genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67104006--67104057	25	2.1	25	81	0	59	57	7	7	26	1.54
67105152--67105235	26	3.2	26	93	0	132	33	4	23	38	1.76
67110418--67110748	82	4.1	82	82	1	389	45	13	12	27	1.80
67110380--67110757	162	2.3	161	82	5	449	46	13	12	27	1.79
67111424--67111475	25	2.1	25	81	0	59	53	9	7	28	1.61
67113140--67113277	68	2.0	68	100	0	276	33	15	11	39	1.84
67114850--67114929	18	4.4	18	83	0	97	40	15	11	33	1.82
67114848--67114929	36	2.3	36	86	0	119	39	15	10	34	1.83
67118271--67118378	26	4.2	26	93	0	189	37	26	5	29	1.79
67118271--67118379	52	2.1	52	98	0	209	38	26	5	29	1.79
67118816--67118845	11	2.6	12	89	10	53	26	13	0	60	1.34
67119487--67119537	19	2.7	18	77	17	50	60	1	1	35	1.19
67122377--67122401	13	1.9	13	100	0	50	56	0	16	28	1.41
67123590--67123694	54	1.9	54	92	0	174	30	13	10	45	1.77
67123523--67123828	135	2.3	135	82	3	384	33	15	8	42	1.78
67123725--67123828	54	1.9	54	88	0	154	33	17	6	42	1.75
67124265--67124475	41	5.1	41	91	1	350	32	23	24	19	1.98
67124646--67124725	21	3.6	21	71	12	70	28	1	26	43	1.62
67124820--67124863	21	2.1	21	87	8	63	20	0	43	36	1.52
67124818--67124865	14	3.4	14	79	2	51	20	0	41	37	1.53
67126329--67126362	6	5.7	6	100	0	68	17	67	0	14	1.23
67130537--67130577	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67130826--67130929	43	2.4	43	91	0	163	21	22	31	25	1.98
67133642--67133668	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
67136325--67136381	28	2.0	28	93	0	96	35	29	22	12	1.91
67141265--67141315	24	2.3	21	77	12	57	41	13	7	37	1.74
67142962--67143177	43	5.0	43	80	5	258	24	18	29	28	1.98
67142962--67143177	85	2.5	86	84	2	274	24	18	29	28	1.98
67144438--67144545	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
67146143--67146226	27	3.1	27	80	1	96	17	22	23	35	1.95
67146180--67146252	27	2.7	26	83	10	92	17	24	17	39	1.91
67146143--67146255	54	2.1	54	83	3	138	17	22	23	37	1.94
67148699--67148964	86	3.1	85	78	2	255	31	17	15	35	1.91
67152809--67152918	26	4.2	26	94	0	166	36	22	5	35	1.78
67158575--67158680	25	4.2	26	92	6	173	35	23	6	33	1.81
67158575--67158680	51	2.1	50	92	5	178	35	23	6	33	1.81
67172822--67172886	28	2.2	30	81	13	73	44	1	1	52	1.19
67172958--67173007	18	2.6	18	82	17	57	32	4	0	64	1.12
67173048--67173087	21	2.0	21	85	5	55	37	20	7	35	1.81
67180522--67180566	22	2.0	22	100	0	90	33	22	26	17	1.96
67182769--67182808	22	1.9	20	90	10	62	47	20	15	17	1.83
67184341--67184450	26	4.2	26	94	0	166	36	22	5	35	1.78
67190140--67190249	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
67193112--67193557	43	10.2	42	66	19	141	26	24	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67193037--67193783	176	4.3	176	88	3	1057	26	24	17	31	1.97
67193609--67193727	38	3.0	38	80	8	105	25	26	16	31	1.97
67194873--67194913	22	2.0	21	90	9	66	7	21	0	70	1.11
67215083--67215126	20	2.1	21	83	4	54	63	0	2	34	1.07
67215085--67215128	23	1.9	23	86	9	63	63	0	2	34	1.07
67216361--67216434	37	1.9	39	81	10	91	50	2	10	36	1.52
67221138--67221234	33	3.0	33	90	1	151	18	42	21	17	1.89
67221148--67221258	32	3.4	32	86	2	105	20	40	20	18	1.91
67224317--67224394	33	2.4	32	81	10	86	23	21	19	35	1.96
67224268--67224393	66	1.9	66	83	3	164	22	24	19	33	1.97
67226487--67226526	21	2.0	20	85	5	53	75	2	7	15	1.14
67233177--67233463	137	2.1	137	96	0	520	31	24	19	25	1.98
67235248--67235331	26	3.2	26	91	0	132	35	26	5	32	1.81
67237358--67237435	23	3.4	22	75	10	77	30	5	1	62	1.24
67237488--67237721	26	9.4	25	67	16	103	33	7	1	57	1.36
67237559--67237720	77	2.2	76	80	12	178	33	6	1	58	1.34
67237725--67237865	27	5.2	27	72	16	94	29	6	3	60	1.38
67237725--67237840	51	2.2	55	81	10	134	28	6	3	61	1.38
67237778--67237851	13	5.6	13	71	9	60	31	4	1	63	1.21
67243157--67243200	23	1.9	23	90	0	70	15	2	36	45	1.59
67243687--67243737	25	2.0	25	92	0	84	43	5	5	45	1.52
67246190--67246409	3	72.7	3	69	8	133	60	2	7	29	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67246561--67246876	3	105.0	3	66	11	94	58	1	8	30	1.38
67246561--67246596	14	2.8	13	88	12	56	61	0	2	36	1.11
67248297--67248442	44	3.3	43	76	3	112	26	22	19	31	1.98
67248350--67248459	44	2.5	44	80	1	114	27	22	22	27	1.99
67248438--67248681	88	2.8	88	85	0	335	27	20	22	29	1.99
67248515--67248650	44	3.1	42	68	17	98	24	22	23	30	1.99
67248649--67248856	41	4.9	41	72	9	114	28	17	20	34	1.95
67248777--67248951	92	1.9	96	83	7	234	29	20	18	32	1.96
67248867--67248984	45	2.7	44	81	1	119	29	23	14	32	1.94
67248987--67249091	47	2.2	47	93	0	174	23	26	26	22	2.00
67249032--67249289	68	3.8	68	87	1	356	29	23	23	24	1.99
67249305--67249724	86	4.9	86	86	0	554	22	22	22	32	1.98
67254593--67254763	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	22	1.99
67254588--67254760	46	3.7	46	76	13	192	28	28	20	22	1.99
67261489--67261775	137	2.1	137	96	0	520	31	24	19	25	1.98
67263526--67263607	26	3.2	25	86	6	112	35	25	6	32	1.81
67265723--67265773	25	2.0	25	84	0	66	31	3	1	62	1.24
67265680--67265796	44	3.0	35	72	23	92	29	5	0	64	1.23
67265940--67266051	26	4.3	26	74	17	81	28	4	3	63	1.31
67265964--67266037	13	5.6	13	71	9	60	31	4	1	63	1.21
67279511--67279680	93	1.8	93	92	1	288	27	29	21	22	1.99
67286303--67286587	136	2.1	136	94	1	500	30	24	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67288365--67288448	26	3.2	26	91	0	132	35	26	5	32	1.81
67290469--67290544	22	3.4	21	73	12	64	31	5	1	61	1.26
67290597--67290788	26	7.5	25	70	12	104	34	7	2	55	1.40
67290870--67290929	26	2.4	25	80	8	68	31	5	1	61	1.27
67290886--67290960	26	3.0	26	79	9	77	29	4	1	65	1.19
67296255--67296298	23	1.9	23	90	0	70	15	2	36	45	1.59
67296785--67296835	25	2.0	25	92	0	84	43	5	5	45	1.52
67299282--67299500	3	72.7	3	69	9	133	60	2	7	29	1.37
67299384--67299451	29	2.3	29	80	7	75	61	0	11	26	1.30
67299651--67299964	3	105.0	3	66	12	94	58	1	8	30	1.38
67299651--67299686	14	2.8	13	88	12	56	61	0	2	36	1.11
67301383--67301528	44	3.3	43	76	3	112	26	22	19	31	1.98
67301436--67301545	44	2.5	44	80	1	114	27	22	22	27	1.99
67301524--67301767	88	2.8	88	85	0	335	27	20	22	29	1.99
67301601--67301736	44	3.1	42	68	17	98	24	22	23	30	1.99
67301735--67301816	40	2.0	40	83	4	103	26	15	20	36	1.93
67301862--67302036	92	1.9	96	83	7	234	29	20	18	32	1.96
67301952--67302069	45	2.7	44	81	1	119	29	23	14	32	1.94
67302072--67302176	47	2.2	47	93	0	174	23	26	26	22	2.00
67302117--67302373	135	1.9	135	88	0	388	28	23	23	24	1.99
67302117--67302373	68	3.8	68	87	1	372	28	23	23	24	1.99
67302389--67302806	86	4.9	86	85	1	543	22	22	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67307673--67307843	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	22	1.99
67307668--67307840	46	3.7	46	76	13	192	28	28	20	22	1.99
67310235--67310323	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67310235--67310314	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67310246--67310323	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
67311284--67311409	47	2.7	47	85	2	146	29	24	15	30	1.96
67311413--67311441	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
67311471--67311647	50	3.5	50	88	2	257	26	21	16	35	1.94
67313792--67313962	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
67313787--67313959	46	3.7	46	78	13	201	29	27	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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