genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  206  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67316766--67316859	6	15.3	6	71	16	68	50	18	14	17	1.79
67316750--67316806	24	2.4	24	87	0	78	50	15	14	19	1.77
67316780--67316859	31	2.6	31	91	0	124	50	18	15	16	1.79
67316979--67317071	27	3.5	26	86	5	123	38	21	21	18	1.93
67316979--67317086	27	4.0	27	83	5	78	38	21	22	17	1.93
67316979--67317086	54	2.0	53	81	1	126	38	21	22	17	1.93
67317624--67317686	27	2.4	27	74	12	67	38	25	19	17	1.93
67317668--67317906	27	8.9	27	87	3	331	24	20	19	35	1.96
67317899--67318067	27	6.3	27	75	8	130	31	8	21	38	1.83
67318060--67318183	27	4.6	27	82	1	133	31	8	21	38	1.83
67317952--67318190	54	4.5	53	79	5	230	31	8	21	38	1.84
67317979--67318183	107	1.9	107	83	4	261	32	8	20	39	1.82
67318107--67318199	26	3.5	25	74	10	78	34	7	20	37	1.81
67321231--67321421	3	63.7	3	71	11	124	61	1	7	29	1.31
67321571--67321942	3	123.7	3	68	9	150	58	1	8	30	1.37
67321566--67321624	29	2.0	29	86	0	82	64	5	3	27	1.30
67332734--67332798	30	2.2	30	91	0	103	24	4	13	56	1.56
67336428--67336473	14	3.1	16	78	15	53	15	4	15	65	1.43
67337590--67337634	22	2.0	22	83	12	56	35	6	20	37	1.79
67351307--67351399	45	2.1	45	83	0	114	16	24	36	22	1.94
67352228--67352269	20	2.1	20	90	0	66	33	11	4	50	1.60
67359287--67359340	19	2.7	19	81	13	56	57	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67376817--67376872	6	9.7	6	82	5	62	19	1	0	78	0.84
67377082--67377122	16	2.5	16	96	4	73	19	12	7	60	1.54
67378716--67378785	30	2.3	30	80	0	77	25	34	28	11	1.91
67378735--67378803	30	2.3	30	92	0	111	18	36	31	13	1.89
67381946--67382061	29	4.0	29	77	8	112	26	28	15	29	1.96
67388490--67388527	19	2.0	19	94	0	67	31	18	21	28	1.97
67394005--67394037	12	2.8	12	90	0	57	9	18	48	24	1.76
67395595--67395619	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
67397081--67397144	21	3.1	21	72	4	76	31	25	32	10	1.90
67397075--67397163	41	2.2	41	89	4	135	34	22	30	12	1.91
67397585--67397697	43	2.6	43	88	0	163	15	30	30	23	1.95
67398428--67398472	20	2.2	20	92	0	72	64	6	0	28	1.19
67401543--67401577	18	1.9	18	88	0	52	68	0	0	31	0.90
67403214--67403256	11	3.8	11	79	14	52	2	16	2	79	0.95
67403212--67403250	18	2.1	19	86	13	55	2	15	2	79	0.95
67403222--67403265	22	2.0	23	90	4	72	4	20	0	75	0.98
67403223--67403272	22	2.3	22	86	6	66	4	22	0	74	0.99
67410233--67410340	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
67413334--67413385	26	2.0	26	100	0	104	19	42	11	26	1.85
67417965--67418204	10	25.4	9	67	19	82	62	5	1	31	1.26
67417965--67418052	18	5.0	18	71	18	53	65	1	2	30	1.12
67417981--67418060	28	2.9	29	83	10	96	65	2	1	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67417966--67418062	27	3.6	27	80	13	101	65	2	2	29	1.15
67418714--67418798	8	10.0	8	71	20	57	30	1	2	65	1.12
67418714--67418786	26	3.0	25	81	16	82	28	1	2	67	1.13
67418713--67418798	9	10.0	9	71	25	62	30	1	2	66	1.12
67418737--67418825	19	4.8	17	73	18	72	33	1	1	64	1.09
67426723--67426764	22	1.9	22	90	0	66	38	2	16	42	1.61
67433688--67433735	5	9.0	5	82	8	51	16	2	0	81	0.79
67433686--67433741	23	2.4	23	88	8	78	21	1	0	76	0.87
67433691--67433731	14	2.9	15	82	10	50	14	2	0	82	0.76
67433697--67433730	17	1.9	17	94	5	59	17	0	0	82	0.67
67436581--67436620	18	2.3	17	83	8	53	15	40	25	20	1.90
67437293--67437402	26	4.2	26	96	0	193	32	5	25	36	1.79
67443886--67443919	16	2.2	16	89	5	52	52	8	5	32	1.56
67451904--67451986	41	2.0	41	100	0	166	24	21	9	44	1.82
67457711--67457780	35	2.0	35	88	2	106	34	12	21	31	1.91
67463016--67463072	28	2.0	28	100	0	114	31	0	14	54	1.40
67464323--67464599	36	7.7	36	83	0	295	38	16	12	31	1.86
67464323--67464605	108	2.6	107	85	1	352	39	16	12	31	1.86
67465507--67465537	14	2.2	14	94	0	53	41	12	3	41	1.59
67466011--67466052	7	6.1	7	84	15	61	26	0	0	73	0.83
67466000--67466042	21	2.0	21	82	8	52	30	2	0	67	1.03
67466011--67466050	20	2.0	20	90	9	64	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67466011--67466164	27	5.6	27	65	20	77	33	0	1	64	1.04
67466024--67466120	37	2.6	39	75	11	94	34	0	2	63	1.06
67465978--67466200	60	3.7	58	74	18	163	34	1	1	62	1.12
67466127--67466176	27	1.9	25	84	15	66	32	2	0	66	1.03
67468082--67468115	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
67490375--67490604	37	6.0	37	85	9	293	26	22	15	36	1.93
67490521--67490789	46	5.6	46	84	10	322	29	22	13	34	1.92
67490564--67490783	52	4.3	52	86	8	308	29	22	12	35	1.91
67490521--67490789	98	2.7	98	91	0	439	29	22	13	34	1.92
67506042--67506265	48	4.7	48	76	10	185	27	20	29	23	1.99
67506047--67506361	141	2.2	140	82	8	370	27	18	28	25	1.98
67506653--67506698	19	2.4	19	88	0	65	21	8	23	45	1.80
67511084--67511168	44	1.9	44	92	0	143	31	10	17	40	1.84
67511085--67511159	21	3.5	21	71	20	64	29	10	17	42	1.83
67512775--67512830	21	2.6	21	94	2	94	39	19	17	23	1.92
67513768--67513801	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
67515335--67515401	29	2.3	29	89	5	100	37	13	25	23	1.92
67515335--67515640	60	5.1	61	71	13	210	39	13	25	22	1.90
67515419--67515610	90	2.1	90	84	3	244	39	12	26	21	1.89
67515335--67515642	30	10.4	30	73	11	172	39	12	25	22	1.89
67519912--67520016	40	2.6	40	93	0	183	21	19	28	30	1.97
67519871--67520036	40	4.2	40	80	3	129	25	21	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67521509--67521766	40	6.5	40	90	2	380	27	25	22	25	2.00
67521509--67521766	119	2.2	120	90	3	398	27	25	22	25	2.00
67525424--67525487	18	3.3	18	70	19	56	29	6	7	56	1.52
67525415--67525498	41	2.0	41	93	0	141	27	10	8	53	1.64
67525591--67525715	62	2.0	62	98	0	241	31	14	10	44	1.79
67533440--67533502	25	2.5	24	89	5	90	31	28	17	22	1.96
67533919--67534019	43	2.4	43	94	1	177	41	25	1	30	1.67
67537266--67537443	40	4.5	39	82	4	171	26	20	26	25	1.99
67537275--67537443	79	2.1	79	81	3	196	26	20	26	26	1.99
67543829--67544000	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
67543776--67543998	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
67543856--67544033	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
67547546--67547579	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
67547640--67547769	5	27.0	5	68	18	71	35	2	0	61	1.14
67547616--67547746	25	4.5	29	74	24	100	33	2	2	61	1.21
67547605--67547715	50	2.2	50	82	11	127	31	1	2	63	1.18
67547642--67547715	17	4.4	16	79	14	69	35	1	0	63	1.03
67547655--67547710	18	3.2	18	78	12	62	35	0	0	64	0.94
67547629--67547746	40	2.8	40	76	17	114	34	2	1	61	1.20
67547898--67547938	18	2.2	19	86	8	57	34	0	4	60	1.18
67547968--67548018	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
67548316--67548363	15	3.1	15	73	26	55	50	0	8	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67552904--67552976	9	7.9	9	75	11	58	17	6	2	72	1.19
67558110--67558189	42	1.9	42	82	5	99	22	36	23	17	1.95
67559483--67559515	15	2.2	15	94	0	57	54	15	3	27	1.55
67562277--67562352	38	2.0	38	100	0	152	42	18	0	39	1.50
67562462--67562501	22	1.9	20	85	10	53	60	0	5	35	1.19
67562830--67562896	34	2.0	34	88	2	100	40	7	1	50	1.39
67579889--67580066	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67579890--67580045	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67579886--67580066	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67585543--67585698	43	3.7	43	78	12	160	32	25	16	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333