genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65996818--65996852	19	1.9	18	88	11	54	34	11	0	54	1.37
65996877--65996914	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
65997752--65997784	17	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
65997758--65997805	23	2.1	23	85	11	64	47	0	2	50	1.12
66000586--66000664	31	2.5	31	91	0	122	29	24	16	30	1.96
66000870--66001063	26	7.3	26	84	9	243	28	23	20	28	1.99
66000870--66001063	58	3.7	52	86	11	270	28	23	20	28	1.99
66000895--66001057	84	2.0	83	92	1	272	28	23	21	26	1.99
66001097--66001127	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
66001847--66001933	27	3.3	27	80	10	74	24	25	20	29	1.99
66001862--66001953	27	3.4	27	85	5	114	20	26	19	33	1.96
66001984--66002438	27	16.8	27	78	5	265	32	8	20	38	1.83
66002095--66002276	81	2.3	81	92	0	294	30	7	19	41	1.80
66016390--66016523	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
66022838--66022906	29	2.4	29	92	0	111	27	10	28	33	1.89
66030559--66030619	14	4.2	14	77	14	54	78	3	4	13	1.03
66030581--66030620	14	2.8	15	88	7	57	80	5	2	12	0.98
66037548--66037723	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
66037544--66037715	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
66040672--66040751	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
66040663--66040750	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
66043131--66043306	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66043127--66043298	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
66047958--66048005	20	2.3	20	78	7	51	50	4	16	29	1.64
66049965--66050000	12	2.8	13	87	8	56	30	2	0	66	1.06
66054991--66055042	7	8.1	7	74	18	51	69	0	13	17	1.19
66054991--66055029	20	2.0	19	95	5	69	71	0	12	15	1.14
66065147--66065247	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
66069008--66069183	68	2.6	69	79	10	175	34	16	27	21	1.95
66069999--66070049	25	2.0	25	96	0	93	58	3	13	23	1.52
66070803--66070846	21	2.0	23	82	8	56	22	2	47	27	1.63
66086624--66086693	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
66093220--66093404	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
66093221--66093412	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
66093220--66093437	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
66100859--66101000	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
66100898--66101026	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
66104352--66104536	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
66104353--66104544	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
66104352--66104569	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
66113657--66113697	21	2.0	21	90	0	64	24	29	21	24	1.99
66115320--66115496	40	4.5	40	90	3	279	27	26	22	23	1.99
66115320--66115492	79	2.2	80	90	4	271	27	27	21	23	1.99
66126505--66126530	12	2.2	12	100	0	52	42	7	19	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66129332--66129482	75	2.0	75	100	0	302	39	12	14	33	1.84
66133521--66133623	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
66141492--66141594	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
66146468--66146520	20	2.6	21	79	8	56	45	1	1	50	1.23
66146585--66146615	10	3.0	10	95	4	53	77	3	19	0	0.90
66147307--66147355	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
66152154--66152265	27	4.1	27	79	7	111	37	23	22	16	1.94
66159284--66159529	40	6.2	40	93	1	397	28	27	21	22	1.99
66161588--66161686	28	3.5	28	79	9	103	30	25	15	29	1.95
66163793--66163818	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
66166231--66166341	27	4.1	27	87	5	154	37	23	24	14	1.92
66171536--66171800	46	6.0	45	84	9	330	21	23	15	39	1.92
66171536--66171799	91	3.0	88	87	6	349	21	23	15	39	1.91
66171713--66171788	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
66173929--66173980	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
66183869--66184188	46	7.0	46	91	0	451	19	23	15	41	1.89
66189235--66189554	46	7.0	46	88	1	417	20	22	15	41	1.90
66189482--66189553	21	3.2	21	66	27	58	25	23	11	40	1.87
66193277--66193301	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
66195297--66195359	31	2.1	31	88	8	94	22	23	15	38	1.93
66195551--66195692	24	6.0	24	91	4	218	28	21	21	28	1.99
66195572--66195691	23	5.1	23	94	3	204	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66195551--66195692	47	3.0	48	89	7	218	28	21	21	28	1.99
66195750--66195802	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
66195742--66195808	20	3.3	20	91	0	107	34	20	10	34	1.87
66195742--66195797	11	5.5	11	73	16	57	33	19	10	35	1.87
66195845--66195892	25	1.9	25	86	0	69	25	20	20	33	1.97
66200679--66200897	119	1.8	120	80	6	266	26	26	22	25	2.00
66200679--66200897	40	5.5	40	83	7	250	26	26	22	25	2.00
66202696--66202903	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
66202796--66202903	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
66212172--66212313	40	3.6	39	85	9	191	25	27	22	24	2.00
66218185--66218212	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
66218199--66218261	31	2.1	31	90	3	101	23	23	14	38	1.92
66218453--66218595	24	6.0	24	89	4	209	28	20	20	29	1.98
66218453--66218594	47	3.0	47	89	4	205	28	21	21	28	1.98
66218645--66218711	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
66219855--66219893	12	3.2	12	85	3	51	61	0	30	7	1.24
66223597--66223666	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
66225761--66225910	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
66225785--66225968	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
66227055--66227085	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
66229116--66229175	29	2.1	28	81	3	66	43	1	25	30	1.64
66229586--66229697	40	2.8	40	76	11	111	25	16	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66232635--66232680	24	1.9	24	100	0	92	28	17	17	36	1.92
66236755--66236791	19	2.0	18	89	5	56	51	0	0	48	1.00
66240219--66240371	42	3.6	42	75	3	121	31	14	24	29	1.95
66243032--66243247	46	4.6	46	76	7	195	29	19	25	25	1.99
66243032--66243250	48	4.7	47	77	7	196	28	20	26	24	1.99
66243032--66243337	94	3.3	94	85	3	350	28	19	26	25	1.98
66244977--66245102	49	2.6	49	83	1	144	26	20	28	23	1.99
66253253--66253433	40	4.5	40	86	5	206	25	26	22	25	2.00
66256379--66256461	42	2.0	42	80	2	94	21	16	26	34	1.95
66271638--66271673	19	1.9	19	88	5	56	25	19	38	16	1.92
66271739--66271883	28	5.1	27	76	8	121	28	13	31	25	1.94
66271743--66271884	57	2.5	56	80	7	137	28	14	33	24	1.94
66284414--66284472	29	2.0	29	96	0	109	42	25	1	30	1.65
66284492--66284523	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
66292582--66292625	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
66295791--66295825	18	1.9	18	94	0	61	11	31	31	25	1.91
66299477--66299525	24	2.0	24	84	0	62	53	14	14	18	1.74
66299492--66299587	6	15.7	6	73	14	72	48	16	15	18	1.81
66299503--66299587	37	2.3	37	89	0	125	49	16	15	18	1.80
66299540--66299617	31	2.5	31	87	6	104	51	14	14	20	1.76
66300064--66300334	27	10.0	27	88	0	380	24	20	20	34	1.96
66300136--66300359	54	4.1	54	86	3	184	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66300326--66300386	27	2.3	27	85	0	77	29	13	21	36	1.91
66300326--66300441	54	2.1	54	79	3	126	28	9	22	39	1.85
66300337--66300450	27	4.2	27	80	4	113	29	7	21	41	1.81
66300104--66300394	81	3.6	81	83	4	286	26	18	20	35	1.95
66300405--66300464	27	2.2	27	87	0	84	30	6	25	38	1.81
66300352--66300491	54	2.6	54	82	0	145	30	6	25	38	1.81
66300443--66300636	27	7.2	27	91	1	309	38	6	24	30	1.81
66300443--66300636	80	2.4	81	92	0	327	38	6	24	30	1.81
66305053--66305141	41	2.2	40	83	2	106	41	21	16	20	1.90
66306797--66306841	22	2.0	22	83	8	56	40	8	0	51	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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