Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  1  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4730--5108
43
8.8
44
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11
196
18
21
22
36
1.95
4729--4969
42
5.6
43
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6
157
18
21
23
36
1.95
4734--4974
130
1.9
129
89
6
380
19
20
23
36
1.95
4946--5106
85
1.9
86
90
1
261
18
24
21
36
1.95
5115--5238
64
1.9
64
95
0
221
37
14
16
30
1.89
16039--16213
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3.8
46
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13
225
29
29
20
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1.98
16047--16216
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1.8
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1
313
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29
21
21
1.98
18592--18679
29
3.0
29
80
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56
15
17
10
1.66
18592--18670
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
18603--18679
15
5.2
15
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9
77
55
15
16
11
1.68
21629--21799
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
21621--21796
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
25486--25544
22
2.7
22
76
23
70
52
5
6
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1.50
25926--25975
11
4.3
11
76
14
55
60
10
0
30
1.30
25957--26002
22
2.2
21
84
7
58
56
4
2
36
1.31
28961--29002
13
3.0
15
73
20
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64
7
4
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1.38
29998--30029
2
16.0
2
100
0
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0
0
50
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18
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33338--33450
6
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6
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2
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23
95
0
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0
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0
0
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1.00
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2.0
20
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15
53
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23
0
36
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53841--54011
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
53836--54008
46
3.7
46
79
10
208
29
27
20
21
1.98
54431--54490
30
2.0
30
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0
84
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5
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56351--56413
30
2.1
30
93
0
108
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15
3
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1.55
58426--58601
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3.5
50
88
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15
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1.94
58577--58694
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3.8
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0
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19
25
25
1.98
58713--58853
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2.9
49
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171
29
12
25
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1.93
71617--71668
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11
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3
0
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76715--76766
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11
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52
63
3
0
32
1.12
97931--97993
6
10.5
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0
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1.87
97931--97993
12
5.2
12
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0
90
9
31
34
23
1.87
97931--97993
18
3.5
18
91
0
90
9
31
34
23
1.87
115841--115974
67
2.0
67
95
0
241
43
8
13
35
1.74
118649--118697
26
1.9
26
87
4
73
59
8
0
32
1.27
125159--125200
18
2.5
17
78
14
52
33
0
2
64
1.07
134114--134145
2
16.0
2
93
0
55
50
3
46
0
1.17
148703--148747
20
2.3
20
92
3
74
51
0
0
48
1.00
152375--152438
19
3.6
17
73
23
60
60
0
34
4
1.17
152374--152447
32
2.2
34
86
13
102
58
0
37
4
1.17
152728--152778
25
2.0
25
100
0
102
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11
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307
1.8
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3
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16
17
34
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154068--154103
18
2.0
18
89
10
56
27
0
11
61
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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61
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0
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2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
156338--156900
307
1.8
307
96
0
1045
31
17
17
33
1.93
157967--158002
18
2.0
18
89
10
56
27
0
11
61
1.30
165329--165379
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2.0
25
92
0
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35
13
17
33
1.89
165047--165913
305
2.8
306
96
0
1612
31
16
18
33
1.93
165634--165684
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
169523--169573
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2.0
25
92
0
84
35
9
17
37
1.83
169829--169879
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
169241--170109
306
2.8
307
97
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16
18
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19
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0
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10
101
55
0
41
2
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173720--173770
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2.0
25
96
0
93
35
11
17
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1.87
180738--180803
19
3.6
19
70
22
61
56
0
40
3
1.15
180733--180802
36
2.0
36
86
10
101
55
0
41
2
1.14
181095--181145
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2.0
25
92
0
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11
15
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0
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17
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193389--193439
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2.0
25
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0
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17
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5.8
307
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0
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16
19
32
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25
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0
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194309--194359
25
2.0
25
92
0
84
37
11
17
33
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
193114--194894
613
2.9
614
97
0
3350
32
16
19
32
1.94
194616--194666
25
2.0
25
96
0
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35
11
17
35
1.87
198153--198226
22
3.3
22
74
11
69
56
0
40
2
1.13
198152--198227
34
2.2
35
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9
104
55
0
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2
1.14
202277--202436
51
3.2
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15
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2.6
27
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2
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30
27
14
28
1.95
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2.6
44
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2
149
35
13
22
27
1.92
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3.0
45
82
4
153
35
14
23
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1.93
218592--218661
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
222781--222941
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51
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2
234
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23
14
32
1.95
226245--226410
35
4.6
35
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8
172
31
10
24
33
1.90
226245--226415
75
2.4
75
85
7
221
31
11
23
33
1.90
233743--233904
35
4.5
35
84
8
202
31
10
24
33
1.89
233738--233908
74
2.4
71
84
11
217
31
10
24
33
1.89
238296--238346
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
238603--238654
25
2.1
25
92
0
86
36
9
17
36
1.82
238166--238883
307
2.3
307
98
0
1364
31
16
17
33
1.93
242115--242180
19
3.6
19
70
22
61
56
0
40
3
1.15
242472--242522
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
242191--243056
305
2.8
305
97
1
1637
32
16
18
32
1.93
242777--242827
25
2.0
25
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0
93
35
11
17
35
1.87
246321--246386
19
3.6
19
70
22
61
56
0
40
3
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
260317--260366
25
2.0
25
96
0
91
34
12
18
36
1.87
260621--260671
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
260035--261204
304
3.8
306
97
1
2199
31
16
18
32
1.93
260927--260977
25
2.0
25
100
0
102
37
11
15
35
1.84
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19
3.6
19
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22
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0
40
3
1.15
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36
2.0
36
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10
101
55
0
41
2
1.14
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25
2.0
25
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0
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11
17
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2.8
307
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0
1677
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16
18
33
1.94
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25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
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1.87
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19
3.6
19
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0
40
3
1.15
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2.0
36
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10
101
55
0
41
2
1.14
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24
2.0
25
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3
84
36
12
16
36
1.85
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305
2.8
307
98
0
1652
31
16
18
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1.93
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25
2.0
25
96
0
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11
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3.6
19
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56
0
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1.20
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3.8
46
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15
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21
19
28
30
1.98
277605--277776
93
1.8
93
94
0
308
21
20
29
29
1.98
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25
2.0
25
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0
93
35
11
17
35
1.87
279520--279570
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
279084--279800
306
2.3
307
99
0
1418
31
16
18
33
1.93
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307
2.8
307
97
0
1634
32
16
18
33
1.93
283722--283772
25
2.0
25
96
0
93
35
11
17
35
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
286727--286903
50
3.5
50
90
3
284
35
15
23
25
1.94
286881--287027
31
4.7
31
89
3
233
27
19
25
27
1.99
287046--287210
47
3.6
47
78
8
155
30
15
25
29
1.96
287146--287253
42
2.6
42
80
7
112
33
15
23
27
1.95
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4.3
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100
0
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0
34
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3
100
0
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0
0
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5
1
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1.9
48
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0
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6.0
6
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2
0
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0.84
335195--335228
11
3.0
11
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4
50
17
2
0
79
0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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