Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  246  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81028654--81028707
26
2.2
25
83
12
67
18
0
24
57
1.40
81032586--81032661
30
2.5
30
82
0
89
28
23
9
38
1.86
81032646--81032839
30
6.5
30
71
12
112
24
23
11
40
1.87
81032781--81032836
29
1.9
29
88
0
85
16
25
14
44
1.84
81034414--81034521
26
4.2
26
91
0
180
33
7
23
36
1.83
81039215--81039247
14
2.4
14
100
0
66
27
0
12
60
1.32
81043164--81043388
40
5.6
40
97
0
405
24
23
26
25
2.00
81057577--81057630
25
2.2
25
86
6
74
18
0
22
59
1.38
81061522--81061711
30
6.5
29
70
16
97
24
23
11
41
1.87
81063280--81063384
25
4.2
25
87
4
158
34
6
23
35
1.81
81063280--81063384
51
2.1
50
91
5
167
34
6
23
35
1.81
81071910--81072088
40
4.7
40
90
7
291
25
24
27
23
2.00
81080201--81080385
40
4.6
40
96
0
343
24
22
27
25
2.00
81080201--81080408
80
2.6
79
92
2
346
25
22
26
25
2.00
81090763--81090787
12
2.1
12
100
0
50
84
0
0
16
0.63
81095204--81095236
5
6.6
5
100
0
66
81
0
0
18
0.68
81107236--81107307
32
2.3
31
90
4
110
11
27
2
58
1.46
81108085--81108181
29
3.4
28
72
12
90
29
14
30
24
1.95
81109935--81110086
27
5.6
27
91
2
232
30
28
14
26
1.95
81109935--81110086
55
2.8
54
89
2
232
30
28
14
26
1.95
81109935--81110086
82
1.9
82
91
0
250
30
28
14
26
1.95
81118035--81118186
27
5.6
27
91
2
232
30
28
14
26
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81118035--81118186
55
2.8
54
89
2
232
30
28
14
26
1.95
81118035--81118186
82
1.9
82
91
0
250
30
28
14
26
1.95
81129227--81129257
15
2.0
16
93
6
55
58
0
0
41
0.98
81140105--81140150
18
2.7
16
81
15
56
32
2
8
56
1.42
81141143--81141178
16
2.2
16
90
0
54
2
19
0
77
0.88
81142320--81142374
19
2.9
18
76
10
65
52
5
1
40
1.35
81142555--81142586
7
4.9
7
85
14
50
62
0
0
37
0.95
81142555--81142598
19
2.3
19
88
7
63
63
2
2
31
1.19
81142568--81142646
31
2.6
30
82
11
83
65
3
2
27
1.22
81142638--81142749
15
7.4
15
64
16
52
58
1
1
38
1.19
81142682--81142742
9
6.7
9
74
9
52
62
0
1
36
1.05
81142676--81142737
29
2.1
28
88
8
88
62
0
0
37
0.95
81147968--81148025
30
1.9
31
89
3
91
31
22
5
41
1.76
81153989--81154046
30
1.9
30
92
0
98
31
24
6
37
1.82
81157044--81157169
47
2.7
47
94
0
225
34
12
26
26
1.92
81157139--81157419
48
5.8
48
91
3
438
35
7
26
29
1.84
81157140--81157419
146
1.9
144
90
2
445
36
7
26
29
1.84
81157092--81157416
98
3.4
98
86
5
432
35
8
26
29
1.86
81157566--81157674
37
2.9
37
95
0
191
22
19
31
26
1.98
81158944--81159292
40
8.7
40
84
0
464
25
20
26
27
1.99
81158944--81159263
80
4.0
80
93
0
514
26
20
25
27
1.99
81170181--81170484
48
6.3
48
78
6
319
35
26
11
25
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81170182--81170484
96
3.2
96
96
0
543
35
26
11
26
1.91
81170153--81170485
24
13.9
24
74
9
261
35
26
12
25
1.91
81170912--81170943
16
2.0
16
93
0
55
56
15
0
28
1.40
81182079--81182205
37
3.5
36
75
10
109
38
32
13
15
1.87
81186464--81186519
26
2.2
25
83
3
67
42
16
10
30
1.82
81186507--81186538
15
2.1
15
100
0
64
40
25
6
28
1.79
81189041--81189225
79
2.3
82
83
7
229
26
27
21
24
1.99
81189041--81189225
40
4.7
40
79
10
200
26
27
21
24
1.99
81195705--81195889
79
2.3
81
83
7
227
26
27
21
24
1.99
81195705--81195889
40
4.7
40
82
7
225
26
27
21
24
1.99
81198523--81198626
26
4.0
26
92
0
172
35
23
7
33
1.83
81198523--81198626
52
2.0
52
98
0
199
35
23
7
33
1.83
81201981--81202016
18
2.0
18
100
0
72
33
16
0
50
1.46
81202224--81202248
13
1.9
13
100
0
50
68
24
0
8
1.16
81203498--81203587
45
2.0
45
97
0
171
40
23
4
32
1.74
81205147--81205198
18
2.8
19
85
8
72
42
11
7
38
1.70
81205209--81205267
18
3.3
19
81
11
70
35
15
18
30
1.92
81206511--81206535
4
6.2
4
100
0
50
0
24
0
76
0.80
81206609--81206653
3
15.0
3
86
9
65
33
0
0
66
0.92
81206937--81206997
3
20.3
3
100
0
122
67
0
0
32
0.91
81208468--81208635
46
3.6
45
79
10
178
27
21
29
21
1.98
81220771--81220916
43
3.4
41
77
12
134
24
17
25
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81220779--81220917
42
3.2
42
79
9
131
25
17
25
31
1.97
81222536--81223028
101
5.0
101
82
5
544
31
15
23
29
1.95
81222857--81223041
90
2.1
88
90
2
289
31
16
24
27
1.96
81226603--81226714
51
2.2
51
80
0
125
33
26
15
25
1.95
81226682--81226787
43
2.5
43
80
4
108
31
31
15
22
1.95
81229455--81229497
6
6.9
7
87
12
51
16
23
0
60
1.35
81229456--81229497
18
2.3
19
83
4
59
16
23
0
59
1.37
81232135--81232322
50
3.8
49
82
4
189
29
25
19
25
1.98
81232147--81232330
101
1.8
99
83
4
244
29
25
19
25
1.99
81243802--81243855
15
3.7
15
75
20
51
61
18
12
7
1.54
81246867--81246996
50
2.6
49
88
1
179
30
27
17
24
1.97
81246867--81247050
101
1.8
99
83
2
242
28
27
19
24
1.99
81252096--81252124
12
2.3
13
94
5
51
17
0
13
68
1.20
81258098--81258172
29
2.6
30
78
4
82
40
0
2
57
1.13
81258421--81258467
21
2.3
21
77
3
60
53
0
2
44
1.12
81268529--81268568
20
2.0
21
85
14
57
47
15
5
32
1.66
81270089--81270181
48
1.9
48
93
0
159
31
6
11
50
1.64
81270674--81270744
6
11.8
6
84
0
70
8
29
42
19
1.81
81270676--81270744
18
3.8
18
80
0
84
8
30
40
20
1.82
81271398--81271431
14
2.4
14
100
0
68
44
5
14
35
1.70
81273191--81273265
20
3.5
20
66
25
53
17
24
30
28
1.97
81273191--81273319
46
2.8
46
88
2
188
18
21
31
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81275323--81275354
16
2.0
16
100
0
64
56
18
0
25
1.42
81276979--81277027
23
2.1
23
85
7
64
22
0
4
73
1.00
81277046--81277105
23
2.5
26
79
17
76
36
0
0
63
0.95
81277046--81277127
33
2.4
36
88
11
120
39
0
0
60
0.96
81277130--81277173
22
2.0
22
95
0
79
38
11
9
40
1.73
81277216--81277245
13
2.4
13
94
5
53
56
0
0
43
0.99
81277230--81277285
10
5.5
10
78
4
58
58
3
0
37
1.15
81277341--81277378
13
3.0
13
80
3
51
44
2
0
52
1.14
81277388--81277450
20
3.0
21
83
6
74
58
0
1
39
1.07
81277388--81277450
21
3.0
22
84
11
78
58
0
1
39
1.07
81277412--81277457
23
2.1
21
84
8
56
60
2
2
34
1.21
81277417--81277516
36
2.8
36
82
7
132
58
2
2
38
1.21
81277498--81277537
20
2.0
20
95
0
71
62
0
0
37
0.95
81277617--81277681
19
3.4
18
78
16
69
75
3
7
13
1.14
81277585--81277681
37
2.5
39
75
12
94
75
2
6
16
1.10
81281430--81281472
20
2.2
20
100
0
86
25
13
23
37
1.92
81283008--81283071
32
2.0
32
100
0
128
31
15
18
34
1.93
81291510--81291534
6
4.2
6
100
0
50
84
16
0
0
0.63
81298828--81298887
29
2.1
29
100
0
120
35
26
13
25
1.93
81299833--81299892
29
2.1
29
100
0
120
23
21
23
31
1.98
81311321--81311483
46
3.5
46
77
9
174
25
30
16
26
1.97
81311269--81311537
94
2.9
94
77
10
291
25
28
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81314322--81314579
68
3.9
64
75
14
231
30
15
29
24
1.96
81315667--81315719
27
2.0
27
100
0
106
39
11
7
41
1.69
81319601--81319719
39
3.0
39
92
2
184
43
21
5
30
1.73
81319649--81319715
22
3.3
22
66
33
67
47
20
2
28
1.65
81321886--81321932
16
2.7
18
83
9
62
4
21
0
74
0.99
81324987--81325039
24
2.2
25
86
3
72
60
0
26
13
1.33
81327229--81327308
32
2.4
33
81
10
92
30
2
20
47
1.63
81327239--81327319
31
2.5
33
84
9
98
34
2
14
48
1.58
81327237--81327320
32
2.5
34
77
16
86
35
2
14
47
1.57
81327445--81327492
20
2.5
19
86
6
62
25
6
16
52
1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333