genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42894211--42894394	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
42898925--42898951	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
42901678--42901709	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
42901859--42901910	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
42914745--42914789	15	3.1	15	90	3	65	15	11	8	64	1.49
42923203--42923235	5	6.6	5	92	0	57	78	0	0	21	0.75
42923385--42923437	25	2.2	25	86	3	72	50	9	3	35	1.53
42926595--42926638	23	1.9	23	100	0	88	43	11	4	40	1.61
42931207--42931252	23	2.0	23	100	0	92	47	8	17	26	1.76
42935010--42935398	195	2.0	193	92	1	643	22	20	22	33	1.97
42942502--42942631	55	2.4	55	79	7	138	17	28	28	25	1.98
42945607--42945733	55	2.3	55	79	5	141	18	25	26	28	1.98
42948662--42948714	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
42949023--42949087	32	2.0	34	84	6	89	29	15	24	30	1.96
42953325--42953482	28	5.7	28	70	12	96	24	24	18	32	1.97
42953351--42953506	54	2.8	54	84	6	215	25	27	16	31	1.96
42953358--42953512	28	5.6	28	72	11	122	25	28	15	30	1.96
42953807--42953954	63	2.3	63	82	10	181	24	27	16	32	1.96
42962592--42962704	42	2.7	42	79	9	124	23	22	23	30	1.99
42970539--42970581	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
42970547--42970583	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
42970547--42970606	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42970872--42970906	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
42976925--42977142	40	5.5	40	86	3	280	25	23	27	22	2.00
42978607--42978704	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
42986283--42986380	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
42987605--42987703	39	2.5	40	80	6	114	31	22	24	22	1.98
42987642--42987755	40	2.9	40	85	6	151	28	21	27	23	1.99
42987601--42987785	40	4.8	38	76	11	146	28	21	25	23	1.99
42995742--42995856	40	2.9	40	87	5	160	27	21	26	23	1.99
42997754--42997806	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
42998054--42998339	136	2.1	137	94	0	502	24	17	25	32	1.97
43003400--43003534	26	5.2	26	92	1	227	33	5	24	37	1.78
43003400--43003534	51	2.6	52	95	2	245	33	5	24	37	1.78
43005014--43005066	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
43005318--43005597	134	2.1	137	95	2	503	24	17	25	32	1.97
43006432--43006553	23	5.4	22	72	12	68	29	17	14	38	1.89
43006520--43006568	21	2.2	23	82	13	59	34	22	10	32	1.88
43006804--43006898	23	4.1	23	81	5	102	29	12	18	38	1.88
43006811--43006898	46	1.9	46	83	4	115	27	12	19	40	1.87
43010339--43010674	44	7.6	43	75	12	250	27	22	20	29	1.98
43010284--43010674	44	8.7	44	74	11	208	26	21	19	31	1.98
43010284--43010676	135	2.9	135	84	3	481	26	22	19	31	1.98
43013451--43013543	46	2.0	46	97	0	177	23	23	21	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43021254--43021569	127	2.5	127	89	1	463	39	20	13	26	1.90
43025230--43025268	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
43027123--43027198	35	2.2	35	97	0	143	38	21	19	21	1.94
43033169--43033205	18	2.1	18	90	10	58	24	13	16	45	1.83
43034529--43034563	18	1.9	18	88	0	52	51	11	14	22	1.74
43034553--43034592	12	3.3	12	78	0	53	47	17	20	15	1.83
43036314--43036345	15	2.2	14	94	5	55	31	31	0	37	1.58
43053725--43053769	20	2.2	20	96	0	81	60	4	22	13	1.51
43055304--43055329	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
43056254--43056333	42	1.9	42	100	0	160	33	7	21	37	1.81
43057931--43057955	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
43061923--43062053	29	4.6	29	83	2	131	25	17	32	24	1.97
43061923--43061994	28	2.5	28	95	2	126	27	15	30	26	1.96
43069660--43069733	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
43069717--43069792	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
43069660--43069792	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
43071559--43071819	39	6.6	39	86	1	342	23	31	20	24	1.98
43071559--43071818	78	3.3	78	91	1	385	23	31	20	25	1.98
43074611--43074647	15	2.5	15	95	0	65	45	18	8	27	1.77
43082560--43082607	25	1.9	25	83	8	62	35	14	10	39	1.80
43088366--43088513	43	3.4	43	85	1	190	31	21	16	30	1.96
43094633--43094866	49	4.7	49	78	5	245	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43097242--43097279	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
43105853--43106277	48	8.9	48	77	6	414	25	29	18	26	1.98
43105853--43106278	144	3.0	144	85	4	524	26	29	18	26	1.98
43111793--43111835	20	2.2	20	80	19	54	0	27	0	72	0.85
43111902--43111946	15	3.3	14	82	14	58	53	0	2	44	1.13
43111967--43112014	18	2.6	18	87	9	62	35	6	4	54	1.45
43112409--43112470	30	2.1	29	90	3	97	27	3	11	58	1.48
43112548--43112587	18	2.2	18	86	8	55	17	0	15	67	1.23
43112589--43112622	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
43117726--43117767	13	3.4	13	83	9	52	35	0	14	50	1.43
43122425--43122461	19	1.9	19	100	0	74	48	10	13	27	1.75
43130256--43130385	45	2.8	45	79	8	136	30	17	22	29	1.97
43130256--43130370	22	5.1	22	69	15	74	31	17	22	28	1.97
43136591--43136909	168	1.9	167	80	3	372	23	27	16	32	1.96
43138032--43138076	22	2.0	22	86	0	63	26	15	20	37	1.92
43139253--43139280	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
43139396--43139468	19	3.8	19	66	18	53	58	12	1	27	1.42
43147825--43147894	35	2.0	35	94	0	122	34	14	17	34	1.90
43152156--43152202	6	7.8	6	95	0	85	31	2	34	31	1.70
43157121--43157195	26	2.9	26	73	0	69	26	34	9	29	1.88
43162862--43162909	25	1.9	25	86	0	69	39	14	27	18	1.90
43164913--43164965	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43166450--43166557	26	4.2	26	90	0	171	37	24	7	31	1.83
43168511--43168551	19	2.1	20	86	13	59	39	7	0	53	1.29
43168664--43168688	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
43170697--43170721	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
43174715--43174888	46	3.8	46	78	11	194	22	20	27	29	1.98
43174712--43174882	93	1.8	93	89	2	272	22	21	28	28	1.99
43183352--43183493	71	2.0	69	81	10	164	46	9	21	22	1.80
43186052--43186088	18	2.1	18	89	0	56	48	5	10	35	1.61
43186851--43187044	96	2.0	96	88	0	289	12	34	17	36	1.88
43191742--43191793	26	2.0	26	81	7	61	46	7	0	46	1.31
43191899--43191949	25	2.0	25	100	0	102	52	19	3	23	1.62
43193284--43193313	15	2.0	15	100	0	60	80	0	0	20	0.72
43194979--43195102	62	2.0	60	89	3	185	27	19	31	21	1.97
43204111--43204144	15	2.3	15	94	0	59	41	0	20	38	1.53
43211620--43211690	36	2.0	36	85	0	97	35	8	29	26	1.86
43211919--43212056	60	2.3	59	80	5	143	41	13	18	26	1.88
43213993--43214047	26	2.1	26	96	0	101	40	21	18	20	1.92
43214055--43214080	12	2.2	12	100	0	52	34	11	23	30	1.90
43228637--43228694	20	2.9	20	80	14	57	41	20	25	12	1.87
43230382--43230454	22	3.3	22	67	14	69	61	15	1	21	1.41
43230369--43230456	44	2.0	44	100	0	176	59	15	2	22	1.48
43234216--43234272	23	2.4	24	81	16	66	43	1	17	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43234226--43234272	25	2.0	22	84	12	58	44	2	14	38	1.58
43235356--43235409	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
43235961--43236007	18	2.6	18	77	12	51	44	10	14	29	1.79
43235997--43236037	18	2.3	19	79	12	50	41	9	9	39	1.71
43237574--43237609	13	2.8	13	95	4	65	30	13	22	33	1.93
43249069--43249104	17	2.1	18	94	5	65	19	0	5	75	1.00
43250443--43250467	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
43252415--43252578	46	3.6	46	78	8	131	20	21	15	43	1.88
43252507--43252630	45	2.8	45	87	2	160	22	20	15	41	1.90
43252520--43252648	45	2.9	45	81	6	129	24	20	16	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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