genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  260  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78697603--78697899	146	2.0	147	96	0	542	29	26	9	33	1.89
78701773--78702119	39	8.8	40	88	3	463	27	24	19	28	1.98
78704126--78704425	49	6.1	49	96	0	546	29	27	9	33	1.89
78708298--78708569	40	6.8	40	90	1	393	25	25	20	28	1.99
78710573--78710872	49	6.1	49	96	0	546	29	27	9	33	1.89
78714753--78715104	40	8.8	40	89	1	508	26	24	20	29	1.99
78717110--78717411	49	6.1	49	92	0	505	30	26	9	34	1.88
78719985--78720039	22	2.5	22	80	11	76	36	21	20	21	1.95
78720430--78721023	27	22.2	27	85	4	676	26	20	17	36	1.94
78720428--78721023	107	5.6	107	86	3	772	26	20	17	36	1.94
78720429--78721023	134	4.4	134	89	0	834	26	20	17	36	1.94
78721055--78721347	54	5.4	54	80	4	265	28	9	21	40	1.84
78721055--78721347	27	10.9	26	82	5	219	28	9	21	40	1.84
78721062--78721347	81	3.5	80	77	5	265	28	9	21	40	1.84
78722796--78722832	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32
78722922--78722967	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
78725141--78725188	25	1.9	25	82	0	60	31	20	16	31	1.95
78733947--78733986	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78741046--78741105	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
78741073--78741214	67	2.1	70	85	5	191	30	21	28	19	1.98
78744264--78744313	11	4.8	11	80	11	61	34	18	12	36	1.87
78744264--78744301	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78744350--78744397	25	1.9	25	86	0	69	33	14	18	33	1.91
78753258--78753342	41	2.1	41	97	0	161	52	9	27	10	1.66
78755256--78755431	46	3.8	46	81	10	223	21	21	28	28	1.98
78755252--78755423	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
78772455--78772524	8	8.2	8	71	22	54	60	1	1	37	1.15
78772457--78772511	25	2.1	26	90	6	85	60	1	1	36	1.18
78772456--78772521	25	2.5	26	79	16	82	59	1	1	37	1.16
78772456--78772517	18	3.5	18	76	10	65	59	1	1	37	1.17
78773186--78773216	14	2.1	14	94	5	53	54	0	0	45	0.99
78782061--78782250	39	4.8	39	76	8	154	24	24	27	23	2.00
78790080--78790264	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
78790081--78790272	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
78790080--78790297	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
78793972--78794001	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
78796654--78796737	42	2.0	42	100	0	168	35	2	23	38	1.68
78807637--78807844	40	5.2	40	83	1	206	26	26	21	25	1.99
78811021--78811184	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78811021--78811218	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78818567--78818730	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78818567--78818764	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78821377--78821479	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
78826895--78826944	20	2.5	20	90	0	73	24	32	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78837354--78837475	43	2.9	42	83	2	163	29	25	16	28	1.97
78839862--78839909	25	1.9	25	83	8	62	33	20	18	27	1.96
78850537--78850687	40	3.8	40	75	11	132	27	24	25	22	2.00
78850574--78850703	40	3.2	40	76	4	129	25	24	26	23	2.00
78854932--78855101	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
78860889--78860926	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
78862543--78862611	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
78868870--78868907	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
78870534--78870588	28	2.0	28	96	0	101	45	23	10	20	1.82
78872402--78872523	46	2.6	47	82	5	138	26	23	14	35	1.94
78875825--78875920	43	2.2	41	82	10	120	34	26	13	26	1.93
78879442--78879529	42	2.1	42	85	4	115	31	15	23	28	1.96
78886293--78886476	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78886333--78886521	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78897545--78897696	40	3.8	40	78	11	132	24	23	27	25	2.00
78905389--78905540	40	3.8	39	81	8	164	23	23	28	25	2.00
78905389--78905540	80	1.9	80	82	5	191	23	23	28	25	2.00
78908391--78908434	20	2.2	20	95	0	79	20	22	27	29	1.99
78908350--78908480	66	2.0	66	93	0	226	22	21	27	29	1.99
78912318--78912348	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
78921645--78921670	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
78927747--78927789	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78927809--78927901	34	2.8	33	73	4	89	27	21	23	26	1.99
78930089--78930214	40	3.1	40	82	2	153	18	30	13	38	1.89
78930083--78930185	20	5.1	20	62	11	57	17	29	15	37	1.91
78930133--78930194	20	3.1	20	71	0	61	12	27	17	41	1.86
78930144--78930204	20	3.0	20	73	0	68	11	29	19	39	1.87
78930854--78930886	11	3.0	11	100	0	66	27	0	27	45	1.54
78934288--78934314	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
78942258--78942323	20	3.3	20	93	0	114	36	13	19	30	1.91
78942373--78942536	47	3.5	46	90	7	242	28	21	21	28	1.99
78942371--78942535	70	2.3	70	91	5	262	27	21	21	28	1.99
78942372--78942535	23	7.0	24	90	6	248	28	21	21	28	1.99
78947302--78947372	20	3.5	20	92	0	115	35	12	21	30	1.91
78947416--78947558	23	6.1	23	94	3	250	27	21	20	29	1.98
78947415--78947578	23	7.0	23	90	4	231	28	21	21	28	1.99
78947416--78947558	47	3.1	46	94	3	250	27	21	20	29	1.98
78951617--78951886	48	5.7	48	78	13	267	21	28	21	28	1.99
78951617--78951886	47	5.7	47	78	9	257	21	28	21	28	1.99
78951617--78951883	94	2.8	93	85	6	351	21	28	20	28	1.98
78953102--78953153	20	2.4	23	84	9	74	17	21	19	42	1.89
78957116--78957211	45	2.2	41	83	7	111	23	18	28	29	1.98
78962176--78962365	27	7.0	27	77	4	157	22	17	16	43	1.88
78962264--78962306	15	2.9	15	89	3	70	6	30	13	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78966823--78967100	80	3.5	80	87	2	407	38	19	11	30	1.87
78966837--78967100	53	4.9	53	81	6	291	38	19	10	31	1.86
78966815--78967100	27	10.7	27	80	5	294	38	20	10	30	1.87
78967084--78967333	27	9.3	27	82	3	270	35	17	20	27	1.95
78966837--78967126	161	1.8	160	88	3	447	38	19	11	30	1.87
78967080--78967333	81	3.1	80	84	3	339	35	16	20	27	1.94
78967983--78968034	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78968067--78968096	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
78970625--78970800	46	3.8	46	81	4	228	21	19	30	28	1.98
78970624--78970792	93	1.8	93	96	0	311	21	20	30	28	1.98
78973636--78973709	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
78977206--78977340	48	2.8	48	80	4	164	34	27	17	20	1.95
78984987--78985135	48	3.0	50	86	7	232	37	6	24	30	1.81
78984991--78985159	48	3.4	50	78	14	190	34	7	27	30	1.84
78985285--78985393	37	2.9	37	93	0	173	23	17	31	27	1.97
78986661--78987009	40	8.8	40	94	1	587	24	22	28	24	1.99
78991212--78991360	48	3.0	50	80	7	187	37	7	23	31	1.82
78991510--78991618	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
78994635--78994673	13	2.7	14	88	11	53	64	20	0	15	1.30
78997601--78997686	41	2.1	40	89	2	127	22	15	29	33	1.94
78997601--78997706	41	2.6	40	85	7	117	20	16	31	32	1.94
78997692--78997794	28	3.7	28	82	0	125	29	11	31	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78999436--78999489	24	2.2	24	83	0	72	35	3	40	20	1.70
79000475--79000511	8	4.6	8	86	0	56	51	18	27	2	1.60
79000928--79001038	27	4.1	27	85	1	143	15	26	20	37	1.92
79004683--79004793	27	4.1	27	85	1	143	15	26	20	37	1.92
79007518--79007856	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
79007825--79008068	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
79015149--79015486	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
79015455--79015682	40	5.7	40	87	0	267	25	21	25	27	1.99
79015456--79015677	120	1.9	120	84	1	302	26	20	25	27	1.99
79019369--79019393	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335