Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  8  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2011927--2012002
26
2.8
27
88
4
100
31
14
21
32
1.93
2011929--2012002
28
2.8
26
87
4
94
32
12
21
33
1.90
2013444--2013553
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
2017418--2017457
19
2.0
22
85
14
59
32
47
2
17
1.61
2017519--2017659
27
5.3
26
88
5
183
35
23
24
17
1.95
2017519--2017657
53
2.6
55
89
3
203
35
23
24
17
1.95
2017760--2017835
26
2.8
27
88
4
100
31
14
21
32
1.93
2017762--2017835
28
2.8
26
87
4
94
32
12
21
33
1.90
2019277--2019360
26
3.2
26
94
0
150
36
23
4
34
1.76
2021519--2021552
13
2.5
13
95
4
59
52
17
0
29
1.45
2022048--2022334
42
6.8
42
91
2
452
32
21
22
23
1.98
2022489--2022522
14
2.4
14
95
0
59
52
20
8
17
1.71
2022748--2022803
21
2.7
20
81
8
67
3
41
19
35
1.69
2028266--2028663
7
46.0
9
62
32
78
32
0
20
46
1.53
2028311--2028673
26
14.1
26
90
3
574
31
0
20
47
1.53
2028311--2028671
77
4.7
78
93
2
588
31
0
20
47
1.53
2028710--2028859
73
2.1
73
100
0
300
41
6
1
50
1.37
2028741--2028853
35
3.1
35
67
16
104
38
7
1
52
1.41
2029006--2029102
13
7.5
13
85
0
140
50
3
7
39
1.46
2029005--2029102
26
3.8
26
100
0
196
50
3
7
39
1.45
2031352--2031668
115
2.8
114
93
1
553
38
18
16
27
1.91
2031417--2031495
40
2.0
40
82
5
97
34
18
17
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2031533--2031610
40
2.0
39
82
7
95
34
19
16
29
1.94
2031572--2031743
75
2.3
74
95
2
308
39
18
13
27
1.89
2031457--2031835
189
2.0
189
90
1
589
39
19
14
26
1.90
2032229--2032302
21
3.2
21
74
20
67
39
41
4
14
1.65
2032235--2032287
27
2.0
27
100
0
106
37
47
3
11
1.58
2032757--2032894
73
1.9
72
85
7
190
31
19
21
28
1.97
2032794--2033119
113
2.9
113
83
5
381
30
23
21
25
1.99
2033090--2033218
39
3.3
37
77
9
107
21
18
22
37
1.94
2033789--2033828
20
2.0
20
100
0
80
55
10
10
25
1.64
2036648--2036682
15
2.3
15
85
0
52
68
0
0
31
0.90
2054562--2054689
62
2.1
62
86
2
177
25
14
16
43
1.86
2054875--2054924
15
2.9
18
74
17
52
56
0
0
44
0.99
2059853--2059993
69
2.0
70
93
1
239
57
16
10
15
1.65
2073468--2073531
21
3.2
21
66
20
64
28
10
25
35
1.89
2073468--2073546
39
2.0
39
100
0
158
27
10
25
36
1.88
2074679--2074762
10
8.6
10
74
17
70
60
1
0
38
1.04
2074647--2074733
20
4.7
17
73
21
61
57
1
3
37
1.23
2074679--2074848
9
17.8
9
69
17
67
61
4
1
33
1.23
2074709--2074793
31
2.8
29
77
19
77
62
3
0
34
1.12
2074714--2074774
22
2.9
20
83
11
61
60
1
0
37
1.07
2074705--2074773
31
2.2
30
80
16
79
62
1
0
36
1.04
2074728--2074789
21
3.0
22
84
13
69
59
4
0
35
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2074756--2074795
21
1.9
21
85
10
55
62
7
0
30
1.23
2075387--2075451
27
2.4
27
80
14
73
29
1
1
67
1.09
2076274--2076325
19
2.7
20
80
11
63
38
3
1
55
1.29
2082748--2082813
33
2.0
33
96
0
123
30
10
15
43
1.80
2091346--2091371
13
2.0
13
100
0
52
69
0
0
30
0.89
2097293--2097332
19
2.2
19
90
4
64
60
2
0
37
1.11
2099620--2099661
12
3.3
13
83
12
52
71
0
4
23
1.05
2100062--2100184
53
2.3
54
92
2
205
29
6
11
52
1.62
2101709--2101746
20
1.9
19
89
5
58
65
0
10
23
1.23
2103239--2103264
6
4.3
6
100
0
52
0
34
19
46
1.50
2105438--2105489
26
2.0
26
84
3
68
11
7
7
73
1.26
2106326--2106380
22
2.4
22
78
9
56
32
5
7
54
1.51
2108283--2108814
266
2.0
266
97
0
1001
33
18
25
23
1.97
2113223--2113414
104
1.8
105
86
4
278
23
18
11
46
1.81
2113797--2114487
44
15.7
45
77
6
603
27
16
25
30
1.97
2113792--2114414
132
4.7
132
94
0
1077
27
16
25
30
1.97
2115362--2115412
25
2.0
25
84
3
66
11
7
7
72
1.28
2116244--2116298
22
2.4
22
78
9
56
32
5
7
54
1.51
2118236--2118282
24
1.9
25
86
4
69
29
21
4
44
1.71
2122794--2122825
3
10.7
3
100
0
64
34
0
0
65
0.93
2125597--2125635
18
2.2
18
85
0
51
12
23
2
61
1.43
2129641--2129687
20
2.4
19
79
17
51
25
2
0
72
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2129636--2129689
22
2.5
20
77
19
56
27
1
0
70
0.98
2130557--2130616
9
6.1
9
75
19
50
76
0
3
20
0.92
2130559--2130613
11
5.1
11
76
10
60
74
0
3
21
0.97
2130562--2130616
21
2.6
21
85
0
74
76
0
3
20
0.94
2130662--2130707
9
4.7
10
87
10
60
58
0
4
36
1.18
2131245--2131301
10
5.6
10
76
19
64
28
3
0
68
1.06
2131252--2131302
21
2.5
20
84
12
68
29
3
0
66
1.09
2131245--2131308
20
3.0
21
81
4
76
29
4
0
65
1.13
2131409--2131451
19
2.3
19
87
0
59
32
0
2
65
1.06
2131357--2131448
9
10.1
9
74
14
64
35
3
2
58
1.26
2132835--2132927
31
3.0
31
76
6
89
29
18
16
36
1.92
2133874--2133898
3
8.3
3
100
0
50
64
0
0
36
0.94
2136288--2136312
8
3.1
8
100
0
50
0
12
0
88
0.53
2137745--2137805
29
2.1
29
100
0
122
32
18
9
39
1.83
2137889--2137939
25
2.0
25
100
0
102
15
25
7
50
1.71
2144267--2144312
23
2.0
24
86
4
67
58
4
2
34
1.30
2151240--2151278
21
1.9
20
84
5
51
43
7
12
35
1.72
2164121--2164226
37
2.8
38
77
16
105
50
0
13
34
1.47
2164594--2164642
20
2.6
17
77
22
53
59
2
4
34
1.28
2165042--2165109
3
22.3
3
73
8
57
61
7
0
30
1.23
2165490--2165533
18
2.4
18
84
0
52
45
0
54
0
0.99
2165493--2165529
11
3.4
11
92
7
58
45
0
54
0
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2165627--2165678
27
1.9
27
84
0
68
23
0
5
71
1.07
2166678--2167610
44
20.6
45
73
13
356
27
21
19
31
1.97
2166594--2167218
232
2.8
217
82
9
752
28
22
18
31
1.97
2166949--2167201
131
1.9
131
84
3
339
27
22
20
30
1.98
2166717--2167567
363
2.3
362
96
1
1537
27
21
19
31
1.97
2167312--2167561
131
1.9
131
84
3
333
26
22
20
30
1.98
2178697--2178802
37
2.8
38
77
16
105
50
0
13
34
1.47
2179168--2179216
20
2.6
17
77
22
53
59
2
4
34
1.28
2179210--2179247
15
2.4
16
86
4
51
52
2
7
36
1.45
2179612--2179679
3
22.3
3
73
8
57
61
7
0
30
1.23
2180145--2180180
11
3.2
12
88
11
58
47
0
52
0
1.00
2180271--2180338
33
2.1
32
84
10
86
25
0
4
70
1.05
2182919--2183250
133
2.5
133
83
3
408
29
18
19
33
1.95
2184008--2184041
16
2.1
16
88
0
50
52
17
8
20
1.71
2184532--2184585
25
2.3
23
84
12
67
31
5
1
61
1.30
2192425--2192461
19
1.9
19
94
0
65
37
0
5
56
1.22
2193010--2193052
22
2.0
22
90
4
70
37
0
0
62
0.95
2197058--2197126
28
2.5
28
86
6
88
59
0
4
36
1.17
2197058--2197151
28
3.4
27
81
11
86
59
1
5
34
1.27
2197066--2197126
27
2.2
27
88
2
86
59
0
3
37
1.14
2197105--2197187
38
2.2
39
80
12
100
60
3
4
31
1.35
2214128--2214232
51
2.1
51
100
0
210
19
24
9
46
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2220300--2220359
30
2.0
30
100
0
120
23
20
16
40
1.91
2226393--2226492
30
3.3
30
67
23
75
50
2
2
46
1.24
2232033--2232080
25
1.9
25
86
0
69
79
6
4
10
1.05
2232032--2232086
25
2.2
25
80
0
65
78
5
7
9
1.10
2233806--2234063
86
3.0
87
84
3
324
30
23
22
24
1.99
2234243--2234566
44
7.7
42
73
10
252
31
20
20
26
1.98
2234363--2234451
46
1.9
46
90
0
142
32
22
20
24
1.98
2234242--2234575
83
4.0
82
76
11
354
32
20
20
26
1.97
2234241--2234565
170
1.9
170
89
5
494
32
20
20
26
1.98
2237696--2237888
3
63.3
3
74
8
86
26
4
7
61
1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333