genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16991283--16991400	23	5.0	23	75	7	94	38	19	20	21	1.93
16997197--16997236	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
16998264--16998324	31	2.0	30	87	9	88	27	4	9	57	1.52
16998407--16998446	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
17001204--17001245	19	2.2	19	87	8	59	26	2	2	69	1.13
17003042--17003084	23	1.9	22	95	4	77	60	11	4	23	1.50
17009193--17009260	34	2.0	34	97	0	127	32	29	10	27	1.90
17012038--17012178	67	2.2	64	83	8	169	21	14	5	58	1.57
17012037--17012178	64	2.2	63	82	8	171	22	14	5	57	1.57
17016085--17016122	19	2.0	20	84	5	51	0	26	0	73	0.83
17018705--17018928	46	4.8	45	78	7	191	27	18	29	24	1.98
17018704--17018929	93	2.4	94	80	10	266	27	18	29	23	1.98
17018672--17018928	47	5.5	47	76	11	219	27	19	28	24	1.98
17020090--17020152	22	2.9	22	92	2	101	11	39	25	23	1.88
17021266--17021319	27	2.0	27	92	0	90	40	0	3	55	1.17
17021266--17021305	13	3.0	13	81	3	53	45	0	5	50	1.23
17021271--17021323	14	3.9	14	82	5	63	37	0	1	60	1.08
17021707--17021757	20	2.5	20	100	0	102	39	21	0	39	1.54
17029532--17029599	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17029421--17029748	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
17029701--17029779	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
17036710--17036736	12	2.2	12	100	0	54	25	29	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17037681--17037748	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
17037570--17037897	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
17037850--17037928	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
17039784--17039874	29	3.1	28	87	6	121	37	12	25	25	1.90
17054100--17054154	1	55.0	1	100	0	110	100	0	0	0	0.00
17055648--17055715	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17055537--17055864	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.94
17055817--17055895	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
17063795--17063862	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17063684--17064011	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
17063964--17064042	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
17068577--17068633	27	2.1	27	100	0	114	14	17	29	38	1.89
17069765--17069884	13	9.2	13	71	5	71	44	2	17	35	1.62
17071122--17071197	3	27.3	3	68	24	51	63	0	1	35	1.03
17071116--17071180	10	6.4	10	74	13	53	58	0	1	40	1.07
17071158--17071183	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
17071147--17071197	15	3.1	18	76	21	58	62	0	0	37	0.95
17071221--17071272	18	2.7	18	83	13	68	71	3	25	0	1.03
17071243--17071276	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
17071221--17071282	18	3.3	18	80	14	54	72	3	24	0	0.99
17078528--17078575	23	2.0	25	84	11	66	56	0	6	37	1.25
17078580--17078604	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17079854--17080005	73	2.1	73	100	0	304	49	5	17	27	1.68
17080597--17080634	20	1.9	20	100	0	76	21	34	31	13	1.91
17102513--17102754	132	1.8	132	87	1	360	34	17	18	29	1.94
17106127--17106195	36	1.9	36	100	0	138	63	8	13	14	1.51
17110082--17110117	16	2.2	17	90	5	56	58	8	11	22	1.59
17110597--17110682	19	4.5	19	66	13	52	61	4	3	30	1.33
17110649--17110706	25	2.5	22	74	15	55	70	3	1	24	1.12
17110653--17110704	25	2.0	26	81	3	61	71	3	1	23	1.13
17110649--17110715	23	2.9	22	73	16	55	68	2	2	25	1.18
17110762--17110813	17	3.1	17	81	10	54	59	0	3	36	1.16
17110832--17110870	19	2.1	19	85	0	51	61	2	5	30	1.31
17110820--17110905	16	5.1	17	72	18	65	59	2	2	36	1.23
17110856--17110962	41	2.7	40	77	10	110	62	1	1	33	1.17
17112383--17112563	83	2.2	82	84	3	231	29	19	15	35	1.93
17112499--17112795	117	2.5	117	90	2	447	29	20	18	31	1.96
17112610--17112976	195	1.9	195	89	2	567	28	19	18	32	1.96
17112811--17113149	117	2.9	118	93	1	574	29	19	17	33	1.95
17112406--17113093	312	2.2	317	92	2	1138	29	19	18	33	1.95
17124491--17124524	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
17125015--17125169	24	6.6	23	69	15	63	62	4	4	28	1.34
17125060--17125111	19	2.6	20	80	20	56	69	5	0	25	1.10
17125085--17125156	22	3.4	21	73	17	60	68	2	5	23	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17125184--17125235	17	3.1	17	81	10	54	59	0	3	36	1.16
17125281--17125319	17	2.4	16	87	12	53	61	2	0	35	1.10
17125242--17125328	16	5.1	17	70	20	58	58	2	3	35	1.27
17128865--17128916	20	2.7	19	73	5	52	63	0	3	32	1.12
17134024--17134089	27	2.5	26	78	9	71	21	28	15	34	1.93
17134433--17134503	35	2.0	35	97	0	133	21	19	12	46	1.83
17136833--17136862	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
17138743--17138782	19	2.1	19	86	9	55	67	20	12	0	1.22
17141894--17141974	21	3.9	19	77	19	83	30	2	2	64	1.20
17141906--17141974	23	3.4	21	78	18	67	28	1	2	66	1.14
17141938--17141979	20	2.0	21	86	4	59	35	0	4	59	1.19
17141993--17142036	19	2.4	19	80	3	54	36	2	4	56	1.32
17144986--17145041	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
17145023--17145067	23	2.0	22	83	8	56	40	2	2	55	1.24
17145109--17145158	12	4.2	12	82	14	59	30	2	0	68	1.01
17145148--17145187	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
17145573--17145621	21	2.3	20	82	6	53	24	2	2	71	1.07
17145647--17145702	5	11.2	5	74	14	53	30	5	0	64	1.16
17157457--17158195	206	3.7	206	83	8	966	30	17	22	29	1.96
17157766--17158125	186	1.9	186	87	2	526	30	16	22	30	1.96
17159821--17159876	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
17160304--17160332	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17160380--17160438	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
17163678--17163718	20	2.0	20	85	9	55	63	14	4	17	1.47
17166289--17166320	16	2.0	16	93	0	55	31	28	0	40	1.57
17166342--17166405	32	2.0	32	100	0	128	37	12	6	43	1.68
17172777--17173092	47	6.7	46	76	14	256	27	17	30	24	1.97
17172825--17173090	92	2.8	95	77	10	244	27	16	31	24	1.96
17176406--17176443	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
17183602--17183862	136	1.9	135	81	3	317	17	22	38	21	1.93
17208315--17208437	46	2.7	44	87	7	158	26	28	19	26	1.99
17212090--17212152	22	2.9	22	85	2	83	12	34	31	20	1.90
17221010--17221040	16	1.9	16	100	0	62	25	51	0	22	1.48
17224196--17224483	143	2.0	143	89	1	443	46	8	23	21	1.78
17226314--17226353	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
17226320--17226357	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
17227783--17227844	32	1.9	32	96	0	115	51	4	16	27	1.64
17228537--17228855	46	6.8	46	87	4	442	40	14	24	21	1.90
17228549--17228907	92	3.8	92	91	3	463	41	14	23	20	1.89
17240344--17240426	41	2.0	41	100	0	166	21	24	18	36	1.95
17241756--17241798	18	2.4	18	84	0	59	30	18	32	18	1.95
17242052--17242419	48	7.7	48	86	0	504	26	16	30	27	1.96
17242052--17242416	143	2.5	144	89	0	552	26	15	30	27	1.96
17249448--17249562	57	2.0	57	98	0	221	39	3	22	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17250077--17250297	48	4.6	48	85	2	300	26	17	30	25	1.97
17250079--17250332	48	5.3	48	78	7	133	27	18	28	25	1.98
17250076--17250382	96	3.3	95	77	8	301	28	16	28	26	1.97
17250078--17250383	144	2.2	138	80	8	332	28	16	28	25	1.97
17261174--17261203	16	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
17272482--17272559	39	2.0	39	85	5	104	52	14	19	14	1.74
17273373--17273633	89	3.0	85	80	10	276	29	17	18	34	1.94
17273704--17273737	14	2.4	14	95	0	59	23	17	0	58	1.38
17273619--17273810	87	2.2	87	91	2	307	30	18	14	36	1.90
17273718--17273914	73	2.7	72	89	3	295	29	16	20	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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