genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103044091--103044134	18	2.6	17	85	7	54	31	4	2	61	1.28
103047140--103047240	53	1.9	52	89	2	157	31	28	14	24	1.95
103049059--103049255	101	2.0	101	100	0	394	31	13	18	37	1.89
103049923--103049964	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
103050340--103050410	13	5.8	13	82	12	87	9	0	52	38	1.35
103050335--103050416	35	2.3	35	93	4	139	9	0	53	36	1.34
103050906--103051985	206	5.2	206	95	0	1944	28	23	18	29	1.98
103064294--103064331	17	2.2	17	86	9	51	60	2	5	31	1.33
103064883--103064944	22	2.8	23	87	4	85	12	0	53	33	1.39
103081674--103081721	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
103081670--103081721	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
103081669--103081725	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
103081852--103081921	25	2.9	24	83	12	81	57	5	7	30	1.49
103081852--103081937	25	3.7	24	79	15	74	56	5	6	30	1.49
103081956--103082089	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
103081953--103082003	14	3.9	13	73	17	52	64	0	3	31	1.11
103082571--103082742	30	5.7	30	90	0	272	23	3	47	25	1.67
103082571--103082742	60	2.9	60	97	0	317	23	3	47	25	1.67
103083456--103083723	77	3.5	77	89	3	398	33	20	18	26	1.96
103083828--103083862	17	2.1	17	89	5	54	65	5	17	11	1.43
103083962--103084246	73	3.8	73	78	13	319	34	21	15	28	1.94
103084163--103084321	87	1.8	87	93	2	275	35	23	14	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103084396--103084424	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
103083845--103084861	161	6.4	159	77	13	912	34	21	16	28	1.95
103084404--103084644	72	3.3	73	85	5	308	34	19	17	29	1.94
103084252--103084861	236	2.6	236	93	2	1035	32	21	17	28	1.96
103084631--103084658	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
103084646--103084933	73	3.9	73	89	2	409	32	21	17	27	1.96
103084646--103084933	145	2.0	147	86	3	411	32	21	17	27	1.96
103094795--103094842	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
103094791--103094842	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
103094790--103094846	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
103094957--103095010	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
103094973--103095058	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
103095082--103095215	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
103095696--103095867	30	5.7	30	89	1	265	23	3	47	25	1.68
103095696--103095871	60	2.9	60	94	1	309	23	3	47	25	1.67
103097480--103097525	14	3.4	14	76	11	51	10	6	39	43	1.66
103097474--103097530	26	2.2	26	90	0	87	14	5	33	47	1.66
103098133--103098332	45	4.5	45	68	10	142	26	26	19	28	1.98
103097957--103098477	132	3.9	132	90	1	769	28	25	19	27	1.98
103104546--103104719	46	3.8	46	78	13	194	29	28	20	21	1.98
103104552--103104723	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	22	1.98
103107084--103108254	72	15.5	72	81	9	1130	33	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103107358--103107537	92	2.0	91	85	3	245	33	18	19	27	1.96
103107274--103107614	170	2.0	167	84	7	449	34	19	17	29	1.94
103116560--103116595	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
103118127--103118174	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
103118123--103118178	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
103118123--103118174	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
103118403--103118469	14	4.9	14	69	18	52	61	1	2	34	1.20
103118380--103118457	31	2.5	31	81	6	79	58	3	5	32	1.38
103118322--103118544	25	9.0	25	68	16	92	56	4	6	33	1.43
103118377--103118467	29	3.4	27	73	11	71	59	3	5	31	1.36
103118333--103118479	27	5.6	27	72	9	99	54	4	8	32	1.51
103119073--103119293	30	7.4	30	91	0	361	23	3	47	26	1.68
103142607--103142716	45	2.5	45	77	5	109	28	24	15	31	1.95
103144546--103144623	3	26.3	3	71	12	54	34	6	2	56	1.39
103144546--103144629	11	7.2	11	70	11	51	34	5	3	55	1.41
103148205--103148312	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
103149190--103149230	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92
103149180--103149225	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
103154332--103154439	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
103155307--103155353	16	3.0	16	84	12	62	4	19	2	74	1.09
103155362--103155434	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
103155363--103155405	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103155369--103155433	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
103155948--103156014	33	2.0	33	82	5	82	16	8	37	37	1.80
103169593--103169633	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
103176594--103176632	20	2.0	20	84	0	51	48	20	5	25	1.70
103178203--103178248	24	2.0	23	84	12	60	56	2	2	39	1.24
103187175--103187224	10	4.8	11	79	18	54	70	6	0	24	1.10
103187175--103187228	19	2.7	19	83	13	65	72	5	0	22	1.05
103187321--103187365	20	2.2	21	84	11	58	60	0	2	37	1.09
103191246--103191284	18	2.2	18	86	9	53	48	0	30	20	1.50
103192404--103192440	5	7.6	5	88	11	51	78	0	0	21	0.75
103193396--103193436	14	2.9	15	80	20	52	7	4	9	78	1.10
103194151--103194185	12	2.9	12	91	0	52	0	60	0	40	0.97
103194150--103194184	17	2.1	17	88	0	52	0	60	0	40	0.97
103195310--103195352	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
103195318--103195354	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
103195318--103195377	19	2.8	22	85	9	63	40	8	15	36	1.77
103195645--103195678	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
103204075--103204266	89	2.2	89	86	3	287	32	18	23	25	1.97
103205656--103205900	40	6.2	39	87	2	276	24	25	23	26	2.00
103205620--103205900	79	3.6	79	83	4	327	24	25	23	26	2.00
103214049--103214254	40	5.2	38	78	9	198	24	26	23	25	2.00
103214049--103214254	79	2.6	78	82	11	240	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103214991--103215285	78	3.8	78	90	2	450	31	18	24	25	1.98
103215225--103215492	45	5.9	45	79	8	294	30	15	28	25	1.96
103215225--103215484	89	2.9	90	85	5	312	29	15	28	26	1.96
103215225--103215481	134	1.9	136	82	8	328	29	15	28	26	1.96
103215848--103215957	19	5.9	19	91	6	190	37	10	14	37	1.81
103216249--103216282	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
103218213--103218404	38	4.9	39	83	5	210	31	25	22	20	1.98
103221187--103221289	50	2.1	50	96	0	188	23	23	16	36	1.94
103227820--103228047	46	5.0	46	90	3	298	22	23	14	39	1.91
103233027--103233252	91	2.5	92	87	2	321	21	24	13	40	1.89
103233027--103233252	46	4.9	46	91	2	321	21	24	13	40	1.89
103239709--103239867	38	4.1	38	88	4	212	29	25	23	22	1.99
103243541--103243571	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
103247611--103247708	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
103247639--103247721	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
103247611--103247722	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
103260499--103260595	27	3.5	28	90	2	133	26	13	27	31	1.94
103260527--103260609	27	3.0	27	87	5	96	31	12	24	32	1.91
103260499--103260610	28	4.0	27	83	6	98	29	12	25	33	1.92
103262859--103262910	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
103262961--103262992	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
103267320--103267371	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103267422--103267453	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
103268991--103269024	7	4.9	7	100	0	68	44	55	0	0	0.99
103275888--103276133	121	2.0	122	96	0	458	36	10	14	37	1.82
103280782--103280826	23	1.9	23	86	4	63	57	4	2	35	1.31
103282198--103282233	16	2.2	17	90	5	56	50	0	0	50	1.00
103287438--103287466	15	1.9	15	100	0	58	13	27	17	41	1.87
103290402--103290427	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
103291856--103291894	18	2.2	18	90	0	60	53	2	0	43	1.14
103313786--103313815	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
103316585--103316654	31	2.3	31	82	9	81	40	8	11	40	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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