genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83982748--83982938	61	3.0	63	78	17	212	42	3	4	49	1.39
83989806--83989935	48	2.7	49	78	4	147	26	25	19	29	1.98
83989953--83990070	46	2.5	46	84	5	139	22	26	20	30	1.98
83992845--83992880	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
83997010--83997193	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
83997010--83997229	80	2.8	80	85	5	279	24	23	26	25	2.00
84005432--84005695	40	6.7	40	88	5	342	25	26	21	25	2.00
84006773--84006799	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
84013458--84013721	40	6.7	40	88	5	342	25	26	21	25	2.00
84014799--84014826	14	2.0	14	100	0	56	0	14	0	85	0.59
84020567--84020606	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
84021743--84021966	47	4.8	46	75	11	186	23	30	17	28	1.97
84021795--84022015	94	2.3	92	83	6	237	23	29	17	28	1.97
84024103--84024143	20	2.0	20	100	0	82	43	19	12	24	1.85
84024186--84024354	49	3.4	49	85	1	196	22	26	20	30	1.98
84024325--84024777	46	9.7	46	75	10	321	24	27	19	28	1.98
84024325--84024777	94	4.8	95	74	10	339	24	27	19	28	1.98
84024329--84024774	232	1.9	232	89	0	687	24	27	19	28	1.98
84026654--84026688	18	2.0	18	94	5	63	22	31	34	11	1.90
84028652--84028703	11	4.4	11	73	17	50	44	1	1	51	1.23
84031185--84031230	20	2.5	18	80	19	51	47	8	6	36	1.60
84033255--84033342	44	2.0	42	84	4	113	32	26	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84034446--84034470	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
84035174--84035207	12	2.8	13	91	8	54	64	29	0	5	1.17
84051389--84051426	17	2.3	16	90	4	58	55	5	2	36	1.37
84063496--84063575	39	2.1	39	97	0	151	35	6	25	33	1.81
84065289--84065333	21	2.1	21	95	0	81	53	26	11	8	1.65
84067777--84067806	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
84069459--84069483	13	1.9	13	100	0	50	32	32	28	8	1.86
84077227--84077259	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
84094604--84094660	18	3.1	18	73	12	53	33	0	43	22	1.54
84103140--84103173	18	1.9	18	88	5	52	50	5	8	35	1.58
84103979--84104038	29	2.0	30	90	3	95	55	13	13	18	1.70
84106218--84106255	19	2.0	19	100	0	76	47	21	21	10	1.80
84106910--84107031	47	2.6	47	96	0	217	24	24	13	36	1.92
84112439--84112481	20	2.2	20	82	0	50	34	2	13	48	1.56
84115089--84115160	26	2.8	26	85	2	101	27	20	11	40	1.87
84115310--84115343	6	5.7	6	96	0	59	17	26	0	55	1.42
84130267--84130439	46	3.8	45	74	13	154	31	28	18	21	1.97
84149496--84149520	13	1.9	13	100	0	50	24	40	24	12	1.88
84153096--84153131	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
84154196--84154491	154	1.9	154	90	0	466	28	14	27	29	1.96
84156188--84156236	22	2.1	24	85	7	66	61	12	8	18	1.55
84160291--84160372	40	2.0	40	97	0	155	24	10	29	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84163063--84163106	20	2.2	20	91	0	70	47	22	2	27	1.63
84167591--84167813	40	5.6	40	82	7	265	27	26	21	24	1.99
84167591--84167813	82	2.8	80	83	6	274	27	26	21	24	1.99
84170247--84170417	46	3.7	45	75	17	172	29	29	21	20	1.98
84170251--84170420	93	1.8	93	91	2	279	28	29	21	20	1.98
84172800--84172868	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
84172811--84172873	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
84175799--84175969	46	3.7	45	75	17	154	28	28	21	21	1.98
84175803--84175972	93	1.8	93	88	2	261	28	28	21	21	1.99
84175846--84175989	46	3.1	46	68	21	113	28	28	20	22	1.99
84188358--84188509	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
84188358--84188509	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
84196327--84196503	28	6.4	28	91	1	268	25	12	29	31	1.93
84196327--84196503	55	3.2	55	91	1	264	25	12	29	31	1.93
84196327--84196503	83	2.1	83	91	2	284	25	12	29	31	1.93
84203976--84204205	48	4.9	47	76	12	206	22	28	20	28	1.98
84204046--84204127	42	2.0	41	83	9	103	20	28	19	31	1.97
84204180--84204289	48	2.3	48	96	0	211	23	26	20	30	1.98
84204818--84204957	70	2.0	70	100	0	280	41	20	12	25	1.88
84205588--84205694	40	2.7	40	91	0	169	34	24	15	25	1.95
84211134--84211264	40	3.3	40	79	4	138	32	23	16	26	1.96
84217364--84217436	28	2.6	28	79	12	87	27	16	32	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84228887--84228924	16	2.5	15	87	8	51	36	2	15	44	1.61
84231384--84231417	5	7.0	5	93	6	61	79	0	0	20	0.73
84233296--84233448	28	5.5	28	88	1	211	26	13	28	32	1.93
84233296--84233448	83	1.8	83	85	2	218	26	13	28	32	1.93
84259173--84259389	40	5.4	40	88	1	303	26	27	21	24	1.99
84267248--84267371	40	3.1	40	92	2	196	25	28	23	23	2.00
84271986--84272047	21	3.0	21	90	0	88	35	14	12	37	1.85
84271985--84272059	11	7.1	11	76	7	66	32	16	13	38	1.87
84272159--84272265	54	2.0	54	81	3	126	25	21	19	33	1.97
84272301--84272341	21	2.0	21	90	0	64	31	24	2	41	1.68
84272170--84272387	27	8.3	27	75	7	162	25	18	18	37	1.93
84272345--84272794	81	5.6	80	84	2	551	30	8	21	39	1.83
84272343--84272794	27	16.7	27	84	2	496	30	8	21	39	1.83
84275457--84275490	14	2.4	14	100	0	68	29	26	11	32	1.92
84283686--84283869	67	2.8	64	74	8	176	29	16	29	24	1.96
84286494--84286795	41	7.3	41	84	5	396	20	18	23	37	1.94
84286494--84286795	84	3.6	84	88	4	436	20	18	23	37	1.94
84289259--84289313	26	2.1	26	100	0	110	21	3	32	41	1.71
84300844--84300986	27	5.3	27	83	4	164	32	13	15	38	1.87
84300858--84301021	27	6.1	27	80	7	138	32	10	17	39	1.84
84316749--84316819	24	3.0	24	93	0	115	36	1	38	23	1.64
84316749--84316842	48	1.9	48	81	10	111	36	4	37	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84318238--84318346	27	4.0	27	80	8	114	14	22	22	39	1.91
84318238--84318346	54	2.0	54	89	3	166	14	22	22	39	1.91
84318244--84318368	54	2.3	55	80	5	130	17	24	20	38	1.93
84322911--84322963	26	2.2	24	83	12	65	39	3	22	33	1.72
84322918--84322973	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
84324506--84324889	41	9.3	41	88	2	529	37	23	18	19	1.94
84328921--84328958	20	1.9	20	88	0	58	31	18	5	44	1.72
84331410--84331752	41	8.3	41	91	2	510	37	25	18	18	1.93
84333047--84333124	26	3.0	26	90	0	129	17	11	30	39	1.86
84333510--84333563	26	2.1	26	100	0	108	38	3	20	37	1.70
84336604--84336634	12	2.5	13	94	5	55	77	0	22	0	0.77
84336847--84336871	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
84337768--84337824	28	2.0	28	100	0	114	43	7	14	35	1.72
84337982--84338099	44	2.8	41	76	13	121	27	15	22	34	1.94
84337981--84338153	43	4.0	43	72	8	154	26	15	24	33	1.95
84341098--84341156	25	2.4	24	88	5	91	33	3	40	22	1.70
84342017--84342047	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
84342466--84342571	27	3.9	26	84	7	131	16	23	22	36	1.94
84342466--84342575	54	2.0	54	91	3	177	16	23	21	38	1.93
84348828--84348886	25	2.4	24	88	5	91	33	3	40	22	1.70
84349828--84349966	27	5.2	26	83	6	152	16	23	22	37	1.94
84349828--84349966	54	2.6	55	84	6	169	16	23	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84349869--84349988	54	2.2	54	79	8	136	17	22	20	40	1.92
84352055--84352087	11	3.3	10	88	12	50	33	9	0	57	1.30
84354658--84354725	34	2.0	34	100	0	136	47	17	5	29	1.71
84356043--84356141	49	2.0	49	80	9	112	44	15	19	21	1.86
84360117--84360253	41	3.3	41	86	0	193	33	13	29	23	1.92
84365923--84366108	39	4.7	40	86	6	281	24	28	21	25	1.99
84369666--84369846	28	6.5	28	91	1	267	24	13	29	31	1.94
84377831--84378011	28	6.5	28	92	1	276	25	13	29	31	1.94
84377806--84378011	84	2.5	83	89	2	297	24	13	29	32	1.94
84382907--84382968	31	2.0	31	100	0	124	22	3	22	51	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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