Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  63  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18734981--18735023
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2.2
20
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2
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1.00
18736669--18736731
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16
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18
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18
88
5
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1.32
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2.0
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1.61
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0
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187
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186
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20
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1.99
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332
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20
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1.99
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18757219--18757723
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373
23
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20
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1.99
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46
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19
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29
1.97
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15
5.4
15
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10
17
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1.62
18765882--18766049
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3.6
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198
19
22
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27
1.97
18765878--18766050
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1.9
93
93
0
301
19
21
31
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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92
0
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1.97
18782036--18782229
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49
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185
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28
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1.98
18782047--18782233
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250
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28
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25
1.98
18783748--18783891
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10
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36
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1.96
18785720--18785749
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26
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18794228--18794292
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19
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1.18
18794228--18794281
20
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5
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3
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0
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2.0
20
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20
0
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71
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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0
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1.71
18862675--18862718
21
2.0
22
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15
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34
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
18862678--18862724
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11
4.5
11
86
0
71
75
0
2
22
0.90
18875192--18875233
22
1.9
22
100
0
84
76
0
2
21
0.90
18875196--18875237
19
2.2
19
86
0
57
76
0
2
21
0.90
18880392--18880439
17
2.8
18
81
12
66
58
0
2
39
1.10
18880384--18880446
16
3.9
16
76
13
67
61
0
1
36
1.05
18880383--18880448
24
2.8
24
78
15
68
63
0
1
34
1.04
18882473--18882856
176
2.2
173
86
5
524
26
19
20
34
1.96
18882474--18882934
176
2.6
172
84
6
507
26
19
20
33
1.96
18894975--18895044
16
4.4
16
77
8
63
65
0
1
32
1.01
18894978--18895044
24
2.9
24
76
12
77
65
0
1
32
1.02
18894975--18895210
101
2.3
102
78
12
247
60
2
4
33
1.28
18905754--18905835
40
2.0
40
81
4
94
40
14
14
30
1.86
18908446--18908580
66
2.0
66
92
0
225
42
20
8
28
1.82
18921275--18921567
69
4.2
69
82
2
304
21
21
19
37
1.94
18921275--18921579
138
2.2
138
81
5
357
21
20
19
37
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18921529--18921630
51
2.0
51
100
0
204
27
17
17
37
1.93
18930618--18930651
14
2.5
13
86
9
50
52
11
17
17
1.73
18931144--18931181
19
2.0
19
94
0
67
39
0
18
42
1.50
18931697--18931753
28
2.0
28
96
0
105
28
19
24
28
1.98
18933972--18934022
25
2.0
25
88
7
77
35
9
21
33
1.86
18938015--18938046
16
2.1
16
94
5
57
84
6
6
3
0.86
18941195--18941239
22
2.0
23
86
8
65
24
4
2
68
1.19
18944955--18944994
15
2.6
16
84
11
57
35
0
7
57
1.27
18953669--18953846
27
6.6
27
85
3
214
30
28
14
26
1.95
18953690--18953845
82
1.9
81
89
3
242
30
28
14
26
1.95
18954651--18954690
20
2.0
21
85
5
55
40
5
5
50
1.46
18956261--18956296
15
2.5
15
95
4
65
61
5
11
22
1.50
18963454--18963523
35
2.0
35
100
0
140
37
17
11
34
1.85
19001340--19001387
24
2.0
25
84
12
64
50
2
4
43
1.33
19001555--19001671
54
2.1
54
84
7
148
32
13
24
29
1.94
19008355--19008460
29
3.7
29
67
18
85
24
12
15
48
1.79
19017798--19017864
31
2.2
30
79
12
73
32
11
26
28
1.92
19017814--19017876
31
2.0
31
100
0
126
30
9
28
31
1.89
19031454--19031503
21
2.5
20
84
9
59
36
0
2
62
1.07
19044647--19044704
30
2.0
29
82
3
71
44
10
8
36
1.69
19058738--19058915
27
6.6
27
81
3
169
29
27
15
28
1.96
19066970--19067147
27
6.6
27
81
3
169
29
27
15
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19079656--19079871
107
2.0
108
89
2
328
35
8
11
44
1.71
19091305--19091350
23
2.1
22
88
11
69
63
2
4
30
1.26
19100756--19100850
29
3.3
29
66
16
79
48
26
9
15
1.76
19100730--19100851
58
2.1
58
98
0
235
46
26
10
16
1.79
19101658--19101821
43
3.9
43
75
2
134
32
25
14
28
1.94
19105112--19105146
18
1.9
18
88
0
52
54
5
28
11
1.59
19131001--19131055
20
2.8
20
75
10
58
45
18
25
10
1.82
19133171--19133203
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2.2
15
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10
50
18
6
0
75
1.00
19133228--19133340
58
1.9
58
92
0
190
20
21
4
53
1.62
19137171--19137310
40
3.5
40
89
1
183
36
25
15
22
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333