genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58433296--58433405	23	4.8	23	72	12	75	34	17	22	25	1.96
58442052--58442115	32	2.0	32	100	0	128	15	25	12	46	1.81
58443033--58443149	43	2.7	43	85	1	137	30	28	20	20	1.98
58445893--58446221	27	12.2	27	86	3	412	39	23	19	17	1.92
58445915--58446222	161	1.9	161	87	4	451	39	22	19	17	1.92
58446213--58446394	27	7.0	27	76	9	128	28	14	15	41	1.87
58446214--58446329	54	2.1	54	83	0	142	28	14	16	40	1.88
58446310--58446348	19	2.1	19	95	0	69	33	17	12	35	1.88
58446283--58446375	46	2.0	46	83	4	116	27	13	16	41	1.86
58446742--58446777	18	2.0	18	88	0	54	19	25	25	30	1.98
58449397--58449438	22	2.0	22	85	4	59	21	23	40	14	1.90
58452843--58453066	40	5.6	40	82	3	243	24	22	26	26	2.00
58457406--58457733	27	12.2	27	85	2	401	39	22	20	17	1.92
58457406--58457733	80	4.1	81	83	5	396	39	22	20	17	1.92
58457414--58457732	107	3.0	106	81	6	356	39	22	20	17	1.92
58457725--58457906	27	7.0	27	76	9	128	28	14	15	41	1.87
58457726--58457841	54	2.1	54	83	0	142	28	14	16	40	1.88
58457822--58457860	19	2.1	19	95	0	69	33	17	12	35	1.88
58457795--58457887	46	2.0	46	83	4	116	27	13	16	41	1.86
58458253--58458288	18	2.0	18	88	0	54	19	25	25	30	1.98
58460893--58460934	22	2.0	22	85	4	59	21	23	40	14	1.90
58464184--58464406	40	5.6	40	82	4	234	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58468743--58469065	27	12.2	26	86	4	373	39	21	20	17	1.92
58468743--58469065	53	6.1	52	82	7	373	39	21	20	17	1.92
58469057--58469238	27	7.0	27	76	9	128	28	14	15	41	1.87
58469058--58469173	54	2.1	54	83	0	142	28	14	16	40	1.88
58469154--58469192	19	2.1	19	95	0	69	33	17	12	35	1.88
58469127--58469219	46	2.0	46	83	4	116	27	13	16	41	1.86
58469586--58469621	18	2.0	18	88	0	54	19	25	25	30	1.98
58472241--58472282	22	2.0	22	85	4	59	21	23	40	14	1.90
58475414--58475633	40	5.4	40	84	3	262	24	23	25	26	2.00
58475419--58475633	83	2.7	79	86	5	263	23	24	26	25	2.00
58482676--58482824	40	3.7	40	93	0	253	24	23	26	25	2.00
58482676--58482856	40	4.6	39	87	7	224	24	23	25	25	2.00
58482676--58482856	80	2.3	80	87	4	251	24	23	25	25	2.00
58485082--58485239	43	3.7	42	83	7	194	29	27	17	25	1.98
58485077--58485239	84	1.9	84	86	0	227	30	26	17	25	1.97
58486377--58486405	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
58489659--58489986	163	2.0	163	95	0	593	32	25	12	28	1.93
58492625--58492792	27	6.4	27	88	2	227	25	16	17	41	1.89
58492647--58492821	54	3.3	54	84	7	162	26	16	17	39	1.90
58493118--58493159	18	2.3	18	91	0	66	19	19	11	50	1.78
58496356--58496402	20	2.3	20	92	0	76	14	27	36	21	1.93
58496497--58496585	27	3.3	27	90	0	133	28	11	16	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58496497--58496608	54	2.1	54	82	0	134	29	14	16	39	1.88
58500650--58500717	21	3.1	21	65	19	57	41	26	11	20	1.87
58500637--58500727	45	2.0	45	91	0	146	38	25	13	23	1.91
58503629--58503741	45	2.5	44	80	4	118	41	10	23	24	1.86
58504931--58504999	28	2.5	28	81	4	79	31	21	14	31	1.93
58510270--58510381	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
58510270--58510381	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
58511796--58511866	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
58515368--58515545	27	6.6	27	85	3	223	26	14	27	30	1.95
58515369--58515524	82	1.9	81	89	3	242	26	14	27	30	1.95
58515365--58515545	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
58520141--58520617	49	9.9	49	93	3	785	32	8	29	29	1.87
58520141--58520617	96	5.0	97	94	3	772	32	8	29	29	1.87
58520141--58520617	145	3.3	145	95	1	827	32	8	29	29	1.87
58525270--58525381	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
58525270--58525381	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
58526798--58526844	24	2.0	24	86	0	67	23	38	4	34	1.74
58531889--58531928	20	2.0	20	90	0	62	22	22	25	30	1.99
58532047--58532490	47	9.4	47	92	1	708	29	29	9	32	1.88
58532047--58532490	190	2.4	188	91	0	717	29	29	9	32	1.88
58536036--58536173	40	3.5	39	77	9	129	24	26	23	25	2.00
58536483--58536561	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58536543--58536642	43	2.3	43	98	0	191	27	36	16	21	1.94
58538509--58538587	37	2.1	37	86	9	108	26	30	17	25	1.97
58538705--58539056	47	7.6	47	93	1	584	28	29	8	32	1.87
58560630--58560748	43	2.8	42	78	2	130	31	14	23	30	1.94
58560630--58560718	42	2.1	42	82	2	106	32	11	23	32	1.90
58572927--58572971	20	2.2	20	80	7	56	68	0	24	6	1.13
58572950--58572983	16	2.1	16	89	10	52	82	0	14	2	0.79
58573812--58573947	51	2.7	51	76	0	155	39	13	6	40	1.70
58574623--58574657	15	2.3	16	85	14	56	57	0	0	42	0.99
58577197--58577253	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
58578475--58578533	5	11.0	5	79	13	55	69	0	27	3	1.04
58578475--58578533	20	2.7	22	82	10	77	69	0	27	3	1.04
58579420--58579448	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
58579540--58579585	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
58582407--58582504	28	3.4	29	86	9	123	27	15	27	29	1.96
58591104--58591198	36	2.7	35	85	1	118	24	17	16	41	1.90
58596802--58597024	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
58596802--58597024	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
58599657--58599827	46	3.7	45	76	10	157	21	28	21	28	1.98
58611619--58611790	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
58611643--58611826	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
58627265--58627306	20	2.1	20	100	0	84	52	9	4	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58634682--58634813	44	3.0	45	71	15	118	32	26	15	25	1.96
58639017--58639199	64	2.8	64	76	10	194	28	16	30	23	1.97
58650120--58650144	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
58650896--58650998	46	2.2	48	85	3	138	35	14	24	25	1.93
58653896--58653994	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
58655714--58655779	32	2.1	32	97	0	123	30	9	16	43	1.79
58657266--58657318	14	3.8	14	74	18	56	26	15	26	32	1.95
58657256--58657363	28	4.1	28	76	18	131	25	15	28	30	1.96
58657284--58657424	49	2.9	49	86	1	183	26	14	26	31	1.95
58657208--58657363	78	2.0	79	85	1	215	25	17	26	30	1.98
58657287--58657411	50	2.5	50	88	1	171	26	15	27	31	1.96
58659450--58659551	51	2.0	51	98	0	195	34	9	19	36	1.85
58664784--58664827	18	2.4	18	80	3	52	15	11	0	72	1.11
58664811--58664868	26	2.3	26	82	11	68	22	10	1	65	1.32
58674731--58674889	43	3.7	43	75	13	148	31	25	17	25	1.97
58681477--58681562	36	2.4	36	84	5	104	24	20	13	40	1.89
58682407--58682488	40	2.0	40	100	0	164	31	7	24	36	1.83
58682849--58682904	29	1.9	29	92	0	94	41	12	12	33	1.81
58688145--58688254	52	2.1	52	100	0	220	35	22	10	31	1.87
58696239--58696352	43	2.7	43	78	5	131	28	14	25	31	1.95
58697581--58697692	18	6.2	18	94	0	197	10	19	44	25	1.83
58699463--58699635	94	1.8	94	83	2	231	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58699470--58699640	46	3.7	47	73	6	159	25	26	19	29	1.98
58703056--58703108	28	1.9	27	81	11	63	18	26	22	32	1.97
58703495--58703568	27	2.7	27	91	0	112	33	17	17	31	1.93
58703562--58703667	27	3.9	27	87	0	131	16	18	23	41	1.90
58703549--58703671	54	2.3	54	84	2	131	18	17	24	39	1.92
58715417--58715550	39	3.4	39	80	10	130	25	26	20	26	1.99
58721195--58721375	40	4.6	40	84	6	226	24	27	21	27	1.99
58721228--58721375	79	1.9	80	90	4	237	25	27	21	25	1.99
58734450--58734593	40	3.5	40	85	6	200	24	22	26	26	2.00
58744633--58744984	40	8.7	40	93	2	587	31	19	26	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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