6	53	86	0	10	3	0.67
75340943--75340998	10	5.7	9	80	16	58	23	5	1	69	1.18
75340943--75341002	20	3.0	19	85	9	84	21	6	1	70	1.20
75340945--75341004	30	2.0	31	84	15	81	21	6	1	70	1.20
75341649--75341718	35	2.0	35	100	0	140	34	22	22	20	1.97
75351762--75351951	40	4.8	40	92	3	278	25	27	22	23	2.00
75351736--75351951	80	2.7	79	87	6	278	25	27	22	24	2.00
75354471--75354513	17	2.5	17	100	0	86	18	34	34	11	1.87
75354685--75354890	27	7.6	27	88	0	259	39	20	10	29	1.85
75354685--75354947	54	4.9	54	81	2	269	39	21	10	28	1.86
75354685--75354960	81	3.4	81	82	3	286	39	21	9	29	1.85
75354685--75354945	27	9.7	26	81	6	216	39	21	10	28	1.86
75354986--75355309	27	12.0	27	83	1	364	36	17	21	25	1.94
75354990--75355309	81	4.0	81	90	3	450	36	16	21	25	1.94
75355660--75355719	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
75355693--75355741	21	2.3	21	100	0	98	22	22	20	34	1.97
75355859--75356051	6	31.3	6	73	16	128	18	16	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75355859--75355926	25	2.7	25	88	0	100	19	19	14	47	1.83
75355881--75355963	37	2.2	37	89	0	130	18	19	16	45	1.85
75355924--75355985	25	2.5	25	91	0	97	19	17	14	48	1.81
75355887--75355957	19	3.8	19	83	10	101	16	19	16	46	1.84
75355860--75356051	62	3.1	62	86	2	253	18	16	14	50	1.78
75355890--75355979	19	4.5	19	75	22	94	18	18	14	47	1.82
75355944--75356030	37	2.4	37	84	0	120	18	13	14	52	1.74
75357997--75358286	27	10.7	27	87	1	307	39	21	8	30	1.84
75358325--75358486	27	6.0	27	91	0	236	35	19	20	23	1.96
75358734--75358784	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
75359018--75359210	6	31.3	6	69	16	110	19	17	13	50	1.78
75359021--75359147	25	5.6	25	67	25	93	19	18	14	48	1.82
75359040--75359121	37	2.2	37	82	4	103	19	18	13	48	1.80
75359019--75359210	62	3.1	61	85	5	244	18	17	13	50	1.78
75359115--75359187	37	2.0	37	83	0	92	19	15	13	52	1.75
75359018--75359201	19	10.3	18	69	20	64	19	17	13	50	1.78
75366742--75366766	13	1.9	13	100	0	50	12	40	16	32	1.84
75372541--75372701	43	3.7	43	76	12	152	33	24	17	24	1.96
75372553--75372701	44	3.5	42	78	14	144	32	24	18	25	1.97
75375944--75375999	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
75375942--75376020	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
75375942--75376013	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75375942--75376036	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
75376303--75376339	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
75387713--75387791	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75389685--75389935	120	2.1	120	96	0	466	27	18	23	29	1.98
75390018--75390276	78	3.3	78	89	2	412	33	18	23	25	1.97
75390364--75390457	45	2.1	45	89	0	143	29	12	29	27	1.93
75390807--75390860	17	2.9	19	89	10	94	38	11	14	35	1.82
75390822--75390869	19	2.5	19	75	25	55	41	8	16	33	1.78
75390807--75390883	17	3.8	22	83	13	71	37	9	15	37	1.79
75393061--75393100	20	2.0	20	100	0	80	50	20	10	20	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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