genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59419504--59419657	81	1.9	81	83	2	202	25	14	14	44	1.84
59420008--59420051	18	2.4	18	85	7	54	20	18	15	45	1.85
59430549--59430662	40	2.8	40	80	12	115	28	15	26	29	1.96
59435554--59435830	40	6.9	40	90	1	421	27	20	27	23	1.99
59445559--59445835	40	6.9	40	93	0	464	26	20	28	23	1.99
59448310--59448461	42	3.5	43	74	15	118	34	25	15	25	1.95
59448290--59448446	43	3.7	43	78	9	160	32	26	17	24	1.96
59451529--59451641	43	2.7	42	81	2	145	28	25	16	29	1.97
59454669--59454812	52	2.8	51	87	4	193	28	13	28	29	1.94
59454665--59454842	51	3.5	51	84	4	218	28	15	28	27	1.96
59462280--59462444	52	3.2	52	84	9	209	28	12	28	30	1.93
59462280--59462444	51	3.3	51	83	9	205	28	12	28	30	1.93
59464178--59464246	33	2.1	33	94	0	120	37	23	17	21	1.94
59470280--59470313	17	2.0	17	88	11	52	38	2	0	58	1.13
59473605--59473659	24	2.3	24	87	0	74	30	25	14	29	1.95
59475895--59475996	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
59476155--59476219	22	3.0	22	77	8	78	35	20	24	20	1.96
59476604--59476665	27	2.3	27	77	0	70	38	22	17	20	1.93
59476646--59477056	27	15.3	27	82	3	461	25	21	18	34	1.96
59477040--59477462	27	15.7	27	79	8	211	32	8	20	39	1.82
59477149--59477462	54	5.8	54	90	0	432	32	7	19	40	1.80
59477095--59477462	81	4.5	81	83	3	382	31	8	19	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59477148--59477462	27	11.7	27	83	2	382	32	7	19	40	1.80
59479911--59480088	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59479932--59480087	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59482371--59482414	18	2.4	18	100	0	88	29	29	29	11	1.92
59482429--59482480	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59483149--59483247	27	3.7	26	75	10	83	27	8	25	39	1.84
59483201--59483278	27	2.9	27	79	5	86	26	10	24	38	1.87
59485753--59485787	13	2.7	13	86	0	52	40	0	20	40	1.52
59485766--59486161	48	8.3	48	94	0	686	35	6	27	31	1.81
59486306--59486398	37	2.5	37	94	0	159	24	20	30	24	1.99
59490594--59490659	29	2.3	29	94	2	116	31	27	16	24	1.96
59490881--59490915	16	2.2	16	89	0	52	8	20	20	51	1.73
59491696--59491725	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
59496998--59497120	23	5.3	23	79	13	114	27	21	17	32	1.96
59499891--59500107	40	5.4	40	92	2	332	23	22	28	25	1.99
59501974--59502119	40	3.6	40	83	8	188	34	26	15	23	1.94
59502935--59503070	51	2.7	51	78	0	164	41	5	13	39	1.68
59504755--59505041	96	3.0	96	93	0	466	35	17	34	12	1.87
59505951--59506086	51	2.7	51	78	0	164	41	5	13	39	1.68
59512526--59512701	56	3.1	56	83	0	235	35	22	14	28	1.93
59519261--59519406	75	1.9	75	98	0	283	24	15	27	32	1.96
59519267--59519424	75	2.1	75	92	0	262	24	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59522174--59522233	26	2.3	27	88	2	86	16	23	23	36	1.94
59526532--59526747	119	1.8	120	82	7	278	26	26	20	25	1.99
59526530--59526754	40	5.7	40	82	6	260	26	27	21	24	1.99
59529249--59529372	41	3.0	41	96	0	221	30	15	20	33	1.94
59533449--59533621	46	3.7	46	77	11	183	21	19	27	31	1.98
59533446--59533616	93	1.8	93	92	2	290	21	19	28	30	1.98
59533846--59533883	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
59535657--59535811	43	3.7	42	79	4	159	31	27	16	25	1.96
59541559--59541622	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
59541817--59541962	25	5.9	24	86	8	188	26	23	21	28	1.99
59542008--59542078	20	3.5	20	92	0	115	33	19	11	35	1.88
59542013--59542067	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
59542115--59542162	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
59543319--59543396	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
59543414--59543678	27	9.8	27	76	6	178	31	10	18	39	1.85
59543499--59543677	54	3.3	54	84	9	215	30	9	18	40	1.83
59543671--59543800	27	4.8	27	86	0	161	36	7	25	30	1.84
59546167--59546290	29	4.4	28	78	4	131	29	27	14	28	1.95
59546507--59546552	24	2.0	23	86	4	65	4	15	23	56	1.57
59555061--59555285	40	5.6	39	83	5	238	24	21	27	26	1.99
59555100--59555318	79	2.8	80	81	6	207	26	19	27	26	1.99
59555484--59555670	97	1.9	97	98	0	365	33	9	20	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59563082--59563306	40	5.7	40	85	5	278	24	22	27	25	2.00
59563163--59563325	40	4.1	40	88	3	136	25	22	28	23	1.99
59566200--59566288	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59566200--59566279	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59566211--59566288	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59569241--59569411	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
59569233--59569408	46	3.8	46	77	11	198	28	29	20	21	1.98
59571117--59571195	41	1.9	41	97	0	149	34	24	17	24	1.96
59573723--59573818	43	2.3	41	85	5	129	30	26	18	25	1.98
59573743--59573828	43	2.0	43	84	4	111	30	26	18	24	1.98
59576994--59577128	38	3.5	38	86	2	144	32	25	22	20	1.97
59577027--59577145	38	3.1	38	87	4	168	31	26	21	20	1.98
59583592--59583696	43	2.4	43	87	3	149	34	24	16	24	1.95
59589800--59589825	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
59590788--59590835	20	2.5	19	83	10	53	25	41	22	10	1.85
59592751--59592857	42	2.5	43	80	7	112	25	19	25	29	1.98
59609739--59609845	43	2.5	42	76	11	103	21	22	25	30	1.99
59627454--59627700	40	6.2	40	87	1	300	30	28	18	22	1.97
59640867--59640901	17	2.1	17	100	0	70	22	0	17	60	1.37
59644725--59644754	13	2.2	14	94	5	53	46	0	13	40	1.43
59646510--59646612	37	2.8	37	90	0	161	25	32	18	24	1.97
59646753--59647284	48	11.0	48	90	0	821	31	25	5	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59650114--59650335	118	1.9	120	82	7	283	25	27	22	24	2.00
59650112--59650335	40	5.7	40	83	7	269	25	27	22	24	2.00
59654300--59654411	43	2.6	42	80	13	122	28	24	16	31	1.96
59659835--59659973	50	2.8	51	87	4	194	29	24	18	27	1.98
59661909--59662001	45	2.1	45	97	0	177	44	20	16	19	1.87
59663977--59664058	42	2.0	42	82	4	103	25	36	24	13	1.92
59673582--59673660	32	2.4	33	81	10	108	30	27	17	24	1.97
59694379--59694494	44	2.7	43	80	6	128	23	15	26	34	1.95
59695755--59695982	48	4.8	48	77	9	250	24	28	19	26	1.99
59695750--59695982	96	2.4	95	83	4	279	24	28	19	27	1.98
59695710--59695992	48	5.9	47	78	6	248	25	28	18	27	1.98
59703435--59703637	48	4.2	48	82	5	239	23	30	20	26	1.98
59703435--59703643	96	2.2	96	86	3	278	23	30	20	25	1.98
59703493--59703795	158	1.9	158	83	4	396	26	30	17	26	1.97
59706817--59707096	94	3.0	91	80	13	293	26	18	30	23	1.98
59706817--59707097	49	5.9	50	76	17	244	26	19	30	23	1.98
59708500--59708832	48	6.9	48	75	5	289	27	18	29	24	1.98
59708510--59708828	144	2.2	144	80	3	329	28	19	29	23	1.98
59712585--59712700	59	2.0	60	88	8	175	23	14	16	45	1.84
59712574--59712744	60	2.9	58	81	11	186	23	15	13	47	1.81
59712574--59712766	60	3.2	60	80	7	162	24	15	13	46	1.82
59715096--59715151	28	2.0	28	100	0	112	14	21	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59717997--59718044	17	2.7	17	81	12	53	66	2	0	31	1.03
59718303--59718356	20	2.7	20	77	11	56	42	5	0	51	1.25
59721502--59721551	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
59721851--59722189	129	2.6	131	76	7	341	25	18	20	35	1.95
59722848--59722907	30	2.0	30	93	0	102	15	21	25	38	1.92
59725568--59725619	25	2.2	23	83	13	61	80	11	5	1	0.96
59725588--59725623	15	2.3	16	90	4	56	83	11	0	5	0.80
59725549--59725619	28	2.5	28	75	4	72	80	11	4	4	1.00
59725556--59725622	8	7.9	8	74	14	55	82	11	4	1	0.89
59725557--59725623	18	3.9	16	78	16	55	80	11	4	2	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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