genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29599463--29599517	24	2.3	24	81	6	67	54	1	0	43	1.10
29599731--29599777	24	2.0	24	86	0	67	42	6	19	31	1.76
29600383--29600520	67	2.1	67	95	0	249	22	16	21	39	1.92
29603968--29604024	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
29604419--29604503	21	4.0	21	89	0	116	15	23	27	34	1.95
29604395--29604503	42	2.5	43	80	4	139	16	21	25	36	1.94
29606749--29606866	51	2.3	52	88	4	168	45	3	7	43	1.49
29606749--29606867	26	4.6	26	89	4	170	45	3	7	43	1.49
29606912--29606945	7	4.7	7	85	7	50	32	52	0	14	1.42
29606919--29606947	15	1.9	15	100	0	58	31	48	0	20	1.50
29607038--29607104	14	4.7	14	72	9	55	40	38	1	19	1.61
29607047--29607099	28	1.9	27	88	3	79	35	41	1	20	1.64
29607144--29607286	38	3.8	37	81	5	137	35	41	0	22	1.59
29607178--29607254	30	2.6	30	80	12	95	33	41	0	24	1.55
29607191--29607281	15	6.1	14	75	11	65	36	40	0	23	1.55
29607216--29607266	22	2.3	22	93	0	84	39	37	0	23	1.55
29607178--29607278	7	13.4	7	72	13	76	35	40	0	23	1.55
29607236--29607327	29	3.1	29	75	19	75	39	39	0	21	1.54
29607281--29607343	15	4.2	15	73	6	56	39	36	1	22	1.64
29608078--29608170	40	2.3	41	85	5	127	20	21	22	35	1.96
29614521--29614564	21	2.1	21	91	0	70	38	29	13	18	1.89
29617090--29617188	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29630577--29630749	38	4.5	39	87	6	248	30	30	18	20	1.97
29630573--29630749	75	2.3	77	86	6	254	29	30	19	20	1.97
29631174--29631223	23	2.2	23	96	0	91	42	18	4	36	1.69
29635013--29635125	42	2.7	43	79	2	113	30	24	15	30	1.95
29638077--29638125	25	2.0	25	87	0	71	32	8	16	42	1.77
29640224--29640801	288	2.0	288	98	0	1111	28	23	24	23	1.99
29655059--29655337	120	2.3	119	89	2	407	29	26	21	22	1.99
29655100--29655338	40	6.0	40	91	0	397	30	26	20	22	1.98
29686513--29686839	161	2.0	161	99	0	645	30	14	13	40	1.85
29687603--29687638	19	1.9	19	94	5	65	27	19	13	38	1.90
29688680--29688715	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
29689931--29690083	32	4.8	32	86	0	216	32	12	9	45	1.73
29689931--29690083	64	2.4	64	91	0	243	32	12	9	45	1.73
29693609--29693661	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
29694028--29694117	47	1.9	47	86	0	126	41	6	4	47	1.50
29700431--29700468	19	2.0	19	100	0	76	36	31	5	26	1.79
29705685--29705723	20	2.0	20	85	10	53	53	0	7	38	1.30
29719031--29719101	35	2.0	35	100	0	142	52	19	5	22	1.67
29723556--29723782	46	4.9	47	93	2	329	21	24	13	40	1.89
29725915--29725959	11	3.9	11	80	11	54	62	2	0	35	1.08
29725930--29726000	31	2.3	31	73	9	74	53	7	0	39	1.28
29739662--29739703	6	6.8	6	79	15	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29743995--29744970	463	2.1	467	81	4	1159	31	10	26	31	1.90
29746179--29746499	48	6.7	48	77	4	261	28	20	28	23	1.99
29746183--29746496	96	3.3	96	81	0	315	28	20	27	23	1.99
29746166--29746499	144	2.3	143	84	5	406	27	20	28	23	1.99
29750131--29750175	20	2.2	20	96	0	81	20	33	28	17	1.95
29751551--29751666	57	2.0	57	93	0	196	40	14	7	37	1.75
29763765--29763949	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
29763746--29763949	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
29771714--29771898	79	2.3	81	82	7	218	25	27	22	24	2.00
29771695--29771898	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
29787601--29787641	15	2.8	14	89	10	64	12	9	17	60	1.57
29789825--29789854	8	3.8	8	90	0	51	56	0	20	23	1.42
29790347--29790582	50	4.7	50	73	10	178	27	18	25	29	1.98
29795082--29795198	47	2.4	47	95	2	207	33	6	30	29	1.83
29795174--29795219	21	2.2	21	100	0	92	32	0	32	34	1.58
29795127--29795266	68	2.1	68	98	0	271	32	5	31	30	1.81
29795195--29795498	47	6.5	47	93	4	508	32	7	32	27	1.85
29795082--29795315	117	2.0	116	95	3	425	32	6	31	29	1.83
29795195--29795498	96	3.2	96	93	5	507	32	7	32	27	1.85
29795195--29795498	143	2.2	138	92	4	502	32	7	32	27	1.85
29799872--29799906	18	1.9	18	94	0	61	34	20	0	45	1.51
29812000--29812124	49	2.6	49	81	7	139	25	32	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29811945--29812214	93	2.8	93	78	7	240	25	30	17	27	1.97
29816143--29816186	17	2.6	18	85	7	56	31	0	4	63	1.14
29827805--29827843	18	2.2	18	85	0	51	28	5	2	64	1.28
29827954--29828002	25	2.0	25	83	0	62	55	6	2	36	1.37
29829516--29829564	8	6.1	8	90	0	80	34	0	2	63	1.06
29832345--29832408	32	2.0	32	93	0	110	56	1	4	37	1.30
29832853--29832942	16	5.4	16	73	15	76	65	0	1	33	1.00
29835719--29835889	43	4.0	43	76	8	170	28	15	23	32	1.96
29850832--29850886	29	1.9	28	85	10	76	65	1	1	30	1.13
29850842--29850884	20	2.1	21	87	12	63	65	2	2	30	1.18
29851145--29851198	28	1.9	28	92	0	90	46	11	5	37	1.63
29855407--29855552	60	2.4	59	81	7	161	41	10	19	28	1.85
29858065--29858181	53	2.2	53	93	0	198	13	34	23	28	1.93
29860893--29860996	52	2.0	52	98	0	199	38	3	20	37	1.71
29865889--29865913	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
29865909--29866009	46	2.2	46	85	0	130	33	15	22	27	1.95
29865909--29866026	46	2.6	46	83	0	128	33	16	21	28	1.94
29870209--29870305	46	2.1	48	88	3	144	34	14	23	27	1.94
29875997--29876054	30	1.9	30	82	0	71	32	24	6	36	1.82
29878335--29878370	5	7.0	5	87	6	54	77	0	0	22	0.76
29878335--29878369	16	2.2	16	94	0	61	80	0	0	20	0.72
29878974--29879030	25	2.4	23	78	18	64	63	8	0	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29879071--29879133	30	2.1	30	93	0	108	58	9	4	26	1.49
29879215--29879282	32	2.1	32	97	0	127	72	11	4	11	1.27
29880076--29880151	32	2.4	32	82	2	91	47	15	7	28	1.74
29888838--29888906	30	2.3	30	92	0	111	20	36	24	18	1.95
29890390--29890511	51	2.4	51	81	8	133	28	28	15	27	1.96
29897620--29897677	30	1.9	30	96	0	107	32	8	25	32	1.86
29898013--29898364	47	7.5	44	72	12	181	29	19	28	23	1.98
29898013--29898373	94	3.9	94	76	13	318	28	19	28	23	1.98
29899903--29899949	21	2.3	20	73	20	53	31	2	23	42	1.66
29902503--29902653	40	3.7	40	87	3	196	32	27	16	23	1.96
29912408--29912533	40	3.0	42	86	6	177	31	24	15	27	1.96
29912410--29912554	40	3.6	40	86	3	175	32	24	16	26	1.96
29919880--29919959	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
29920090--29920618	47	11.3	47	90	0	792	25	31	11	31	1.91
29923477--29923517	21	1.9	21	85	5	55	24	19	0	56	1.42
29924935--29925397	40	11.6	40	92	2	745	25	27	22	24	2.00
29927193--29927272	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
29927403--29927931	47	11.3	47	90	0	792	25	31	11	31	1.91
29930791--29930831	21	1.9	21	85	5	55	24	19	0	56	1.42
29933520--29933576	25	2.3	25	88	11	82	21	21	28	29	1.98
29933532--29933643	25	4.5	25	80	4	102	25	20	25	29	1.99
29937412--29937436	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29945023--29945122	33	3.0	33	82	2	112	28	23	19	30	1.98
29945253--29945358	27	4.0	26	78	8	97	33	22	24	19	1.97
29945494--29945584	27	3.4	27	75	3	85	29	19	14	36	1.91
29945564--29945676	27	4.2	27	81	8	140	32	9	20	37	1.85
29946125--29946164	17	2.2	17	86	8	53	22	50	22	5	1.68
29951026--29951063	20	2.0	20	89	5	60	18	15	34	31	1.92
29964944--29965029	42	2.0	42	97	0	163	31	13	16	38	1.88
29966719--29966877	43	3.7	43	75	10	123	24	16	26	32	1.97
29967968--29968031	28	2.3	28	97	0	119	45	20	9	25	1.80
29977624--29977693	34	2.1	34	88	0	104	27	17	21	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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