genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78460972--78461177	24	8.7	24	71	16	119	28	4	3	64	1.29
78461045--78461134	44	2.1	42	80	13	105	27	3	3	65	1.24
78461124--78461221	48	2.1	45	81	5	106	29	2	5	63	1.27
78463109--78463219	54	2.2	50	80	13	120	35	27	18	19	1.95
78463124--78463232	54	2.0	54	94	3	193	32	26	20	21	1.97
78466154--78466193	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78466993--78467031	17	2.3	17	86	0	51	82	2	2	12	0.89
78468699--78468841	40	3.6	40	84	0	160	23	28	22	25	1.99
78468739--78468880	40	3.6	40	82	4	146	21	26	23	28	1.99
78476801--78476943	40	3.6	40	84	0	160	23	28	22	25	1.99
78476841--78476983	40	3.6	41	82	5	141	22	25	23	28	1.99
78486664--78486746	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
78489512--78489719	40	5.2	39	80	8	206	24	20	27	27	1.99
78489512--78489719	80	2.6	80	79	6	242	24	20	27	27	1.99
78489922--78489974	24	2.2	24	89	3	79	35	0	26	37	1.57
78489933--78489982	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
78492563--78492628	27	2.4	27	87	0	96	40	10	27	21	1.86
78495208--78495405	50	4.0	49	76	4	182	39	18	11	30	1.85
78495211--78495405	100	2.0	100	84	4	259	38	18	11	31	1.86
78502293--78502358	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
78504405--78504612	40	5.2	40	81	4	195	25	25	22	26	2.00
78504405--78504610	80	2.6	81	84	1	236	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78510538--78510581	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
78517318--78517495	40	4.5	40	94	2	297	24	29	23	23	1.99
78519788--78519844	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
78519786--78519856	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
78519797--78519851	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
78519901--78520091	24	8.0	24	90	4	280	28	22	21	27	1.99
78519901--78520070	47	3.6	47	95	0	295	28	22	20	28	1.99
78519902--78520092	71	2.7	71	90	4	296	28	21	21	27	1.99
78526430--78526610	40	4.6	40	83	2	222	24	27	23	23	2.00
78529811--78529854	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
78535653--78535774	37	3.3	37	95	0	208	20	32	19	27	1.97
78535870--78536188	49	6.5	49	95	0	548	30	30	8	29	1.87
78538794--78538928	9	15.0	9	72	16	75	31	2	19	46	1.62
78539147--78539201	15	3.7	15	78	4	67	49	0	3	47	1.19
78539143--78539203	29	2.1	29	93	0	104	47	0	3	49	1.18
78538975--78539368	194	2.0	194	94	0	682	49	5	9	35	1.58
78539483--78539513	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
78539752--78539798	24	2.0	24	95	0	85	42	0	21	36	1.53
78542260--78542296	17	2.1	19	85	10	51	48	2	8	40	1.47
78542434--78542520	7	12.0	7	77	11	77	32	43	0	24	1.54
78542410--78542488	30	2.7	30	82	2	88	31	48	1	18	1.57
78542438--78542515	22	3.6	21	81	11	95	33	44	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78542472--78542551	7	11.1	7	75	12	56	37	40	0	22	1.54
78542423--78542998	303	1.9	300	87	4	847	40	22	2	34	1.68
78543189--78543264	40	1.9	40	86	0	107	26	22	18	32	1.97
78543324--78543429	40	2.7	40	84	0	131	30	19	20	29	1.97
78546046--78546092	13	3.5	14	83	13	55	55	0	21	23	1.44
78546045--78546095	21	2.4	21	87	12	77	54	0	21	23	1.44
78546046--78546099	8	7.5	8	78	21	50	55	0	20	24	1.43
78553220--78553277	20	3.0	20	84	2	82	41	20	27	10	1.85
78553222--78553282	19	3.2	19	85	2	86	40	19	27	11	1.86
78554191--78554226	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
78554593--78554624	11	2.8	12	86	13	50	0	25	0	75	0.81
78561453--78561522	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
78561453--78561534	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
78567106--78567255	43	3.5	43	79	12	173	25	29	18	27	1.98
78568266--78568292	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
78568615--78568943	43	7.7	43	86	0	451	28	26	18	26	1.98
78569048--78569083	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78571289--78571461	46	3.7	46	74	17	169	22	19	26	31	1.97
78571286--78571456	93	1.8	93	90	5	274	22	19	27	30	1.98
78578795--78578967	46	3.7	46	78	11	192	22	20	27	30	1.98
78578792--78578962	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	29	1.98
78582148--78582197	26	1.9	26	95	0	91	22	28	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78585228--78585365	69	2.0	69	84	5	181	32	28	13	25	1.94
78585297--78585576	43	6.5	43	88	0	398	29	27	16	26	1.97
78585682--78585707	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78586326--78586356	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
78593125--78593164	18	2.1	20	86	9	57	25	12	17	45	1.83
78595188--78595319	40	3.3	39	89	3	201	28	25	21	25	1.99
78595344--78595369	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
78595423--78595642	41	5.4	41	90	3	311	38	21	21	17	1.93
78595799--78595852	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
78595807--78595937	21	5.9	21	70	13	100	29	1	24	45	1.63
78595818--78595953	46	3.0	46	96	0	254	30	2	24	43	1.66
78595839--78595923	25	3.6	25	68	12	79	31	2	21	44	1.65
78595980--78596106	7	18.1	7	77	6	105	19	0	40	40	1.52
78596379--78596423	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
78596433--78596491	29	2.0	29	100	0	118	35	10	13	40	1.78
78601432--78601499	24	2.8	24	88	0	100	27	17	7	47	1.74
78601821--78601941	9	13.6	9	79	1	118	47	14	1	35	1.55
78601821--78601941	18	6.8	18	83	1	145	47	14	1	35	1.55
78601817--78601941	27	4.6	27	84	2	135	48	14	1	36	1.54
78603802--78603827	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
78606246--78606412	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
78614205--78614371	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78618018--78618055	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
78619398--78619654	140	1.8	140	88	5	394	28	19	28	22	1.98
78619398--78619655	47	5.5	45	77	10	236	28	19	29	22	1.98
78621372--78621530	43	3.7	43	75	10	146	31	25	14	28	1.95
78622164--78622225	31	2.0	31	100	0	124	48	19	6	25	1.72
78624230--78624363	48	2.8	48	82	4	162	32	11	16	39	1.84
78624230--78624413	96	1.9	96	79	2	208	33	10	17	38	1.85
78635628--78635685	15	3.9	14	77	4	53	53	15	12	18	1.72
78636763--78636803	12	3.3	12	96	3	73	24	29	0	46	1.53
78638238--78638338	46	2.2	46	87	0	148	24	3	28	42	1.72
78639344--78639398	29	1.9	29	81	3	67	43	3	23	29	1.71
78639896--78640035	43	3.3	43	80	4	149	25	16	25	32	1.96
78641912--78642079	24	7.0	24	91	2	248	26	21	22	30	1.99
78642129--78642195	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
78649694--78649731	9	4.3	9	96	3	69	71	0	18	10	1.14
78650208--78650373	24	7.0	24	92	4	248	25	21	22	30	1.98
78650208--78650373	70	2.3	72	88	8	250	25	21	22	30	1.98
78650423--78650489	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
78650526--78650573	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
78653774--78653874	35	2.9	35	80	0	121	45	21	6	25	1.77
78657254--78657433	40	4.5	40	78	4	166	26	25	22	25	2.00
78659859--78659892	16	2.1	16	88	5	50	73	8	8	8	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78662180--78662221	6	7.0	6	78	10	50	78	0	4	16	0.91
78662180--78662221	12	3.5	12	84	12	59	78	0	4	16	0.91
78666605--78666765	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
78678748--78678780	12	2.8	12	95	0	57	30	9	42	18	1.81
78688883--78688948	26	2.5	26	80	11	82	37	1	1	59	1.16
78695492--78695593	6	16.7	6	72	15	75	48	14	18	18	1.82
78695501--78695587	37	2.4	37	92	0	138	49	13	19	17	1.79
78695734--78695841	27	4.0	26	79	10	101	37	22	21	19	1.95
78697447--78697518	36	2.0	37	97	2	137	26	33	18	22	1.96
78697603--78697899	49	6.1	49	95	0	533	29	26	9	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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