genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60092194--60092239	23	2.0	23	95	0	83	28	13	23	34	1.92
60103232--60103283	15	3.6	14	76	7	59	25	19	25	30	1.98
60103287--60103350	23	2.7	24	90	2	103	39	14	18	28	1.90
60103383--60103465	24	3.5	24	77	6	87	37	9	19	33	1.84
60103287--60103484	95	2.1	94	78	7	204	37	13	18	30	1.89
60106844--60106879	18	2.0	18	88	0	54	36	19	19	25	1.95
60108133--60108259	19	6.9	19	83	12	176	36	11	14	37	1.82
60108141--60108259	18	6.6	17	83	9	139	36	11	14	37	1.83
60110247--60110418	93	1.8	93	93	0	299	29	29	19	21	1.98
60110240--60110415	46	3.8	46	76	12	189	30	29	19	21	1.97
60110295--60110434	46	3.0	44	75	14	115	30	29	17	22	1.97
60117389--60117530	43	3.3	41	72	16	126	32	23	21	22	1.98
60117380--60117584	87	2.4	85	84	9	251	33	23	21	21	1.98
60117380--60117572	43	4.5	42	69	11	117	31	24	21	21	1.98
60117709--60118405	207	3.4	207	91	1	1069	30	17	22	29	1.97
60118719--60118861	19	7.9	18	76	16	77	38	10	13	37	1.80
60118726--60118861	18	7.6	18	85	5	177	38	11	13	36	1.80
60118718--60118861	35	4.0	35	87	4	198	38	10	13	36	1.80
60121059--60121131	36	2.0	36	84	5	94	42	2	24	30	1.69
60121127--60121170	23	1.9	23	95	0	79	25	18	9	47	1.77
60132683--60132721	20	2.0	20	95	5	71	43	0	0	56	0.99
60132690--60132738	20	2.5	20	82	0	53	48	6	0	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60133276--60133308	17	1.9	17	88	11	50	42	9	15	33	1.78
60140417--60140493	38	2.0	38	94	0	136	35	11	19	33	1.88
60145690--60145745	27	2.1	27	100	0	112	44	3	7	44	1.48
60145690--60145755	27	2.5	26	90	7	80	48	3	7	40	1.47
60146204--60146286	9	9.0	9	74	13	71	45	3	1	49	1.27
60151687--60151870	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
60151687--60151870	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	25	2.00
60161375--60161401	13	2.1	13	100	0	54	44	7	22	25	1.79
60166112--60166226	43	2.7	43	79	1	124	32	26	17	24	1.97
60172484--60172567	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
60172436--60172624	50	3.8	49	84	2	225	25	18	27	28	1.98
60173761--60174083	47	6.7	47	90	4	443	28	29	8	33	1.87
60173772--60174062	147	2.0	145	93	1	492	28	29	8	33	1.87
60178125--60178533	40	10.2	40	90	2	579	26	26	20	26	1.99
60179929--60180343	47	8.7	47	91	2	634	29	29	8	32	1.87
60180004--60180079	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
60185865--60186004	71	2.0	71	98	0	271	32	9	23	34	1.87
60196570--60196773	40	5.1	40	86	4	207	25	28	22	23	1.99
60196589--60196773	80	2.3	80	92	1	300	25	29	22	22	1.99
60201229--60201374	31	4.7	31	93	0	240	29	25	15	29	1.96
60201398--60201489	42	2.2	42	92	0	148	33	20	13	32	1.91
60201624--60201707	25	3.4	24	82	9	89	23	23	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60201639--60201706	25	2.7	25	90	4	102	22	25	27	25	1.99
60202539--60202590	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
60202625--60202677	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
60202635--60202732	27	3.6	26	78	13	90	33	10	17	38	1.83
60202723--60202855	27	4.9	27	79	4	151	29	8	21	41	1.82
60202854--60202945	27	3.4	27	85	5	123	38	7	26	28	1.83
60202752--60202902	81	1.9	82	80	4	180	31	8	22	37	1.84
60202870--60203099	108	2.1	107	81	2	264	31	8	23	36	1.85
60202925--60203091	54	3.1	53	76	9	167	28	9	22	39	1.85
60202698--60203091	27	14.6	27	75	7	115	30	8	22	38	1.84
60224082--60224289	39	5.3	39	79	6	181	25	27	22	24	2.00
60224082--60224256	39	4.5	39	81	6	185	24	28	24	23	2.00
60224082--60224289	79	2.6	78	81	3	222	25	27	22	24	2.00
60232021--60232128	29	3.8	29	79	6	121	25	31	12	29	1.93
60232360--60232394	8	4.4	8	88	0	52	5	22	20	51	1.68
60232343--60232394	24	2.2	23	86	3	68	7	21	19	51	1.71
60236479--60236657	46	3.8	49	76	14	180	29	29	19	22	1.98
60236485--60236657	93	1.9	93	91	0	283	28	28	20	22	1.98
60240028--60240190	28	5.9	27	91	5	229	32	27	12	26	1.93
60240037--60240215	56	3.2	53	85	7	214	31	29	13	25	1.94
60248138--60248315	28	6.4	28	89	2	234	32	28	13	25	1.94
60250876--60251098	39	5.7	40	83	8	248	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60250876--60251098	79	2.8	81	84	8	273	26	22	26	24	2.00
60250928--60251120	78	2.5	78	82	8	189	27	21	26	24	1.99
60253637--60253714	15	5.2	15	81	6	79	56	14	14	15	1.68
60253635--60253714	30	2.7	30	80	7	99	56	13	15	15	1.68
60256632--60256808	46	3.8	45	77	10	187	28	29	22	20	1.98
60256638--60256810	93	1.9	93	90	0	274	27	30	21	20	1.98
60259435--60259549	29	4.0	29	76	5	117	25	31	14	28	1.95
60259437--60259549	58	2.0	57	82	8	140	24	30	15	29	1.95
60259782--60259832	16	3.2	16	83	2	50	11	19	15	52	1.73
60266236--60266359	43	2.9	43	87	3	171	23	13	28	34	1.93
60266181--60266382	43	4.7	42	77	13	139	22	16	28	32	1.96
60278724--60278913	88	2.2	88	87	0	272	21	31	24	23	1.98
60282829--60283133	47	6.5	46	75	14	202	25	18	30	25	1.98
60282829--60283133	94	3.3	93	82	9	331	25	18	30	25	1.98
60282824--60283133	140	2.2	142	78	7	339	25	18	30	25	1.98
60292340--60292483	41	3.5	41	91	0	227	35	20	22	20	1.96
60293009--60293101	32	2.8	32	77	8	80	21	0	38	39	1.54
60297868--60297983	58	2.0	58	100	0	232	31	17	12	39	1.86
60298743--60298864	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
60298715--60299375	47	13.6	47	84	10	694	28	29	8	33	1.86
60298715--60299375	143	4.5	143	87	8	918	28	29	8	33	1.86
60299110--60299189	15	5.2	15	70	19	67	27	32	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60299061--60299189	64	2.0	62	94	2	222	28	31	6	34	1.82
60299014--60299236	111	2.0	109	95	1	401	29	30	6	33	1.83
60298967--60299285	158	2.0	158	99	0	629	29	30	7	33	1.84
60299066--60299166	31	3.2	31	66	20	82	27	30	7	33	1.85
60300822--60300941	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
60303649--60303832	49	3.7	49	78	5	208	26	19	26	28	1.98
60303644--60303831	100	1.9	100	90	0	304	25	19	26	28	1.99
60305171--60305258	29	3.1	29	77	8	99	25	13	32	28	1.94
60307476--60307504	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
60314673--60314800	48	2.7	49	81	2	134	25	17	28	29	1.97
60314725--60314897	48	3.8	43	77	13	152	26	15	27	30	1.96
60314725--60314935	90	2.3	90	80	3	219	26	16	27	29	1.97
60317461--60317492	16	1.9	17	93	6	57	56	18	0	25	1.42
60320420--60320581	43	3.8	43	78	8	168	25	18	24	32	1.97
60330940--60331128	50	3.7	50	80	2	171	25	16	25	32	1.96
60330940--60331071	52	2.6	52	85	2	169	25	14	26	33	1.94
60330940--60331177	51	4.7	51	79	3	194	25	15	26	32	1.95
60331081--60331222	51	2.8	51	81	4	162	26	15	29	28	1.96
60336169--60336211	20	2.2	20	100	0	86	51	16	13	18	1.77
60357104--60357164	30	2.0	30	93	0	104	39	11	24	24	1.88
60358555--60358588	17	2.0	17	88	0	50	23	17	11	47	1.81
60363695--60363744	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60366700--60366884	40	4.6	40	94	2	311	22	23	28	25	1.99
60366696--60366916	80	2.8	79	87	7	295	25	22	26	25	2.00
60367143--60367186	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
60387774--60388050	49	5.8	49	74	13	175	23	29	19	27	1.98
60387924--60388045	46	2.6	47	82	3	147	22	27	19	29	1.98
60387972--60388090	46	2.6	46	85	2	150	21	29	18	30	1.97
60393143--60393190	23	2.0	24	84	8	62	66	8	0	25	1.19
60395030--60395061	9	3.4	9	95	4	55	90	0	9	0	0.45
60395029--60395061	10	3.4	10	91	8	59	90	0	9	0	0.44
60399352--60399825	4	121.5	4	80	4	396	24	0	25	49	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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