genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62386377--62386412	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
62388725--62388765	21	2.0	21	85	9	57	46	2	0	51	1.14
62391530--62391595	33	2.0	33	100	0	132	39	18	15	27	1.90
62401462--62401583	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
62404040--62404076	16	2.2	17	90	4	58	5	10	0	83	0.79
62405610--62405649	21	1.9	21	89	0	62	22	17	22	37	1.94
62406213--62406255	10	4.0	11	85	14	63	16	0	11	72	1.13
62406215--62406261	20	2.4	21	89	10	73	12	0	8	78	0.95
62410282--62410484	40	5.1	40	93	0	334	17	20	28	33	1.95
62413810--62413925	43	2.7	43	88	5	164	31	25	15	27	1.96
62419843--62420024	39	4.6	39	86	3	204	23	30	21	24	1.99
62419873--62420025	39	3.9	39	91	0	234	23	31	20	24	1.98
62421802--62421871	22	3.2	22	87	4	97	24	12	21	41	1.88
62432011--62432196	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
62434449--62434634	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
62436879--62437064	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
62436847--62437064	80	2.7	82	80	10	240	25	26	21	26	1.99
62444306--62444491	40	4.7	40	89	5	245	26	26	21	25	1.99
62444274--62444491	80	2.7	82	81	10	249	25	26	21	26	1.99
62449177--62449352	46	3.8	46	77	1	181	21	20	29	28	1.98
62449173--62449345	93	1.9	93	90	0	274	21	20	30	27	1.98
62454784--62454833	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62462087--62462305	47	4.7	47	91	0	357	32	8	31	27	1.86
62467607--62467736	47	2.8	47	89	0	188	23	17	29	30	1.97
62469453--62469557	32	3.4	31	81	7	106	35	22	21	20	1.96
62469545--62469630	22	3.9	22	76	3	93	33	23	27	15	1.94
62469656--62469738	43	1.9	43	87	4	123	22	32	21	22	1.98
62470027--62470111	27	3.1	27	91	0	125	28	12	24	34	1.92
62472948--62473082	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
62476324--62476377	26	2.1	26	82	0	63	38	20	24	16	1.92
62476428--62476530	32	3.3	31	77	6	86	37	20	19	22	1.94
62476450--62476530	30	2.6	31	80	5	94	37	20	19	22	1.95
62476518--62476603	22	3.9	22	75	3	75	31	23	29	16	1.96
62476632--62476750	43	2.8	44	84	5	138	24	27	20	27	1.99
62490542--62490601	29	2.1	29	100	0	120	36	3	3	56	1.32
62490543--62490611	29	2.5	28	90	4	86	34	2	5	56	1.38
62497209--62497548	27	12.6	27	81	4	301	39	20	8	31	1.82
62497302--62497576	54	5.1	54	76	12	144	40	21	8	29	1.82
62497692--62497783	27	3.4	27	85	8	116	34	21	26	17	1.95
62498582--62498706	26	4.8	26	86	0	178	28	22	22	27	1.99
62498582--62498719	52	2.7	52	90	3	217	29	21	22	26	1.99
62498925--62499005	31	2.6	31	90	0	135	34	18	20	25	1.96
62500548--62500712	90	1.8	90	80	2	197	29	19	25	26	1.99
62516432--62516534	44	2.3	45	83	6	122	26	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62525449--62525473	9	2.8	9	100	0	50	44	12	8	36	1.71
62541225--62541315	40	2.3	40	84	3	121	24	19	26	29	1.98
62549122--62549288	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
62558151--62558357	79	2.6	79	89	2	292	22	28	23	25	1.99
62558151--62558357	39	5.3	39	87	4	281	22	28	23	25	1.99
62566273--62566482	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
62569089--62569302	40	5.3	39	79	11	125	23	24	23	28	2.00
62569121--62569313	80	2.4	81	83	1	244	24	26	22	26	2.00
62584729--62584781	19	2.8	19	83	13	65	30	20	3	45	1.69
62588891--62589042	42	3.6	41	82	7	171	32	15	22	29	1.95
62593695--62593881	40	4.7	40	91	2	261	24	22	29	24	1.99
62593691--62593901	80	2.7	80	84	5	286	24	21	27	25	1.99
62594104--62594156	24	2.2	24	86	3	70	33	0	28	37	1.58
62594115--62594164	24	2.1	24	96	0	91	36	0	22	42	1.54
62595545--62595588	23	1.9	23	100	0	88	38	18	18	25	1.92
62603969--62604132	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62603969--62604166	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62611076--62611239	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62611076--62611273	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62615321--62615526	24	8.6	24	95	1	333	20	17	25	35	1.95
62623056--62623262	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
62626441--62626709	27	10.0	27	81	3	283	38	19	17	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62626422--62626700	54	5.2	54	85	3	321	37	18	17	25	1.93
62626440--62626700	81	3.2	80	85	4	337	39	18	17	24	1.92
62627359--62627410	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62627451--62627510	27	2.3	26	82	2	66	25	23	16	35	1.95
62628912--62628964	24	2.2	24	96	0	97	32	3	43	20	1.70
62629928--62629959	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
62630375--62630484	27	4.1	26	85	8	139	16	23	23	36	1.94
62630375--62630484	54	2.0	54	89	3	168	16	23	23	36	1.94
62634570--62634677	26	4.2	26	93	0	171	32	7	24	36	1.83
62637384--62637541	29	5.6	29	81	4	110	25	32	16	25	1.96
62637383--62637541	58	2.8	58	83	4	182	25	32	16	25	1.96
62644878--62645037	29	5.6	29	87	2	101	25	31	16	26	1.96
62644877--62645037	58	2.8	59	85	4	195	25	31	16	27	1.96
62644937--62645037	29	3.5	29	98	1	195	26	28	14	29	1.95
62647073--62647177	27	3.9	27	81	9	117	21	24	20	33	1.97
62652432--62652538	26	4.2	26	91	1	171	32	6	24	36	1.81
62654121--62654205	27	3.1	27	83	9	111	21	24	21	32	1.97
62659637--62659712	40	1.9	40	86	5	109	14	13	32	39	1.85
62660644--62660680	18	2.1	18	100	0	74	43	18	16	21	1.88
62660789--62660837	24	2.0	24	96	0	89	32	18	20	28	1.96
62674280--62674337	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
62674678--62674845	93	1.8	92	83	6	223	29	21	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62682101--62682308	93	2.2	93	81	8	237	29	21	27	20	1.98
62685565--62685598	5	6.8	5	87	12	52	79	0	2	17	0.86
62690011--62690052	5	8.4	5	87	7	59	83	0	2	14	0.75
62696135--62696188	16	3.6	16	82	12	60	46	0	1	51	1.11
62696143--62696190	5	9.6	5	77	8	53	43	0	2	54	1.12
62696614--62696638	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
62697131--62697155	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
62702270--62702445	70	2.3	75	82	11	193	42	1	19	36	1.61
62705594--62705751	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
62705594--62705781	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
62713797--62713961	40	4.2	40	80	3	190	25	21	27	26	1.99
62713795--62713961	80	2.1	79	83	4	210	25	22	26	25	2.00
62720740--62720866	40	3.2	40	91	6	190	24	28	22	24	2.00
62728628--62728870	39	6.4	39	85	11	328	26	26	22	23	2.00
62728675--62728873	71	2.7	74	89	7	307	28	26	22	22	1.99
62728637--62728858	110	2.0	110	92	5	369	27	26	21	23	1.99
62730963--62731133	93	1.8	93	93	2	299	29	28	20	21	1.98
62730958--62731127	46	3.7	46	76	14	188	30	27	19	22	1.98
62742504--62742533	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
62743924--62744106	67	2.8	64	75	8	165	28	18	29	23	1.97
62746483--62746665	67	2.8	64	75	12	178	28	17	30	23	1.97
62756493--62756600	24	4.4	25	87	6	123	25	23	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62756506--62756600	26	3.8	25	83	8	122	25	23	25	26	2.00
62757504--62757713	27	7.7	27	76	6	147	31	10	19	38	1.85
62757745--62757836	27	3.4	27	85	5	123	40	7	23	28	1.82
62757735--62757861	54	2.4	53	78	11	132	36	9	23	30	1.87
62762503--62762552	22	2.3	21	83	10	57	36	2	22	40	1.65
62767738--62767820	24	3.4	24	88	6	114	26	22	22	27	1.99
62767865--62767903	10	3.8	10	86	6	60	33	15	17	33	1.92
62767865--62767904	21	1.9	21	100	0	80	32	15	17	35	1.91
62767943--62767993	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
62770552--62770678	39	3.2	39	88	2	155	25	25	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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