genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  215  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64073247--64073279	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
64077109--64077166	22	2.4	25	80	19	86	39	18	6	34	1.78
64077117--64077164	22	2.2	22	100	0	96	39	18	8	33	1.81
64077439--64077576	43	3.2	43	90	0	222	30	31	24	13	1.93
64087989--64088125	50	2.7	50	94	0	238	26	20	26	27	1.99
64090610--64090694	27	3.1	27	85	5	109	36	22	22	18	1.95
64091933--64091978	23	1.9	25	82	8	60	60	0	34	4	1.16
64097171--64097346	46	3.8	46	75	12	162	22	20	28	28	1.98
64097168--64097339	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	27	1.99
64104266--64104441	46	3.8	45	77	12	178	21	19	29	29	1.98
64104265--64104434	93	1.8	93	92	0	286	22	19	29	28	1.98
64111961--64112035	36	2.1	37	94	2	134	42	8	18	30	1.79
64112855--64113005	43	3.5	44	75	11	143	24	19	25	30	1.98
64123815--64123965	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
64128019--64128464	27	16.6	27	84	4	535	28	21	8	40	1.83
64129790--64129866	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
64129799--64129870	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
64129788--64129870	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
64129925--64130114	24	8.0	24	89	3	269	28	23	21	25	1.99
64129925--64130093	47	3.6	47	91	1	284	29	23	20	26	1.99
64129924--64130114	71	2.7	71	87	4	269	29	23	21	25	1.99
64130308--64130371	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64132213--64132249	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
64132213--64132249	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
64133488--64133594	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
64133529--64133655	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
64140254--64140290	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
64140254--64140290	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
64141529--64141635	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
64141570--64141696	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
64144757--64144970	49	4.4	49	93	0	338	31	8	29	30	1.87
64154039--64154099	30	2.0	30	83	0	77	42	4	22	29	1.75
64154564--64154690	68	1.9	68	83	6	168	33	15	27	23	1.95
64160660--64160707	24	2.0	24	95	0	87	43	12	8	35	1.73
64160665--64160716	24	2.2	24	82	6	61	46	11	5	36	1.64
64164419--64164461	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
64164426--64164469	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
64164521--64164778	24	11.0	23	92	7	403	27	22	21	28	1.99
64164996--64165054	31	1.9	31	86	3	84	35	15	22	27	1.94
64165041--64165068	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
64167603--64167787	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
64167604--64167795	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
64167603--64167820	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
64176118--64176220	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64183946--64184074	43	3.0	43	69	15	122	32	26	13	27	1.94
64191053--64191213	29	5.6	29	91	0	250	26	32	14	26	1.95
64190995--64191213	87	2.5	86	80	5	226	26	33	15	24	1.95
64198358--64198460	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
64219901--64219950	24	2.1	24	96	3	93	48	12	8	32	1.69
64226311--64226471	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
64233811--64233971	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
64241317--64241372	26	2.2	25	96	3	103	32	10	25	32	1.90
64243230--64243314	43	2.0	43	85	0	116	27	30	18	23	1.98
64254251--64254342	45	2.0	45	93	0	157	42	17	13	27	1.86
64261655--64261695	22	1.9	21	85	5	55	19	26	41	12	1.87
64262849--64263216	47	7.8	47	77	11	283	23	29	18	28	1.98
64262852--64263208	96	3.8	98	77	12	327	23	29	18	28	1.98
64262899--64263217	46	6.7	46	78	10	202	23	29	17	28	1.97
64266232--64266332	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
64268150--64268183	12	2.8	12	86	13	52	44	8	0	47	1.34
64268150--64268184	11	3.0	11	91	8	52	45	8	0	45	1.34
64270205--64270307	38	2.7	38	83	0	107	30	27	19	23	1.98
64272276--64272315	17	2.5	16	88	8	55	25	2	27	45	1.66
64274689--64274857	47	3.6	47	92	0	275	35	13	24	26	1.93
64274839--64275030	55	3.6	54	76	10	194	36	17	22	23	1.94
64276299--64276355	26	2.2	26	100	0	114	49	14	8	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64276504--64276915	46	8.8	46	77	9	327	26	19	30	24	1.98
64276511--64276865	187	1.9	184	83	7	457	26	18	30	24	1.98
64277677--64277810	55	2.4	55	86	0	178	23	20	27	28	1.99
64284135--64284540	46	8.7	46	78	8	349	27	19	29	24	1.98
64284135--64284540	187	2.2	187	80	7	439	27	19	29	24	1.98
64285301--64285435	55	2.5	54	83	7	166	23	17	28	30	1.97
64291214--64291333	47	2.5	49	75	9	122	35	19	21	23	1.96
64291305--64291468	47	3.6	47	91	5	271	35	14	24	25	1.93
64291373--64291453	44	1.9	39	92	5	108	32	13	28	25	1.94
64291449--64291643	54	3.6	53	78	7	187	36	16	24	22	1.94
64292827--64293044	40	5.5	40	87	7	277	23	23	27	25	2.00
64296093--64296300	79	2.6	80	82	9	264	25	26	21	26	1.99
64296057--64296300	40	6.1	40	81	8	250	24	26	22	26	2.00
64303462--64303661	77	2.6	79	85	9	243	23	21	29	27	1.99
64303462--64303648	39	4.8	40	84	9	226	21	21	29	27	1.99
64309037--64309186	41	3.7	41	82	1	203	22	23	27	27	1.99
64311677--64311815	40	3.5	40	82	2	156	25	20	28	25	1.99
64319233--64319381	41	3.7	41	82	3	203	21	23	27	27	1.99
64320569--64320600	11	2.9	11	100	0	64	56	18	0	25	1.42
64324527--64324661	48	2.8	48	82	0	153	28	24	19	27	1.98
64336258--64336284	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
64346106--64346135	15	2.0	15	100	0	60	13	26	26	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64347408--64347486	34	2.3	35	72	8	83	26	20	25	27	1.99
64359490--64359598	52	2.0	54	91	5	177	37	16	16	29	1.91
64362444--64362474	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
64364258--64364428	93	1.8	93	88	2	263	22	21	27	29	1.99
64371529--64371735	40	5.2	40	79	4	222	25	26	22	25	2.00
64377652--64377832	78	2.3	78	89	1	265	24	21	29	23	1.99
64377651--64377792	39	3.7	39	91	0	232	26	19	30	23	1.98
64385527--64385670	39	3.7	39	87	0	216	26	20	28	25	1.99
64385528--64385710	78	2.3	79	85	1	251	24	21	28	25	1.99
64401358--64401526	45	3.8	45	91	1	261	24	20	28	26	1.99
64407107--64407166	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
64413468--64413519	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
64413572--64413631	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
64416888--64416994	40	2.7	40	88	5	146	27	23	25	24	2.00
64424897--64425042	40	3.7	40	83	7	163	26	23	25	25	2.00
64438746--64438863	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64438714--64438877	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64446324--64446441	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64446292--64446455	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64451321--64451402	28	3.1	28	62	25	70	23	15	30	30	1.96
64451221--64451446	49	4.6	49	81	2	254	26	18	26	28	1.98
64454222--64454393	91	1.9	94	86	8	255	27	30	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64472622--64472845	40	5.6	39	85	7	297	25	26	24	24	2.00
64472622--64472845	83	2.8	80	87	6	319	25	26	24	24	2.00
64474639--64474812	46	3.7	46	81	4	197	24	28	18	28	1.98
64475891--64475957	34	2.0	34	100	0	134	53	14	1	29	1.50
64479419--64479506	40	2.2	40	97	2	167	15	22	6	54	1.65
64480026--64480057	17	1.9	17	93	6	57	31	3	31	34	1.73
64480906--64480948	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
64481875--64481932	30	1.9	30	85	0	80	39	6	22	31	1.80
64482660--64482844	67	2.9	64	78	8	205	28	16	30	23	1.96
64495049--64495122	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335