genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89137855--89138007	43	3.7	42	77	10	170	32	23	16	28	1.96
89138399--89138527	66	2.0	65	86	6	179	12	22	20	44	1.84
89139358--89139405	24	2.0	24	95	0	87	39	12	27	20	1.89
89140216--89140250	13	2.7	13	90	0	52	57	0	11	31	1.34
89143766--89143805	21	1.9	21	85	10	55	55	2	2	40	1.27
89144139--89144166	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
89147648--89147711	17	3.6	17	83	8	83	37	12	15	34	1.85
89147640--89147718	35	2.2	37	84	13	112	37	10	17	34	1.84
89147640--89147711	19	3.9	19	85	10	114	37	11	16	34	1.84
89147640--89147735	17	4.9	22	79	17	72	37	9	16	36	1.81
89148002--89148036	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
89156195--89156427	78	3.0	78	91	2	387	31	18	24	25	1.97
89156450--89156634	45	4.1	46	82	6	227	33	13	27	25	1.93
89156989--89157025	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
89156989--89157048	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
89157314--89157348	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
89162178--89162824	327	2.0	327	89	2	1005	31	22	19	26	1.97
89171063--89171168	52	2.0	52	100	0	212	35	6	9	48	1.62
89173493--89173517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
89173729--89173760	15	2.1	15	94	0	55	15	0	9	75	1.05
89176494--89176567	29	2.6	29	80	0	85	13	25	36	24	1.92
89180278--89180317	21	1.9	21	85	10	55	20	5	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89180416--89180466	22	2.3	23	82	3	59	47	0	5	47	1.26
89188053--89188087	18	1.9	18	100	0	70	45	17	5	31	1.71
89188652--89188692	20	2.2	19	86	8	57	70	2	0	26	0.99
89188675--89188700	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
89190655--89190712	19	3.1	19	80	7	64	44	5	5	44	1.48
89192973--89193027	27	2.0	27	89	0	83	18	32	10	38	1.85
89196509--89196557	24	2.2	20	80	16	53	69	2	0	28	1.00
89201246--89201301	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
89205204--89206049	46	18.4	47	86	7	1118	28	30	7	33	1.86
89206516--89206549	17	1.9	17	88	5	50	32	5	5	55	1.48
89209058--89209160	31	3.3	31	84	9	138	47	8	14	29	1.74
89209197--89209233	1	37.0	1	94	0	65	97	0	2	0	0.18
89209522--89209683	26	6.2	26	92	0	252	33	6	23	35	1.81
89210859--89210902	8	5.6	8	81	5	54	50	20	22	6	1.72
89211318--89211430	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
89211316--89211430	54	2.1	54	87	3	160	16	24	23	35	1.95
89215397--89215600	26	8.2	26	86	9	275	34	6	22	36	1.81
89216782--89216808	14	1.9	14	100	0	54	51	18	22	7	1.70
89217078--89217126	25	2.0	25	95	0	89	32	22	16	28	1.95
89217229--89217341	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
89217227--89217341	54	2.1	54	87	3	160	16	24	23	35	1.95
89220254--89220311	28	2.1	28	93	3	100	27	12	25	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89221259--89221468	26	8.1	26	95	0	357	33	6	23	35	1.81
89222638--89222688	8	6.4	8	93	0	75	47	23	23	5	1.73
89222642--89222688	16	2.9	16	96	0	85	42	25	25	6	1.78
89222638--89222688	24	2.1	24	96	0	93	47	23	23	5	1.73
89223103--89223216	27	4.3	26	83	9	140	16	23	23	35	1.95
89223103--89223216	53	2.1	54	87	4	160	16	23	23	35	1.95
89224800--89224825	11	2.4	11	100	0	52	50	26	7	15	1.71
89224741--89224933	71	2.7	72	90	4	300	46	18	12	21	1.83
89227002--89227063	15	3.8	15	74	17	52	32	3	0	64	1.09
89227017--89227062	19	2.5	19	85	3	58	34	2	0	63	1.07
89241549--89241583	18	1.9	18	100	0	70	45	17	5	31	1.71
89242165--89242190	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
89244142--89244199	19	3.1	19	80	7	64	44	5	5	44	1.48
89246458--89246512	27	2.0	27	89	0	83	18	32	10	38	1.85
89249997--89250045	24	2.2	20	80	16	53	69	2	0	28	1.00
89254743--89254798	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
89258741--89259606	47	18.4	47	92	0	1399	27	30	8	33	1.87
89259216--89259294	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
89259335--89259407	22	3.2	22	66	17	58	27	30	9	32	1.89
89259498--89259576	25	3.3	25	64	16	67	31	30	5	32	1.79
89262792--89262944	32	4.8	32	84	0	198	46	8	13	31	1.73
89262792--89262944	64	2.4	64	86	0	225	46	8	13	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89263381--89263541	26	6.2	26	92	1	252	34	6	23	35	1.82
89264719--89264759	16	2.6	16	88	0	64	46	21	24	7	1.77
89264715--89264759	8	5.6	8	81	0	54	51	20	22	6	1.70
89265174--89265286	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
89265172--89265286	54	2.1	54	87	3	160	16	24	23	35	1.95
89269237--89269423	26	7.2	26	93	1	304	34	6	23	35	1.82
89269237--89269423	103	1.8	103	94	0	329	34	6	23	35	1.82
89270602--89270642	16	2.6	16	88	0	64	46	21	24	7	1.77
89270598--89270642	8	5.6	8	81	0	54	51	20	22	6	1.70
89270879--89270954	26	2.8	26	88	4	98	34	21	14	30	1.93
89271057--89271169	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
89271055--89271169	54	2.1	54	87	3	160	16	24	23	35	1.95
89274159--89274217	28	2.1	28	96	0	109	27	13	25	33	1.93
89275167--89275376	26	8.1	26	95	0	357	33	6	23	35	1.81
89276551--89276603	8	6.6	8	91	0	79	47	22	24	5	1.73
89276551--89276603	24	2.2	24	96	0	97	47	22	24	5	1.73
89277019--89277131	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
89277017--89277131	54	2.1	54	87	3	160	16	24	23	35	1.95
89278730--89278755	11	2.4	11	100	0	52	50	26	7	15	1.71
89278670--89278865	72	2.7	73	92	1	322	47	18	12	21	1.81
89283575--89283609	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
89289769--89289821	13	4.1	13	80	9	72	37	28	5	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89290203--89290250	25	2.0	24	88	12	71	29	0	2	68	1.01
89290230--89290281	15	3.3	15	75	8	50	38	1	0	59	1.08
89290245--89290291	25	1.9	25	86	4	69	46	4	0	48	1.21
89296178--89296231	22	2.5	22	81	3	65	14	31	35	18	1.91
89298640--89298696	26	2.2	26	81	9	62	28	17	17	36	1.93
89309674--89309706	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
89332765--89332811	14	3.1	14	78	21	51	21	2	0	76	0.89
89332758--89332806	4	12.5	4	76	20	50	20	2	2	75	1.00
89332758--89332807	17	2.8	18	90	3	75	20	2	2	76	0.99
89335572--89335931	47	7.6	47	90	4	528	28	30	8	33	1.87
89335572--89335931	96	3.8	96	87	6	536	28	30	8	33	1.87
89335586--89335931	143	2.4	142	88	6	511	28	30	8	32	1.88
89338299--89338348	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
89338511--89338831	40	8.1	40	94	0	536	24	26	22	26	2.00
89338887--89338959	38	1.9	38	86	5	103	24	24	19	31	1.98
89341390--89341892	47	10.6	47	92	3	758	28	29	8	33	1.87
89341390--89341892	96	5.3	94	91	3	767	28	29	8	33	1.87
89341390--89341892	143	3.5	142	91	3	780	28	29	8	33	1.87
89343159--89343337	85	2.1	85	97	0	340	26	28	8	36	1.85
89347517--89347756	38	6.3	38	89	1	354	21	23	25	29	1.99
89347518--89347745	78	3.0	76	90	2	357	21	24	25	28	1.99
89347517--89347757	116	2.1	115	89	1	367	21	23	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89347749--89347860	43	2.6	43	94	0	197	10	25	34	28	1.90
89349433--89349508	27	2.8	27	82	7	84	17	22	19	40	1.91
89349612--89349694	44	1.9	42	85	4	112	20	28	13	37	1.90
89351456--89351531	40	1.9	40	83	5	100	27	21	17	34	1.95
89355145--89355244	50	2.0	50	86	3	139	36	23	10	31	1.87
89366579--89366614	12	3.0	12	83	0	54	27	36	0	36	1.57
89367937--89367979	23	1.9	22	86	13	61	44	16	16	23	1.86
89368042--89368117	27	2.8	26	82	5	98	19	17	21	42	1.90
89368044--89368180	27	5.1	26	84	5	89	30	18	16	35	1.92
89368107--89368262	27	5.8	27	91	0	240	37	17	13	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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