genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  246  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74811701--74811812	43	2.6	43	92	0	188	32	32	25	10	1.90
74811810--74811905	38	2.5	38	89	0	138	31	25	21	21	1.98
74821435--74821547	42	2.7	43	86	4	149	32	24	15	26	1.96
74821393--74821554	43	3.8	42	82	5	168	31	24	14	29	1.95
74832703--74832770	26	2.6	26	80	0	82	41	22	16	20	1.90
74832749--74832813	27	2.4	27	86	0	85	35	23	24	16	1.95
74833991--74834028	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
74841902--74841939	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
74846432--74846480	27	1.9	24	84	12	62	22	4	18	55	1.60
74852457--74852517	30	2.0	30	83	0	77	34	22	4	37	1.76
74853607--74853761	42	3.6	41	75	12	125	27	22	21	29	1.99
74854978--74855026	23	2.1	23	82	14	57	34	2	12	51	1.51
74856696--74856758	33	1.9	33	83	0	81	34	25	19	20	1.96
74856863--74856938	26	2.9	26	78	7	91	42	22	17	18	1.89
74859272--74859304	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74865147--74865244	28	3.4	29	77	6	94	29	24	16	29	1.96
74876974--74877111	44	3.1	44	68	15	140	32	21	14	31	1.93
74876945--74877133	88	2.1	88	99	0	369	32	21	15	30	1.94
74876989--74877134	44	3.3	44	70	14	156	30	23	15	30	1.96
74878422--74878467	19	2.4	20	82	10	60	30	2	0	67	1.03
74879073--74879121	19	2.5	21	71	18	52	36	4	4	55	1.38
74879113--74879153	20	2.1	20	86	13	59	43	7	2	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74879113--74879151	19	1.9	19	85	10	51	46	7	2	43	1.46
74879708--74879733	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
74888873--74888980	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
74894344--74894391	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
74894430--74894486	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
74894428--74894498	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
74894439--74894493	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
74894543--74894756	24	9.0	24	87	5	276	28	21	21	27	1.99
74894543--74894735	71	2.7	71	94	0	325	29	21	21	27	1.99
74894948--74895013	31	2.1	31	91	0	105	36	15	24	24	1.93
74902024--74902072	25	2.0	25	91	0	80	32	26	14	26	1.94
74902109--74902165	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
74902107--74902177	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
74902118--74902172	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
74902222--74902434	23	9.0	24	86	6	267	28	21	22	27	1.99
74902224--74902435	47	4.5	46	83	8	266	28	21	22	27	1.99
74902626--74902691	31	2.1	31	88	0	96	36	13	24	25	1.92
74906925--74907032	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74910483--74910552	29	2.4	29	85	4	88	28	14	31	25	1.95
74916342--74916507	83	2.0	83	93	0	287	37	5	15	41	1.70
74926120--74926158	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
74930081--74930345	120	2.2	120	87	4	383	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74930080--74930340	40	6.5	40	88	3	339	26	20	25	27	1.99
74935551--74935649	25	4.0	25	80	10	78	26	23	22	28	1.99
74935577--74935649	25	2.9	25	84	8	94	26	23	23	27	2.00
74935695--74935740	10	4.6	10	94	5	76	32	17	10	39	1.84
74937572--74937610	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
74948466--74949033	135	4.2	135	87	2	768	30	20	22	27	1.98
74948465--74949123	45	14.7	45	74	11	365	30	20	22	26	1.98
74948783--74949123	180	1.9	180	89	4	537	31	19	22	26	1.98
74948466--74949123	270	2.4	270	84	5	735	31	20	22	26	1.98
74954071--74954393	127	2.5	126	80	4	371	26	17	19	36	1.94
74954435--74954477	19	2.3	19	88	8	61	39	9	13	37	1.78
74957979--74958162	40	4.6	40	76	4	138	22	23	29	23	1.99
74967753--74967831	28	2.8	28	80	3	88	36	10	25	27	1.88
74967991--74968071	43	1.9	42	89	2	126	28	22	29	19	1.98
74968004--74968099	41	2.3	43	82	8	117	31	20	27	20	1.98
74974111--74974305	39	4.9	39	90	0	273	24	31	20	23	1.98
74982112--74982305	39	4.9	39	91	1	282	24	31	21	22	1.98
74985793--74985871	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
74986031--74986111	43	1.9	42	89	2	126	29	22	27	20	1.99
74986044--74986139	41	2.3	43	82	8	117	32	20	25	21	1.98
74986044--74986191	40	3.6	41	74	5	129	29	20	27	22	1.98
74990166--74990292	66	1.9	66	86	0	182	15	29	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74999874--74999949	40	1.9	40	86	5	109	34	14	23	27	1.94
74999873--74999968	40	2.4	40	81	11	108	33	14	26	26	1.94
75001731--75001805	34	2.2	34	92	2	123	45	20	16	18	1.86
75005983--75006488	253	2.0	252	96	0	940	31	13	24	31	1.93
75010545--75010732	40	4.7	40	79	7	204	25	28	22	23	2.00
75032027--75032182	49	3.2	48	76	12	158	29	17	28	23	1.97
75034233--75034262	12	2.4	13	94	5	53	20	3	26	50	1.64
75039699--75039869	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
75047732--75047911	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
75056678--75056857	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
75064685--75064855	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
75077747--75077910	40	4.1	40	78	6	179	25	21	28	25	1.99
75085746--75085909	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
75092114--75092328	40	5.4	40	86	0	304	21	17	28	32	1.96
75097636--75097731	28	3.4	28	69	18	83	30	32	14	22	1.94
75097625--75097760	56	2.4	56	92	4	220	30	27	14	26	1.95
75097665--75097759	28	3.4	27	69	16	86	29	25	16	28	1.97
75101096--75101366	49	5.5	49	93	0	416	32	10	27	29	1.90
75101415--75101501	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
75121378--75121443	28	2.3	29	77	15	75	51	0	4	43	1.22
75121382--75121443	27	2.2	28	85	5	81	51	0	4	43	1.23
75127674--75127752	29	2.6	30	80	8	88	44	16	10	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75129970--75130289	27	11.9	27	75	5	209	33	14	15	37	1.88
75129960--75130115	82	1.9	82	80	5	181	34	16	14	34	1.89
75129960--75130289	107	3.1	103	74	10	252	33	15	14	36	1.88
75129998--75130294	134	2.2	135	82	5	343	31	14	16	37	1.89
75135322--75135365	22	2.0	22	82	8	54	36	25	0	38	1.56
75142763--75142841	26	3.0	26	86	0	95	43	15	7	34	1.75
75156995--75157170	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75156991--75157162	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75160124--75160192	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
75160115--75160202	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
75162585--75162760	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75162581--75162752	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75165531--75165586	21	2.7	21	97	0	103	30	12	33	23	1.92
75165626--75165671	22	2.1	22	100	0	92	26	8	41	23	1.83
75165796--75165896	50	2.0	50	96	0	184	18	11	5	63	1.48
75165810--75165888	25	3.3	22	67	24	61	17	13	5	63	1.47
75170821--75171038	45	4.9	45	86	6	266	25	28	22	23	1.99
75171031--75171116	38	2.3	38	89	0	127	33	26	19	19	1.96
75172690--75173156	231	2.0	231	100	0	934	36	7	18	37	1.79
75173341--75173516	46	3.8	46	79	14	209	21	19	28	30	1.98
75173338--75173508	93	1.8	93	93	2	299	21	20	28	29	1.98
75177244--75177311	23	3.2	23	60	23	58	11	5	38	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75177244--75177323	40	2.0	40	100	0	160	12	5	37	45	1.64
75178000--75178092	27	3.4	27	85	2	125	39	18	18	23	1.92
75178053--75178184	27	4.9	27	78	3	122	27	16	19	36	1.93
75178053--75178172	54	2.2	54	79	5	136	28	15	21	34	1.94
75182637--75182924	27	10.7	27	75	8	221	27	14	17	40	1.88
75182637--75182924	54	5.3	54	80	3	310	27	14	17	40	1.88
75182647--75182929	80	3.5	80	84	4	345	26	14	17	41	1.88
75183269--75183304	18	2.0	18	88	0	54	25	25	8	41	1.83
75184750--75184808	28	2.1	28	100	0	118	38	11	20	28	1.88
75186808--75186942	55	2.5	55	86	0	198	29	30	17	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335