genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77618549--77618679	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77618548--77618679	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77626508--77626638	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77626507--77626638	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77635251--77635352	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
77635251--77635412	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
77635247--77635373	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
77638320--77638490	93	1.8	93	87	2	254	30	28	19	21	1.98
77638313--77638485	46	3.7	47	75	10	167	31	28	18	21	1.97
77650909--77650954	20	2.3	20	96	0	83	41	10	28	19	1.85
77654311--77654402	44	2.2	43	82	9	109	29	22	19	28	1.98
77658451--77658654	40	5.1	40	92	1	304	25	27	23	23	2.00
77662331--77662379	20	2.5	20	76	6	55	46	16	2	34	1.58
77662869--77662907	19	2.0	21	85	14	57	41	17	0	41	1.50
77663078--77663185	43	2.5	43	79	4	121	30	23	18	27	1.98
77664987--77665150	40	4.1	40	80	5	181	25	21	26	25	2.00
77672770--77672910	40	3.5	40	85	1	149	26	24	26	22	2.00
77674231--77674260	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77677340--77677382	21	2.1	21	86	4	61	48	20	4	25	1.69
77688388--77688463	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
77689458--77689501	22	2.0	22	95	0	79	47	13	4	34	1.63
77700093--77700146	24	2.2	24	83	0	72	7	37	35	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77700477--77700582	42	2.5	42	83	7	128	17	28	33	19	1.95
77700444--77701228	43	18.4	43	84	4	876	17	32	31	18	1.94
77700444--77701320	256	3.4	256	82	3	973	17	32	31	18	1.94
77700562--77701320	128	5.9	129	84	3	858	17	32	32	17	1.93
77700444--77701347	85	10.6	85	80	6	807	17	32	32	18	1.94
77701207--77701378	43	4.0	42	75	10	125	17	27	35	19	1.94
77711557--77711808	27	9.3	27	84	1	299	28	22	8	40	1.83
77711557--77711808	81	3.1	81	85	1	335	28	22	8	40	1.83
77711840--77711963	27	4.6	27	82	4	151	41	19	8	29	1.81
77711840--77711963	55	2.3	54	81	4	160	41	19	8	29	1.81
77711840--77711992	27	5.7	26	79	9	146	41	19	8	30	1.81
77711921--77712050	27	4.7	27	78	11	129	42	19	7	30	1.79
77711893--77712054	27	5.9	27	76	9	114	40	17	9	32	1.82
77712095--77712168	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
77712108--77712172	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
77712982--77713064	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
77713199--77713290	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
77713314--77713428	31	3.7	31	97	1	214	27	17	26	27	1.98
77718649--77718806	40	4.0	40	93	0	262	29	28	19	22	1.98
77726540--77726683	40	3.6	40	95	0	254	26	28	20	24	1.99
77731862--77731958	44	2.2	45	80	10	110	28	26	17	26	1.98
77731793--77732361	180	3.2	176	88	3	854	28	24	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77732218--77732312	43	2.2	43	81	12	113	27	26	16	29	1.97
77731793--77732447	180	3.7	177	82	7	708	27	24	18	29	1.98
77732560--77732742	64	2.9	63	84	1	231	38	13	17	30	1.88
77732777--77732801	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
77733864--77733932	18	3.6	17	76	19	66	18	0	1	79	0.80
77733896--77733920	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
77733866--77733898	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
77733865--77733932	7	9.4	7	78	12	59	19	0	1	79	0.81
77738103--77738140	20	1.9	20	88	0	58	28	13	10	47	1.76
77749377--77749413	19	1.9	18	89	10	56	29	40	13	16	1.86
77759755--77760025	40	6.8	40	80	0	272	18	28	16	35	1.93
77759911--77759976	20	3.3	19	70	8	51	19	34	16	28	1.94
77759755--77759992	120	2.0	120	86	0	332	18	28	16	35	1.93
77760983--77761015	12	2.8	12	100	0	66	27	0	36	36	1.57
77762152--77762331	31	5.8	31	90	0	279	26	19	27	27	1.99
77762152--77762331	93	1.9	93	96	0	333	26	19	27	27	1.99
77762360--77762569	47	4.5	48	82	8	197	29	14	25	30	1.95
77762486--77762613	42	3.0	42	85	3	168	29	14	25	30	1.94
77763341--77763372	11	2.6	13	90	9	50	84	9	3	3	0.84
77764031--77764095	21	2.9	22	81	9	78	38	0	3	58	1.14
77765828--77765920	28	3.3	28	92	0	150	35	25	6	32	1.82
77766024--77766095	27	2.6	27	86	4	99	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77766014--77766103	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
77766014--77766128	55	2.1	56	80	8	128	20	23	20	35	1.96
77767341--77767390	19	2.7	19	79	11	50	26	0	2	72	0.96
77767360--77767415	24	2.5	23	86	11	80	26	1	5	66	1.23
77767441--77767491	25	2.1	24	92	3	84	39	1	3	54	1.30
77767764--77767802	20	2.0	20	85	5	53	28	7	5	58	1.47
77767795--77767920	23	5.8	23	74	16	124	39	6	5	48	1.52
77768761--77768812	25	2.1	25	85	3	70	26	17	21	34	1.95
77768768--77768837	25	2.8	25	80	4	79	25	21	24	28	1.99
77769041--77769286	27	9.1	27	86	1	332	25	20	18	35	1.95
77769245--77769424	27	6.7	27	80	8	165	28	8	20	41	1.82
77769271--77769424	54	2.9	54	83	4	188	29	8	20	41	1.82
77769286--77769613	27	12.2	27	80	5	153	33	7	22	36	1.83
77769426--77769567	54	2.6	54	88	1	205	40	8	21	28	1.83
77769417--77769569	81	1.9	80	91	1	252	39	7	22	30	1.83
77782611--77782641	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
77782638--77782822	73	2.5	74	96	0	345	28	16	22	32	1.96
77783487--77783685	6	32.8	6	76	15	187	48	14	18	19	1.81
77783466--77783648	36	5.2	35	71	16	112	48	14	17	19	1.81
77783498--77783685	85	2.2	85	94	3	326	48	14	17	19	1.81
77783803--77783876	27	2.8	26	80	10	78	36	18	24	20	1.95
77784165--77784247	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77784446--77784633	27	7.0	27	85	0	232	26	19	19	35	1.95
77784651--77785109	27	17.0	27	86	5	633	38	10	23	27	1.88
77794839--77795024	40	4.7	40	86	5	227	26	22	26	24	2.00
77794839--77795047	80	2.6	80	79	9	232	27	21	26	24	1.99
77800047--77800123	9	8.6	9	85	0	100	41	19	11	27	1.86
77800143--77800201	6	9.5	6	89	7	91	16	0	3	79	0.86
77800148--77800198	26	2.0	26	96	0	93	19	0	3	76	0.94
77804877--77805038	45	3.6	45	85	3	195	26	27	21	24	1.99
77811726--77811756	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
77815931--77815968	20	1.9	20	88	0	58	34	18	5	42	1.73
77818954--77819114	71	2.3	71	98	0	313	19	29	16	34	1.94
77818954--77819151	71	2.8	70	90	3	249	20	29	17	32	1.95
77824081--77824316	43	5.5	43	83	5	264	33	29	14	22	1.94
77826070--77826122	22	2.4	22	84	6	63	43	20	5	30	1.75
77827887--77827923	17	2.2	17	100	0	74	32	10	24	32	1.90
77828264--77828294	6	5.2	6	92	0	53	48	0	51	0	1.00
77828442--77828520	40	2.0	40	87	5	115	21	17	13	46	1.83
77828526--77828559	6	5.3	6	89	10	50	23	0	0	76	0.79
77828526--77828559	13	2.7	12	86	13	50	23	0	0	76	0.79
77828546--77828590	20	2.3	20	92	3	74	24	4	2	68	1.19
77828546--77828588	19	2.3	19	92	8	70	23	4	2	69	1.18
77829006--77829068	14	4.4	14	76	4	54	47	23	1	26	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77829007--77829052	15	3.1	15	81	6	58	50	21	2	26	1.60
77829229--77829262	15	2.2	16	89	5	52	20	0	35	44	1.52
77829525--77829575	17	3.2	15	79	17	59	13	1	37	47	1.55
77829630--77829951	41	7.9	41	81	3	321	22	21	20	35	1.96
77830428--77830541	43	2.7	43	84	5	151	29	25	19	25	1.98
77837147--77837255	43	2.5	43	87	1	173	25	28	23	22	1.99
77843867--77843895	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
77854554--77854673	43	2.8	43	80	7	136	26	19	25	28	1.99
77861749--77861861	43	2.7	42	84	5	147	27	24	19	28	1.99
77861751--77861868	42	2.8	42	80	12	134	27	24	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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