genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28265024--28265067	23	1.9	23	100	0	88	29	6	22	40	1.80
28266410--28266457	20	2.4	20	100	0	96	41	4	14	39	1.65
28269457--28269563	43	2.5	42	83	8	128	29	26	19	24	1.98
28282216--28282413	51	3.9	51	92	1	326	28	24	13	33	1.93
28282438--28282716	52	5.4	52	92	0	452	24	21	15	38	1.92
28304587--28304888	40	7.6	40	82	5	265	24	28	22	24	1.99
28304574--28304809	120	2.0	119	85	4	323	25	29	21	23	1.99
28304587--28304888	120	2.5	120	82	6	321	24	28	22	24	1.99
28305190--28305270	29	2.8	29	84	5	110	25	33	16	24	1.96
28305252--28305397	43	3.4	43	98	0	283	26	35	15	21	1.94
28307264--28307342	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
28307463--28307796	47	7.0	47	92	2	506	28	31	9	30	1.88
28307516--28307799	147	1.9	145	97	1	541	29	29	9	31	1.88
28312693--28312743	20	2.6	19	84	9	66	21	0	1	76	0.88
28312706--28312745	6	6.3	6	91	5	53	20	0	2	77	0.88
28314578--28314619	20	2.2	19	86	4	57	33	0	4	61	1.17
28316828--28316892	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
28319280--28319327	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
28319274--28319317	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
28319274--28319333	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
28320310--28320354	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
28331047--28331081	18	2.0	17	88	5	52	14	5	5	74	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28331324--28331371	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
28331318--28331361	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
28331318--28331377	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
28332354--28332398	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
28333773--28333960	49	3.8	49	76	6	200	29	23	18	28	1.97
28333779--28333962	100	1.8	100	90	2	298	29	23	18	27	1.98
28340300--28340394	30	3.2	31	73	5	97	27	28	15	28	1.96
28344417--28344573	43	3.7	42	75	9	156	30	24	21	23	1.99
28349350--28349403	27	2.0	27	81	0	63	66	5	20	7	1.37
28360346--28360387	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
28362888--28362984	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
28364281--28364341	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
28367464--28367499	18	1.9	18	88	5	54	52	0	8	38	1.32
28369555--28369638	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
28369507--28369697	50	3.8	51	83	3	208	25	19	26	28	1.99
28373233--28373261	14	2.1	14	93	6	51	24	13	27	34	1.93
28389802--28390206	217	1.9	217	93	0	702	26	20	17	35	1.94
28391230--28391274	22	2.0	22	95	0	81	44	15	8	31	1.77
28394506--28394663	43	3.7	43	78	5	158	26	15	25	32	1.96
28398711--28398808	28	3.4	29	81	4	110	28	28	16	26	1.97
28400130--28400169	16	2.4	17	87	8	64	12	5	35	47	1.63
28401062--28401125	23	2.8	23	95	0	110	42	26	21	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28401168--28401219	24	2.2	24	86	6	70	32	21	26	19	1.97
28402538--28402592	28	2.0	28	100	0	110	41	7	10	40	1.68
28403115--28403188	41	1.9	37	86	13	105	29	5	21	43	1.75
28414592--28414643	27	2.0	26	84	3	68	26	23	19	30	1.98
28420644--28420713	25	2.8	25	88	0	104	24	21	25	28	1.99
28421521--28421585	27	2.4	27	82	5	78	20	26	20	33	1.96
28421616--28421855	27	8.8	27	76	7	135	30	8	20	41	1.81
28421730--28421920	54	3.5	54	76	9	183	31	7	20	39	1.80
28421701--28421935	27	8.7	27	74	6	145	31	6	20	41	1.79
28422872--28423013	42	3.3	43	76	14	139	34	24	16	24	1.95
28422850--28423010	44	3.8	43	77	8	150	31	24	16	26	1.97
28422850--28423013	43	3.8	42	77	12	163	31	25	17	26	1.97
28426483--28426534	25	2.1	25	100	0	104	48	23	11	17	1.79
28428005--28428135	38	3.2	38	73	17	136	32	24	14	29	1.94
28428062--28428183	48	2.6	48	88	1	165	33	24	13	28	1.93
28443969--28444012	18	2.4	19	81	11	56	0	29	0	70	0.88
28445857--28446026	43	4.0	44	78	10	163	25	15	25	33	1.95
28445857--28446008	42	3.6	43	78	10	143	26	14	25	33	1.94
28452830--28452950	47	2.6	47	95	0	215	36	14	23	26	1.92
28452930--28453234	55	5.6	54	83	7	368	35	18	24	22	1.95
28452938--28453234	108	2.7	108	91	0	477	35	18	24	22	1.96
28455963--28456054	43	2.2	42	80	7	105	33	22	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28470663--28470709	19	2.5	19	77	19	53	25	2	8	63	1.34
28475730--28475759	15	1.9	16	93	6	53	46	3	10	40	1.54
28481837--28481932	27	3.6	27	82	0	102	38	21	20	18	1.93
28482167--28482429	27	9.7	27	77	4	206	30	10	20	39	1.85
28482414--28482467	27	2.0	27	96	0	99	24	18	20	37	1.94
28482843--28482890	23	2.1	23	100	0	96	16	20	25	37	1.93
28484417--28484513	27	3.6	27	85	0	95	20	19	22	37	1.95
28484451--28484514	27	2.4	27	91	0	101	20	18	23	37	1.94
28486710--28486802	27	3.4	28	80	7	111	20	17	24	37	1.93
28491092--28491126	13	2.6	14	90	4	54	48	28	8	14	1.73
28492718--28492759	15	2.7	15	82	14	50	40	16	2	40	1.62
28494669--28494891	40	5.6	40	87	3	254	25	20	27	26	1.99
28494743--28494926	79	2.3	80	82	3	221	26	20	27	25	1.99
28502672--28502795	40	3.2	40	89	3	182	23	20	28	28	1.99
28502672--28502830	78	2.0	78	80	2	176	25	20	28	26	1.99
28505256--28505311	20	2.8	19	73	19	60	7	16	1	75	1.11
28507125--28507157	16	2.1	16	94	0	57	27	6	6	60	1.44
28518731--28518774	18	2.4	18	81	7	54	27	4	0	68	1.09
28518739--28518775	18	2.0	19	89	5	58	27	2	0	70	1.01
28521725--28521751	6	4.5	6	100	0	54	33	18	14	33	1.92
28526010--28526108	54	1.9	51	84	13	132	29	8	21	41	1.81
28528442--28528636	49	3.9	49	87	2	264	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28533273--28533463	47	4.1	47	91	3	291	32	11	29	26	1.91
28533298--28533373	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
28533347--28533422	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
28533273--28533505	94	2.5	91	80	10	238	33	10	28	27	1.90
28533423--28533518	50	2.0	48	87	8	140	37	7	25	30	1.83
28533668--28533775	37	2.9	37	94	0	180	24	19	30	25	1.98
28535142--28535191	24	2.1	23	85	10	66	36	0	2	62	1.07
28535166--28535205	15	2.4	18	80	16	50	37	0	2	60	1.11
28535165--28535319	61	2.7	58	83	10	192	41	0	2	54	1.18
28535467--28535504	16	2.4	16	90	0	58	36	15	0	47	1.46
28536518--28536586	34	2.0	34	100	0	138	33	8	23	34	1.85
28539549--28539577	9	3.2	9	100	0	58	58	0	20	20	1.39
28558831--28559008	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28558852--28559007	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28566921--28567098	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28566942--28567097	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28602912--28602984	18	4.1	18	80	0	83	41	16	20	21	1.90
28605534--28606080	47	11.6	47	93	1	896	32	8	29	29	1.87
28605534--28606080	143	3.9	142	93	0	873	32	8	29	29	1.87
28605534--28606080	190	2.9	190	93	2	913	32	8	29	29	1.87
28607936--28608123	27	7.0	27	78	2	191	39	21	15	22	1.91
28608115--28608361	81	3.0	81	87	0	350	19	15	22	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28608115--28608361	27	9.1	27	88	1	316	19	15	22	42	1.89
28608351--28608378	13	2.2	13	100	0	56	14	14	14	57	1.66
28608349--28608380	13	2.6	12	90	9	55	15	15	15	53	1.74
28612862--28612926	23	2.7	23	95	4	112	44	15	4	35	1.67
28615196--28615220	11	2.3	11	100	0	50	56	8	8	28	1.57
28618104--28618483	44	8.6	44	74	11	278	30	20	17	31	1.96
28618277--28618485	49	4.5	46	74	14	180	30	20	16	32	1.95
28618395--28618522	49	2.6	50	77	10	138	29	28	13	28	1.94
28621650--28621695	18	2.6	18	96	0	83	4	17	39	39	1.69
28628335--28628719	50	7.6	50	79	4	373	30	24	17	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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