Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  62  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18444096--18444179
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0
0
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0
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2.0
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2.0
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27
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13
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1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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18504294--18504406
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42
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20
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18511452--18511560
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18511503--18511560
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0
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17
33
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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4.1
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21
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41
5
17
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1.73
18557232--18557281
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18
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22
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1.74
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18
85
14
51
44
7
0
47
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18602510--18602554
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2
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15
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50
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17
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1.96
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3.6
45
78
9
188
33
18
18
29
1.95
18612072--18612468
96
4.1
96
73
11
346
35
18
17
28
1.94
18620874--18620940
29
2.3
29
86
0
89
28
10
25
35
1.89
18625168--18625202
11
3.2
11
91
0
52
20
34
14
31
1.92
18636162--18636320
48
3.3
48
89
0
246
27
20
25
26
1.99
18636305--18636350
23
2.0
23
95
0
83
19
17
32
30
1.95
18636257--18636397
71
2.0
71
90
0
219
22
17
31
28
1.97
18636210--18636430
119
1.9
119
88
1
336
25
19
28
27
1.98
18636328--18636435
48
2.2
48
91
0
171
22
17
32
27
1.96
18639890--18640063
39
4.5
39
88
0
231
47
20
2
29
1.64
18639954--18640020
20
3.3
22
66
20
63
44
22
2
29
1.67
18639867--18640066
78
2.5
78
85
3
258
46
20
3
30
1.66
18642857--18642961
51
2.1
51
98
0
201
20
17
17
45
1.85
18647842--18647895
5
9.7
6
73
15
53
48
1
0
50
1.11
18647845--18647908
33
1.9
33
84
6
85
50
4
0
45
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18649141--18649173
11
2.8
12
86
4
50
48
12
3
36
1.56
18658811--18658853
22
1.9
22
85
4
59
62
0
6
30
1.21
18661586--18661626
17
2.5
17
84
11
50
41
7
4
46
1.53
18664314--18664360
12
3.7
12
78
15
58
23
0
14
61
1.33
18664310--18664366
27
2.1
27
96
0
105
29
0
14
56
1.39
18667042--18667091
3
17.0
3
88
12
77
32
2
0
66
1.03
18669101--18669155
28
2.0
28
100
0
110
38
14
7
40
1.74
18673027--18673073
23
2.0
23
100
0
94
38
21
17
23
1.93
18675909--18676005
40
2.5
38
77
8
108
17
23
27
30
1.97
18676338--18676374
13
2.8
13
91
4
56
27
0
21
51
1.48
18680422--18680478
15
3.8
15
78
0
69
28
54
7
10
1.60
18680419--18680485
15
4.1
18
69
21
56
28
53
7
10
1.62
18682970--18683010
19
2.0
21
86
9
59
56
2
0
41
1.13
18684880--18684906
5
5.4
5
100
0
54
18
0
0
81
0.69
18685433--18685554
29
4.2
29
68
10
88
26
6
0
66
1.21
18685434--18685544
14
7.6
14
73
17
68
27
7
0
64
1.25
18685509--18685554
15
2.9
15
90
6
65
26
6
0
67
1.15
18685433--18685560
58
2.2
57
79
8
134
25
7
0
66
1.22
18685620--18685680
24
2.5
25
78
10
72
24
6
1
67
1.24
18687082--18687122
4
10.5
4
84
5
57
70
0
4
24
1.06
18687082--18687126
16
3.0
15
87
9
65
71
0
4
24
1.05
18689909--18689941
17
2.0
17
88
5
50
51
9
12
27
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18698652--18698820
58
2.9
58
95
0
295
28
29
19
22
1.98
18698659--18698817
29
5.5
29
71
12
121
28
28
20
22
1.98
18698986--18699281
43
6.9
43
88
1
450
32
32
23
11
1.90
18702786--18702939
77
2.0
77
98
0
299
27
22
24
25
1.99
18719323--18719389
33
2.0
33
91
5
109
41
1
16
40
1.57
18723124--18723166
18
2.3
19
88
4
61
30
4
0
65
1.13
18732631--18732681
25
2.1
24
88
3
75
17
21
21
39
1.93
18734635--18734719
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2.0
43
90
0
134
30
28
15
25
1.96
18734976--18735052
6
12.5
6
72
10
57
71
1
3
23
1.10
18734969--18735010
20
2.1
20
86
8
59
73
2
2
21
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333