genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  22  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8302391--8302427	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
8307950--8307978	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
8329447--8329484	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
8331433--8331463	15	2.1	15	93	0	53	38	0	3	58	1.15
8332924--8332968	23	2.0	23	90	0	72	28	13	35	22	1.92
8339696--8339761	21	3.1	21	80	0	87	15	22	16	45	1.85
8341551--8341580	8	3.8	8	95	0	51	30	16	0	53	1.44
8345163--8345328	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
8345163--8345333	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
8349047--8349218	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
8349039--8349214	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
8352388--8352495	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
8358198--8358363	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
8358198--8358368	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
8366635--8366742	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
8373826--8373933	44	2.4	44	85	3	135	30	23	12	33	1.92
8390552--8390604	26	2.0	26	96	0	97	35	24	9	30	1.87
8391986--8392120	43	3.1	43	96	0	243	28	33	25	11	1.92
8392102--8392177	38	2.0	40	89	5	120	23	27	26	22	1.99
8414750--8414791	22	2.0	21	95	4	75	52	2	2	42	1.27
8425999--8426030	16	1.9	17	93	6	57	31	31	18	18	1.95
8427410--8427444	18	2.1	17	89	10	54	31	8	0	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8429785--8429818	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
8436805--8436852	23	2.1	23	96	0	87	39	8	10	41	1.69
8443777--8443817	21	1.9	22	85	5	57	41	4	4	48	1.46
8444115--8444167	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
8444112--8444168	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
8444113--8444168	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
8445482--8445520	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8445760--8445894	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
8446017--8446057	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8450559--8450611	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
8450556--8450612	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
8450557--8450612	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
8451929--8451967	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8452207--8452341	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
8452464--8452504	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8456732--8456787	27	2.1	27	100	0	112	42	7	7	42	1.59
8457001--8457044	21	2.1	21	83	8	54	47	9	0	43	1.35
8467594--8467654	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
8472460--8472702	124	2.0	125	88	2	364	37	14	14	33	1.87
8473544--8473586	15	2.9	15	83	13	61	67	0	0	32	0.91
8481014--8481045	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
8491555--8491626	35	2.1	35	97	0	135	30	9	18	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8494909--8495013	46	2.2	50	86	6	146	39	14	21	24	1.91
8498381--8498423	18	2.3	19	80	15	54	65	2	4	27	1.25
8501923--8501998	37	2.1	37	94	0	134	30	10	22	36	1.88
8507871--8507904	18	1.9	17	94	5	59	55	0	0	44	0.99
8510764--8510927	21	8.3	21	63	18	57	31	46	6	15	1.70
8510846--8511078	39	6.1	39	77	6	210	32	45	7	14	1.72
8510822--8511089	78	3.5	75	74	9	204	32	45	7	14	1.72
8510864--8511077	72	2.8	77	76	9	224	32	45	7	13	1.72
8510994--8511177	99	1.9	99	83	0	242	30	48	7	13	1.69
8511069--8511252	39	4.6	39	76	6	140	33	46	4	15	1.66
8511014--8511138	60	2.1	60	83	5	155	30	48	6	15	1.70
8511014--8511384	21	18.2	21	65	17	104	31	48	5	14	1.66
8511228--8511282	27	2.0	27	96	0	101	21	56	1	20	1.51
8511192--8511318	66	1.9	66	88	3	193	30	50	3	15	1.60
8511258--8511363	39	2.7	39	91	0	158	33	50	5	11	1.62
8511296--8511969	60	11.1	60	75	11	377	32	47	7	12	1.69
8511356--8512008	39	16.7	39	68	15	183	32	47	7	13	1.69
8511258--8511450	99	1.9	99	88	0	287	34	48	6	11	1.64
8511378--8511520	72	2.0	72	87	0	205	32	46	8	11	1.71
8511258--8511585	132	2.4	132	79	9	317	33	47	6	12	1.67
8511507--8511606	21	4.8	21	73	16	82	36	48	3	13	1.57
8511629--8512068	21	22.2	21	65	18	104	32	48	6	12	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8511506--8511800	138	2.1	139	87	4	416	31	46	7	13	1.72
8511562--8511831	138	2.0	135	84	6	348	31	47	8	13	1.73
8511569--8511875	138	2.2	139	76	9	322	31	47	7	13	1.71
8511887--8511966	18	4.3	18	68	14	54	35	51	3	10	1.53
8511689--8512031	60	5.9	56	81	8	264	32	47	6	12	1.68
8511296--8512041	117	6.4	117	72	13	446	32	47	6	12	1.68
8511622--8512044	177	2.4	177	78	8	448	32	47	7	13	1.69
8511824--8512068	60	4.1	60	80	7	211	34	49	4	11	1.59
8512002--8512108	39	2.7	39	86	0	151	36	48	4	10	1.58
8511452--8512086	156	4.0	156	74	11	461	32	47	7	12	1.69
8511944--8512107	21	8.2	21	64	14	87	35	48	4	11	1.59
8512004--8512129	39	3.2	38	84	2	144	34	48	6	11	1.64
8511869--8512207	99	3.5	96	78	4	295	33	46	7	12	1.69
8511906--8512231	138	2.4	138	81	4	358	33	46	7	13	1.70
8512041--8512291	99	2.5	99	82	4	301	30	45	9	14	1.76
8512220--8512318	21	4.9	21	74	7	78	29	43	10	17	1.81
8512187--8512365	60	3.0	60	83	0	214	30	44	8	17	1.78
8512301--8512391	39	2.3	40	77	7	98	31	40	7	19	1.80
8514974--8515041	34	2.0	34	100	0	136	32	14	8	44	1.76
8540977--8541003	8	3.4	8	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8541126--8541194	19	3.7	18	75	12	68	56	4	0	39	1.19
8541647--8541753	35	3.2	33	86	5	128	34	13	21	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8541662--8541794	35	3.8	35	86	0	185	33	12	23	31	1.91
8541637--8541795	70	2.3	70	87	1	219	35	11	22	31	1.89
8541673--8541834	70	2.3	70	81	0	180	33	12	22	31	1.91
8547258--8547356	49	2.0	49	92	0	162	33	11	18	37	1.86
8551574--8551701	65	2.0	66	88	1	195	52	6	7	33	1.55
8552285--8552330	24	1.9	24	100	0	92	69	0	0	30	0.89
8552402--8552455	27	1.9	30	85	11	78	62	1	0	35	1.06
8559219--8559276	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
8569019--8569044	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
8571016--8571202	53	3.7	51	82	9	197	24	17	29	28	1.97
8578848--8578944	48	2.0	48	100	0	194	27	14	18	39	1.90
8582154--8582195	22	1.9	22	100	0	84	33	21	14	30	1.93
8582156--8582208	22	2.4	22	87	0	70	37	15	9	37	1.79
8584155--8584218	21	3.2	21	70	17	73	12	26	21	39	1.89
8584137--8584229	38	2.4	39	96	3	179	12	29	22	35	1.91
8585563--8585736	46	3.8	46	78	14	214	28	29	21	20	1.98
8585571--8585741	92	1.8	93	94	1	308	27	29	22	20	1.98
8587789--8587816	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
8589385--8589519	39	3.4	39	77	10	125	24	20	26	28	1.99
8595123--8595184	5	12.0	5	79	17	65	41	0	1	56	1.09
8597549--8597584	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
8597536--8597576	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8597699--8597833	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
8598073--8598111	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
8599419--8599470	5	10.0	5	83	8	68	57	1	0	40	1.10
8599422--8599470	21	2.3	21	82	6	64	57	2	0	40	1.10
8599420--8599470	26	2.0	26	88	7	77	56	1	0	41	1.10
8603962--8603997	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
8603949--8603989	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
8604112--8604245	39	3.4	38	72	9	92	28	28	19	23	1.98
8604484--8604522	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
8605839--8605890	5	10.0	5	83	8	68	55	1	0	42	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335