genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58094900--58095078	27	6.6	27	88	1	241	26	15	28	29	1.96
58094900--58095078	55	3.3	55	86	1	252	26	15	28	29	1.96
58102972--58103150	27	6.6	27	88	1	241	27	13	27	31	1.94
58102972--58103150	55	3.3	54	88	1	259	27	13	27	31	1.94
58105023--58105076	27	2.0	27	100	0	108	44	25	7	22	1.79
58111182--58111335	28	5.5	28	89	1	220	33	26	12	27	1.92
58111782--58111807	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
58116320--58116397	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
58116350--58116850	174	2.9	174	97	0	941	29	14	24	31	1.95
58124631--58124703	28	2.5	30	80	17	100	27	15	28	28	1.96
58124662--58125154	170	2.9	173	94	2	881	29	14	25	30	1.95
58138684--58138901	40	5.6	40	80	6	232	25	22	26	25	2.00
58138682--58138901	78	2.8	76	84	6	257	25	22	26	25	2.00
58138684--58138901	118	1.8	118	85	5	307	25	22	26	25	2.00
58140577--58140914	27	12.6	27	83	2	349	39	20	8	31	1.83
58140577--58140904	134	2.4	134	85	2	451	39	20	8	31	1.83
58140577--58140904	81	4.1	81	82	2	392	39	20	8	31	1.83
58140586--58140914	54	6.1	54	82	3	389	38	20	9	31	1.84
58140842--58140956	27	4.3	27	80	4	81	39	17	12	31	1.86
58140577--58140956	81	4.7	81	81	4	232	38	19	9	31	1.84
58155030--58155198	46	3.6	46	76	13	134	24	28	18	28	1.98
58157850--58157957	26	4.2	26	89	0	171	36	25	7	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58162460--58162689	45	5.2	45	85	4	306	24	14	24	36	1.93
58162462--58162715	89	2.8	90	82	4	316	24	14	25	35	1.94
58162460--58162745	45	6.5	45	82	5	284	24	14	24	36	1.93
58167623--58167845	40	5.6	40	84	3	227	25	21	27	26	1.99
58167697--58167880	79	2.3	80	81	3	203	26	20	27	25	1.99
58175566--58175788	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
58175641--58175823	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
58178221--58178347	66	1.9	66	91	3	211	29	23	18	27	1.98
58182257--58182372	37	3.1	37	72	18	98	30	24	16	29	1.96
58206947--58207022	27	2.8	27	81	0	89	22	23	21	32	1.98
58211196--58211331	27	5.0	27	78	6	141	30	19	23	26	1.98
58211480--58211540	27	2.3	27	80	11	79	22	24	21	31	1.98
58211701--58211766	28	2.4	27	79	2	69	22	22	22	31	1.98
58213725--58213808	24	3.4	25	85	6	118	30	23	17	27	1.97
58213730--58213810	26	3.2	26	82	6	105	32	22	19	25	1.98
58221793--58221951	43	3.7	44	77	9	175	20	18	28	32	1.96
58224211--58224259	26	2.0	26	88	8	75	32	10	4	53	1.54
58225821--58225860	18	2.2	18	90	0	62	12	10	47	30	1.74
58227536--58227647	29	4.0	27	70	10	80	28	15	31	25	1.95
58231956--58231990	13	2.8	12	87	8	52	5	40	0	54	1.24
58235151--58235208	24	2.4	24	80	11	64	22	17	24	36	1.95
58235256--58235313	21	2.8	21	84	5	82	34	20	10	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58238442--58238671	49	4.6	50	83	2	275	25	18	26	30	1.98
58238442--58238671	100	2.3	98	85	3	291	25	18	26	30	1.98
58241099--58241128	14	2.1	14	100	0	60	20	36	20	23	1.95
58249836--58249873	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
58250103--58250273	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	21	1.98
58250098--58250270	46	3.7	46	80	10	217	30	27	20	21	1.98
58255219--58255364	31	4.7	31	93	0	240	27	23	17	30	1.97
58255388--58255479	42	2.2	42	90	0	139	34	21	13	30	1.91
58255616--58255696	25	3.2	26	82	6	87	23	23	22	30	1.99
58256507--58256584	27	2.9	26	79	11	86	20	19	21	38	1.94
58256625--58256680	27	2.1	26	83	9	69	37	12	12	37	1.81
58256700--58256785	27	3.2	25	79	9	82	30	8	18	43	1.79
58256817--58256905	27	3.3	26	73	16	74	42	7	20	29	1.80
58262623--58262671	21	2.3	21	82	0	62	24	28	32	14	1.94
58263102--58263127	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
58264501--58264706	40	5.2	40	94	1	310	22	22	27	27	1.99
58267380--58267522	50	2.9	50	91	2	216	42	21	6	28	1.79
58267397--58267643	50	5.0	50	80	4	241	39	21	9	29	1.84
58270372--58270594	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
58278312--58278534	39	5.7	40	84	5	231	24	20	27	26	1.99
58278312--58278532	79	2.8	78	82	5	239	24	20	27	26	1.99
58278386--58278567	79	2.3	79	81	2	215	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58286242--58286464	40	5.6	40	85	4	238	25	20	27	26	1.99
58291455--58291497	16	2.7	16	77	0	50	48	18	20	11	1.79
58291732--58291831	29	3.5	29	81	1	121	27	17	29	27	1.97
58294412--58294472	27	2.3	27	91	0	104	39	21	9	29	1.85
58294485--58294679	27	7.2	27	91	0	318	28	22	9	40	1.85
58294451--58294679	81	2.8	81	89	0	350	28	22	9	38	1.86
58294448--58294779	27	12.3	27	83	0	144	33	22	9	34	1.86
58294451--58294678	54	4.2	54	90	0	330	28	22	9	39	1.86
58294682--58294836	27	5.7	27	75	5	116	40	21	9	28	1.84
58294681--58294835	54	2.9	55	79	3	145	40	21	9	28	1.84
58294734--58294878	27	5.4	27	75	5	107	37	18	15	28	1.92
58294760--58294878	54	2.2	53	82	4	141	36	17	17	27	1.93
58295200--58295250	27	1.9	26	84	11	68	19	23	29	27	1.98
58295304--58295368	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
58295536--58295627	27	3.4	26	83	5	103	21	26	17	34	1.95
58295765--58295859	6	15.3	6	72	22	72	18	14	15	50	1.78
58295765--58295845	31	2.6	31	94	2	135	18	14	16	50	1.78
58295775--58295833	19	3.5	19	65	29	60	18	15	16	49	1.80
58299294--58299511	40	5.5	40	91	2	307	22	23	28	24	2.00
58320025--58320078	16	3.2	17	71	7	56	57	1	0	40	1.09
58326236--58326541	46	6.7	46	79	3	265	34	20	19	25	1.96
58326324--58326616	92	3.2	92	85	1	356	31	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58326328--58326576	138	1.8	138	81	3	313	32	20	20	26	1.97
58326282--58326616	46	7.3	46	75	6	248	32	20	20	26	1.97
58335391--58335523	49	2.8	47	88	6	196	34	27	15	21	1.94
58336169--58336211	18	2.5	17	80	3	50	46	6	6	39	1.58
58346021--58346090	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
58346021--58346118	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
58351024--58351121	27	3.5	28	88	2	126	26	14	28	30	1.95
58351052--58351135	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
58370930--58370957	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
58372927--58372996	31	2.3	29	79	13	77	38	5	2	52	1.40
58374701--58374757	30	1.9	30	92	0	96	28	3	10	57	1.48
58374840--58374880	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
58375590--58375837	133	1.9	130	84	11	330	38	18	11	31	1.87
58378548--58378585	19	2.0	19	89	0	58	28	2	26	42	1.69
58384939--58385071	48	2.8	48	87	2	178	36	28	14	20	1.92
58390294--58390515	46	4.7	49	76	7	183	22	27	20	28	1.99
58399467--58399527	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
58403169--58403388	46	4.6	49	78	6	168	24	28	18	29	1.98
58410015--58410093	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
58410211--58410667	47	9.7	47	94	1	790	30	28	8	32	1.86
58414074--58414391	40	8.0	40	88	1	397	25	26	21	26	2.00
58414074--58414382	119	2.6	120	87	1	433	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58414074--58414424	119	2.9	119	84	3	377	25	26	21	25	2.00
58414736--58414814	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
58416720--58416798	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58416916--58417420	47	10.7	47	97	0	938	30	29	8	31	1.87
58417188--58417266	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
58417329--58417407	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
58428378--58428490	27	4.2	26	82	6	75	39	17	13	29	1.88
58428396--58428492	27	3.6	27	91	0	149	40	16	14	28	1.88
58430571--58430698	46	2.7	48	82	4	170	34	28	16	20	1.94
58433292--58433383	23	4.0	23	76	8	98	33	17	25	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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