genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98658733--98658846	57	2.0	57	100	0	228	14	14	31	40	1.85
98661692--98661801	50	2.2	50	85	3	141	22	28	21	27	1.99
98661772--98661897	49	2.7	47	84	7	141	27	29	16	26	1.97
98661631--98661903	145	1.9	147	83	4	356	25	28	17	27	1.98
98664658--98664743	34	2.5	34	86	0	109	29	22	18	30	1.97
98665115--98665200	27	3.2	27	83	0	109	32	20	12	33	1.91
98665193--98665291	27	3.7	26	75	11	92	40	17	13	29	1.87
98668226--98668309	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
98668333--98668424	42	2.2	42	96	0	166	34	20	14	30	1.92
98668577--98668640	25	2.6	25	85	5	85	28	25	21	25	1.99
98669371--98669437	27	2.5	26	79	11	73	22	22	19	35	1.96
98669489--98669586	27	3.6	27	80	10	99	35	10	14	39	1.80
98669577--98669701	27	4.7	27	85	4	182	29	7	21	41	1.80
98669577--98669734	54	2.9	54	83	3	203	29	10	20	39	1.85
98669579--98669743	80	2.1	80	82	6	201	29	10	21	39	1.86
98669579--98669743	53	3.1	52	81	6	170	29	10	21	39	1.86
98669737--98669882	27	5.4	26	87	2	175	39	5	26	29	1.78
98669563--98669789	107	2.1	106	78	5	242	31	8	20	38	1.83
98669733--98669883	54	2.8	53	86	3	212	39	5	25	29	1.79
98669840--98669922	40	2.1	39	86	2	112	38	8	27	25	1.85
98669867--98669894	13	2.2	13	100	0	56	42	7	35	14	1.73
98669880--98669943	27	2.4	27	86	0	92	37	10	28	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98669813--98669943	67	2.0	67	85	0	181	38	8	26	26	1.85
98669786--98669963	94	1.9	94	83	0	230	38	8	24	28	1.84
98672262--98672342	31	2.6	31	92	1	137	29	28	17	24	1.97
98672369--98672460	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
98672608--98672677	25	2.8	25	89	4	97	25	25	24	24	2.00
98673334--98673400	27	2.5	26	79	11	73	22	22	19	35	1.96
98673452--98673549	27	3.6	27	80	10	99	35	10	14	39	1.80
98673540--98673638	27	3.7	27	81	4	119	30	8	21	40	1.82
98673670--98673826	27	5.8	27	84	3	190	37	6	26	29	1.81
98673670--98673826	54	2.9	53	86	1	215	37	6	26	29	1.81
98673674--98673828	81	1.9	81	86	2	222	36	6	26	30	1.82
98673670--98673862	81	2.4	81	79	2	208	36	8	25	30	1.85
98675930--98675976	19	2.3	20	76	20	53	38	4	17	40	1.69
98676288--98676355	28	2.3	28	85	7	82	41	0	4	54	1.20
98676583--98676646	33	1.9	33	93	0	110	56	9	18	15	1.66
98679361--98679472	18	6.2	18	73	8	84	33	13	16	36	1.88
98679361--98679472	36	3.1	36	79	2	109	33	13	16	36	1.88
98682138--98682176	19	2.1	19	100	0	78	41	15	0	43	1.46
98682353--98682388	5	6.8	5	90	9	54	80	0	2	16	0.83
98682353--98682389	16	2.2	17	95	4	67	81	0	2	16	0.81
98682353--98682388	11	3.4	10	88	11	54	80	0	2	16	0.83
98690580--98690665	30	2.9	29	75	17	79	29	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98692244--98692286	12	3.6	12	81	9	52	74	4	4	16	1.16
98692589--98692628	15	2.6	16	81	18	50	75	0	22	2	0.93
98692649--98692695	18	2.5	19	83	10	53	61	4	21	12	1.48
98701830--98701908	40	2.0	40	87	5	115	18	18	27	34	1.95
98703209--98703729	258	2.0	258	94	0	916	27	17	28	27	1.97
98709272--98709347	40	1.9	40	94	0	134	13	18	35	32	1.89
98710392--98710473	32	2.6	30	84	11	94	41	3	6	48	1.45
98723307--98723345	13	3.0	13	84	0	60	69	0	10	20	1.17
98723349--98723388	10	4.0	10	100	0	80	30	0	30	40	1.57
98723526--98723605	21	3.8	21	77	1	88	16	21	22	40	1.91
98724673--98724702	13	2.3	13	94	0	51	83	0	0	16	0.65
98726636--98726786	53	2.8	53	88	4	205	29	27	16	26	1.97
98729475--98729508	16	2.1	16	100	0	68	32	32	0	35	1.58
98729473--98729516	16	2.5	18	78	17	56	40	31	0	27	1.56
98730246--98730360	43	2.7	44	87	2	153	33	26	17	23	1.96
98734535--98734588	24	2.2	24	83	0	63	51	7	3	37	1.48
98738942--98738988	24	2.0	24	87	8	69	44	10	4	40	1.59
98738954--98739005	24	2.2	24	82	0	59	48	11	1	38	1.51
98742297--98742457	79	2.0	79	100	0	322	31	24	18	26	1.97
98745655--98745705	15	3.4	15	88	0	75	41	29	9	19	1.84
98745701--98745779	24	3.3	24	80	3	88	43	32	15	8	1.77
98753712--98753769	21	2.7	22	86	10	84	12	41	25	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98770407--98770438	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
98770516--98770564	23	2.1	23	100	0	98	34	14	12	38	1.83
98774992--98775040	23	2.1	23	100	0	98	34	14	12	38	1.83
98776070--98776103	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
98778902--98778942	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
98780848--98780881	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
98782560--98782590	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
98794386--98794968	40	14.6	40	94	1	1001	24	27	20	27	1.99
98794386--98794968	239	2.4	240	95	0	1017	24	27	20	27	1.99
98802234--98802814	40	14.6	40	94	1	983	24	28	19	27	1.99
98802234--98802814	277	2.1	279	93	2	990	24	28	19	27	1.99
98806265--98806464	45	4.5	45	84	5	271	24	27	14	34	1.94
98806279--98806448	89	1.9	89	90	2	270	25	28	14	31	1.94
98806478--98806770	78	3.8	78	87	1	417	25	22	19	32	1.98
98815462--98815494	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
98815462--98815495	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
98815750--98815807	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
98815786--98815837	18	2.8	19	91	5	88	38	15	9	36	1.80
98820737--98820775	14	2.6	16	92	8	64	38	0	0	61	0.96
98820742--98820782	17	2.4	17	79	0	55	48	0	0	51	1.00
98827341--98827623	131	2.2	132	88	0	424	31	19	16	31	1.95
98827341--98827696	131	2.7	131	82	3	367	29	19	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98831885--98831938	17	3.1	17	84	7	65	35	0	0	64	0.94
98834101--98834173	37	2.0	37	94	0	128	26	32	23	17	1.97
98835056--98835143	40	2.2	40	84	8	108	23	27	19	29	1.98
98842353--98842449	40	2.4	42	83	10	114	22	27	18	30	1.97
98851186--98851271	9	8.3	10	74	21	54	27	5	2	63	1.29
98851197--98851270	3	24.7	3	81	10	80	31	5	2	60	1.33
98851263--98851292	11	2.7	11	89	0	51	20	10	0	70	1.16
98852958--98853037	6	13.3	6	94	0	124	16	3	1	78	0.95
98852970--98853050	18	4.6	17	83	8	74	16	3	1	79	0.95
98857257--98857383	63	2.0	63	93	0	218	21	25	22	30	1.99
98867096--98867211	35	3.3	35	83	3	137	21	31	3	43	1.69
98867221--98867300	25	3.2	25	87	1	117	23	41	12	22	1.88
98872321--98872398	39	2.1	38	87	4	113	23	14	11	51	1.74
98875896--98875952	25	2.3	25	84	6	80	19	22	15	42	1.89
98879038--98879072	18	1.9	18	88	11	54	40	8	28	22	1.84
98881812--98881840	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
98882549--98882699	43	3.5	43	79	1	178	33	23	15	27	1.95
98888404--98888443	18	2.1	19	90	9	64	50	2	2	45	1.28
98889822--98890159	87	3.9	85	76	11	292	36	15	8	39	1.78
98889847--98890162	175	1.8	167	83	6	409	36	16	8	37	1.80
98890015--98890203	94	2.0	93	80	8	213	35	16	8	39	1.80
98890300--98890328	12	2.5	12	94	5	51	79	6	0	13	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98890589--98890677	26	3.4	26	76	16	94	33	1	1	64	1.09
98890594--98890678	27	3.2	26	77	11	75	32	1	1	64	1.08
98891510--98891544	7	5.0	7	100	0	70	57	0	0	42	0.99
98891494--98891546	21	2.5	22	79	20	67	52	0	0	47	1.00
98893660--98893705	12	3.8	12	77	5	56	78	0	17	4	0.91
98896241--98896314	30	2.4	32	82	8	93	50	4	10	35	1.56
98901066--98901122	18	3.2	18	80	5	53	61	1	0	36	1.07
98901111--98901139	13	2.2	13	100	0	58	62	0	0	37	0.96
98904710--98904740	16	1.9	16	93	0	53	29	12	6	51	1.65
98909925--98909964	19	2.1	19	100	0	80	40	17	0	42	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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