genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91033364--91033589	107	2.1	108	87	2	339	27	20	9	42	1.83
91033364--91033610	80	3.1	80	83	5	250	28	20	10	41	1.84
91033594--91033762	27	6.3	27	90	1	250	33	17	20	27	1.96
91033965--91034034	25	2.8	24	86	4	86	28	24	22	24	1.99
91037041--91037124	5	16.2	5	72	13	55	23	1	0	75	0.88
91037039--91037092	16	3.1	17	86	10	65	24	0	0	75	0.80
91037041--91037130	20	4.3	21	73	12	87	25	1	0	73	0.90
91037049--91037124	23	3.7	20	71	25	61	23	1	0	75	0.89
91037037--91037123	30	2.9	31	83	6	108	25	1	0	73	0.90
91042506--91042619	57	2.0	57	98	0	219	25	19	11	43	1.84
91043233--91043278	23	2.0	23	100	0	92	17	21	34	26	1.95
91044075--91044114	10	4.0	10	81	12	55	22	7	2	67	1.28
91046378--91046440	30	2.1	30	90	0	99	23	4	12	58	1.53
91049777--91049936	79	2.0	79	97	0	302	24	10	25	40	1.87
91050868--91050926	30	2.0	30	90	6	93	59	8	3	28	1.43
91050959--91051001	22	2.0	22	85	0	59	60	11	11	16	1.59
91057086--91057128	20	2.2	20	82	0	50	48	6	6	37	1.57
91058679--91058737	30	2.0	30	86	6	84	42	27	8	22	1.82
91058760--91058922	88	1.9	88	85	2	229	37	20	16	25	1.93
91058884--91059607	72	9.5	74	83	8	710	32	19	17	31	1.95
91058719--91059612	223	3.9	226	84	6	874	33	19	17	30	1.94
91059576--91059681	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91059672--91059696	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
91059532--91060168	140	4.5	140	95	1	1123	37	20	16	25	1.93
91059716--91059821	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
91059856--91059961	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
91059952--91059976	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
91059996--91060101	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
91060050--91060276	90	2.6	88	86	6	302	36	20	15	26	1.93
91060184--91060336	73	2.1	72	88	8	229	32	19	17	30	1.95
91060095--91060420	158	2.0	162	86	7	461	34	20	16	28	1.94
91068326--91068361	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
91068322--91068353	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
91071489--91071800	46	7.0	46	87	5	406	22	24	15	38	1.92
91071714--91071789	38	2.0	38	97	0	143	25	26	17	31	1.97
91086185--91086232	18	2.6	17	78	12	51	68	4	0	27	1.07
91086185--91086248	26	2.4	27	82	10	71	67	3	0	29	1.06
91086372--91086424	21	2.6	21	81	3	63	30	1	5	62	1.29
91087315--91087348	18	1.9	17	94	5	59	47	11	17	23	1.81
91090273--91090319	19	2.3	21	78	10	53	68	2	2	27	1.13
91091365--91091412	22	2.2	22	81	7	53	43	0	6	50	1.27
91091933--91091972	19	2.0	20	90	4	64	60	0	0	40	0.97
91094240--91094268	13	2.2	13	100	0	58	37	41	0	20	1.53
91094506--91094547	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91097183--91097281	49	2.0	49	100	0	198	45	16	12	26	1.82
91098858--91099033	46	3.8	46	78	10	196	20	21	29	28	1.98
91098855--91099026	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.98
91104642--91104919	46	6.0	46	88	4	380	39	13	23	23	1.90
91107161--91107305	27	5.4	27	73	11	109	20	25	18	35	1.95
91107150--91107305	81	1.9	81	81	5	190	21	26	18	33	1.96
91111586--91111610	12	2.1	12	100	0	50	32	24	16	28	1.96
91111626--91111683	27	2.1	27	100	0	116	55	6	6	31	1.53
91111941--91111974	15	2.3	15	90	10	52	47	0	2	50	1.16
91116564--91116617	27	2.0	27	92	0	90	35	20	12	31	1.90
91117320--91117345	10	2.6	10	100	0	52	46	11	23	19	1.82
91117680--91117713	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
91128558--91128611	21	2.6	21	87	0	81	33	22	31	12	1.92
91128532--91128611	42	1.9	42	84	0	106	38	22	25	13	1.91
91129450--91129499	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
91132936--91132975	21	2.0	21	85	9	57	0	27	0	72	0.85
91133365--91133411	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
91135171--91135233	31	2.0	32	84	9	85	47	0	4	47	1.23
91135340--91135394	15	3.5	16	78	11	60	72	3	18	5	1.18
91135330--91135379	21	2.3	21	79	3	55	76	2	16	6	1.08
91139677--91139786	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
91140256--91140446	18	10.6	18	74	12	142	35	12	15	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91142327--91142382	28	2.0	28	89	6	87	46	0	1	51	1.11
91142338--91142402	20	3.4	19	85	6	87	44	0	1	53	1.09
91146633--91146673	21	2.1	20	82	13	50	41	2	7	48	1.44
91147172--91147229	30	1.9	30	89	0	89	41	0	3	55	1.17
91154009--91154048	19	2.1	19	95	0	71	37	15	7	40	1.75
91154620--91154781	26	6.2	26	96	0	270	32	6	24	36	1.80
91156263--91156315	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
91160463--91160624	26	6.2	26	96	0	270	32	6	24	36	1.80
91165852--91165895	17	2.5	18	81	3	54	2	15	2	79	0.93
91166891--91167030	69	2.0	69	97	0	262	26	13	12	47	1.79
91167891--91167964	31	2.4	31	95	2	130	56	0	24	18	1.41
91173665--91173731	27	2.6	25	75	15	64	34	4	5	55	1.45
91173718--91173761	23	2.0	22	82	13	54	40	0	2	56	1.11
91180454--91180516	31	2.1	31	87	3	92	60	11	3	25	1.45
91206571--91206761	79	2.4	80	82	9	221	25	20	27	26	1.99
91206572--91206773	40	5.1	41	80	9	206	25	21	27	26	1.99
91206617--91206787	79	2.2	79	82	8	206	26	19	26	26	1.99
91209916--91210066	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
91217416--91217566	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
91218770--91218809	17	2.4	17	82	0	53	40	30	12	17	1.86
91219067--91219129	31	2.1	30	85	8	85	47	12	7	31	1.70
91226086--91226236	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91233589--91233739	53	2.8	53	88	4	205	25	15	27	30	1.96
91234945--91234984	17	2.4	17	82	0	53	40	30	12	17	1.86
91235243--91235305	31	2.1	30	85	8	85	47	12	7	31	1.70
91235643--91235687	23	1.9	24	82	13	58	55	11	6	26	1.59
91237662--91237692	13	2.4	13	94	0	53	38	0	0	61	0.96
91252332--91252379	19	2.5	20	89	3	71	25	8	18	47	1.76
91252460--91252499	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
91252455--91252499	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
91255355--91255406	24	2.2	23	93	6	95	28	11	26	32	1.91
91256956--91257005	22	2.3	22	96	0	91	30	38	16	16	1.90
91258506--91258540	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84
91258690--91258742	6	8.8	6	100	0	106	49	16	16	16	1.81
91264374--91264417	23	2.0	21	91	8	70	25	0	2	72	0.96
91264375--91264416	11	3.8	11	78	9	50	21	0	2	76	0.90
91268295--91268522	46	5.0	46	89	1	314	22	25	14	37	1.92
91275114--91275153	7	5.7	7	87	0	53	67	12	2	17	1.33
91279677--91279707	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
91282742--91282778	18	2.0	20	89	10	60	70	5	0	24	1.08
91288392--91288456	32	2.0	32	96	0	121	33	16	9	40	1.81
91297946--91297978	13	2.6	13	90	4	50	90	0	9	0	0.44
91297946--91297974	11	2.7	11	94	5	51	93	0	6	0	0.36
91300770--91300849	27	2.9	27	73	1	79	21	30	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91305737--91305823	43	2.0	43	100	0	174	21	9	16	52	1.71
91308249--91308290	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
91315241--91315287	16	2.9	16	75	9	51	40	0	2	57	1.11
91316113--91316181	35	2.0	35	94	0	120	24	30	15	28	1.96
91320707--91320848	17	7.9	18	83	6	164	35	13	9	40	1.78
91320707--91320848	35	4.0	35	91	2	212	35	13	9	40	1.78
91325881--91325913	14	2.4	14	85	5	50	78	0	0	21	0.75
91325875--91326016	71	2.0	72	88	1	214	59	7	7	26	1.50
91326389--91326418	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
91326940--91326979	21	1.9	21	94	0	71	62	12	0	25	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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