genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66322762--66322937	46	3.8	46	81	4	219	21	21	29	27	1.98
66322759--66322930	93	1.8	93	94	0	308	22	21	29	26	1.99
66330316--66330491	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
66330313--66330484	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
66334242--66334289	23	2.1	22	81	11	53	18	12	0	68	1.20
66343824--66343875	14	3.8	13	76	18	52	42	7	0	50	1.31
66349866--66349967	29	3.5	29	86	0	132	27	15	32	24	1.96
66357675--66357776	29	3.5	29	87	0	141	26	15	33	24	1.95
66361471--66361524	27	2.0	27	81	0	63	37	7	16	38	1.77
66362409--66362472	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
66362664--66362829	24	7.0	24	91	4	266	28	21	21	28	1.99
66362685--66362828	47	3.1	47	97	0	270	29	20	21	28	1.98
66362879--66362925	20	2.3	20	92	0	76	34	23	10	31	1.89
66367703--66367873	93	1.8	93	89	2	272	28	30	20	20	1.98
66367694--66367872	46	3.9	46	76	13	188	29	30	20	20	1.98
66373057--66373120	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
66373326--66373500	24	7.4	24	94	3	293	28	22	20	28	1.98
66373333--66373499	23	7.1	23	94	3	280	29	21	20	28	1.98
66373333--66373500	47	3.6	47	95	2	293	29	21	20	28	1.98
66373550--66373610	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
66373550--66373605	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
66373653--66373700	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66378623--66378752	46	2.8	46	94	0	215	29	28	21	20	1.98
66383327--66383380	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
66385347--66385554	40	5.2	39	81	2	209	25	26	22	25	2.00
66385347--66385552	80	2.6	81	81	7	233	25	27	22	24	2.00
66392741--66392791	26	2.0	26	88	7	77	37	11	5	45	1.65
66395108--66395361	47	5.4	47	79	6	151	36	17	22	23	1.95
66395242--66395363	47	2.6	47	96	0	217	36	13	22	26	1.92
66395342--66395538	54	3.6	54	83	6	238	36	16	24	22	1.94
66397203--66397248	24	1.9	24	86	8	67	28	4	19	47	1.68
66399801--66399963	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
66399801--66399997	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
66407330--66407492	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
66407330--66407526	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
66420470--66420541	33	2.2	33	85	9	94	27	22	23	26	1.99
66427815--66427997	40	4.6	39	83	6	219	24	21	28	25	1.99
66427815--66427994	78	2.3	79	84	5	222	25	21	28	25	1.99
66431534--66431606	34	2.2	34	85	11	98	26	20	23	30	1.99
66439126--66439171	22	2.1	22	100	0	92	32	28	17	21	1.96
66442050--66442135	28	3.0	28	84	3	109	27	27	13	30	1.95
66444444--66444594	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66444480--66444610	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
66451756--66451906	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66451792--66451922	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
66462669--66462820	40	3.8	39	85	7	130	25	26	21	26	1.99
66462688--66462873	40	4.7	40	87	5	200	26	26	20	25	1.99
66465355--66465398	20	2.3	19	80	4	52	31	15	22	29	1.95
66467634--66467861	48	4.9	48	76	5	223	27	22	21	28	1.99
66477591--66477625	18	1.9	18	100	0	70	20	40	11	28	1.87
66487613--66487763	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
66487613--66487763	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
66494879--66494912	5	6.6	5	86	6	50	76	2	0	20	0.92
66496414--66496739	166	2.0	165	87	0	472	25	15	28	30	1.96
66498168--66498375	80	2.7	77	87	6	296	26	28	20	24	1.99
66498188--66498371	40	4.7	39	89	6	250	25	29	21	23	1.99
66506257--66506442	40	4.7	40	85	2	232	26	27	21	24	1.99
66506241--66506442	80	2.5	78	85	4	269	27	28	20	23	1.99
66511453--66511639	51	3.7	51	80	7	136	29	27	17	25	1.97
66516361--66516444	42	2.0	42	90	0	132	28	16	10	44	1.81
66517052--66517151	51	2.0	51	84	4	130	31	25	16	28	1.96
66518350--66518578	47	4.8	47	79	11	231	27	17	30	24	1.97
66518350--66518576	97	2.4	92	87	8	305	27	18	30	23	1.97
66521382--66521435	28	1.9	28	81	7	65	40	1	18	38	1.61
66527004--66527192	46	4.1	46	93	0	306	35	8	31	23	1.86
66529081--66529231	43	3.5	44	78	4	155	28	13	24	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66530005--66530047	11	3.6	11	84	9	50	20	2	23	53	1.57
66533370--66533439	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
66533370--66533451	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
66538602--66538752	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66538639--66538768	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66542139--66542263	43	2.9	43	81	5	130	29	11	22	36	1.89
66543906--66543930	12	2.1	12	100	0	50	8	20	40	32	1.81
66544303--66544345	16	2.7	16	78	10	52	53	23	4	18	1.63
66550195--66550295	34	3.0	34	86	0	139	25	23	24	25	2.00
66553057--66553158	48	2.1	48	85	3	134	27	21	25	25	1.99
66560794--66560975	78	2.3	81	83	6	239	25	28	21	24	1.99
66560792--66560975	40	4.7	40	83	8	234	25	28	21	24	1.99
66568942--66569122	78	2.3	80	85	7	246	25	27	22	24	2.00
66568940--66569122	40	4.7	40	85	9	234	25	27	22	24	2.00
66577601--66577740	40	3.5	40	86	3	185	25	23	25	25	2.00
66577601--66577754	80	1.9	80	85	2	211	26	23	25	24	2.00
66577599--66577780	80	2.3	80	81	4	208	27	22	25	24	2.00
66580681--66580780	49	2.0	49	92	0	164	33	9	29	29	1.88
66580760--66580801	21	2.0	21	100	0	84	38	0	28	33	1.58
66580682--66580895	115	1.8	115	93	2	374	33	7	28	29	1.86
66580709--66580848	68	2.0	69	94	2	246	35	6	27	30	1.82
66580779--66581031	49	5.2	49	97	0	451	33	8	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66580779--66581061	49	6.0	46	92	3	318	33	8	28	29	1.87
66581110--66581196	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
66582828--66583206	40	9.6	40	88	4	414	25	20	26	27	1.99
66584648--66584749	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
66590058--66590157	49	2.0	49	92	0	164	33	9	29	29	1.88
66590137--66590178	21	2.0	21	100	0	84	38	0	28	33	1.58
66590086--66590227	70	2.0	70	97	0	266	35	6	27	30	1.82
66590058--66590276	119	1.8	119	96	0	402	34	7	27	30	1.85
66590156--66590363	49	4.2	49	97	0	389	33	8	27	30	1.86
66590156--66590393	49	5.0	46	92	3	273	33	8	28	29	1.87
66590442--66590528	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
66592872--66592915	21	2.1	21	82	0	52	34	9	6	50	1.61
66593798--66593828	14	2.2	14	94	0	53	35	9	6	48	1.62
66595367--66595400	17	2.0	17	100	0	68	17	29	11	41	1.85
66596340--66596369	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
66606051--66606080	16	1.9	16	93	6	53	80	6	0	13	0.91
66606316--66606356	21	2.0	21	90	4	66	39	0	19	41	1.52
66607171--66607211	22	1.9	21	85	5	55	21	26	39	12	1.89
66608410--66608587	46	3.8	45	77	12	173	21	30	20	27	1.98
66608417--66608590	94	1.9	92	84	7	235	21	31	20	26	1.98
66621432--66621561	49	2.7	49	81	9	149	23	28	19	28	1.98
66621619--66621706	46	1.9	46	88	0	131	23	30	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66628338--66628440	29	3.6	28	82	5	125	21	15	33	30	1.94
66628347--66628472	58	2.2	58	81	7	141	23	14	30	31	1.94
66632087--66632308	40	5.6	40	85	5	288	24	23	26	25	2.00
66639749--66639788	20	2.0	20	85	14	55	22	27	37	12	1.90
66644694--66644852	39	4.1	39	88	0	228	23	18	31	25	1.98
66644701--66644871	39	4.4	39	85	0	216	23	19	30	25	1.98
66648808--66648988	49	3.7	48	84	3	211	24	29	19	25	1.98
66650811--66650917	40	2.7	40	83	11	130	23	25	29	21	1.99
66650804--66650933	40	3.3	39	75	11	129	23	23	26	25	2.00
66658279--66658402	43	3.0	40	82	11	144	48	2	21	27	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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