Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  177  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53116914--53117039
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2
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0
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2.6
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53
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37
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19
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2.1
81
84
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3.0
22
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20
24
23
32
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.5
25
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19
17
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32
1.97
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2.00
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2.6
28
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202
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22
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1.96
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1.95
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1.95
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24
1.99
53244880--53245062
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2.3
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9
247
26
27
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24
1.99
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6.1
40
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296
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27
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25
2.00
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27
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2.00
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24
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171
32
17
28
21
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.97
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1.97
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2.1
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0
0
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1.00
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141
33
7
18
40
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
53307127--53307173
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0
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1.44
53307127--53307173
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2.4
19
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21
0
23
55
1.44
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1.10
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20
0
22
56
1.42
53324896--53324934
21
1.9
21
94
5
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23
0
23
53
1.46
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33
2.0
33
100
0
134
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25
14
8
1.72
53331401--53331531
35
3.6
35
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15
104
35
19
22
23
1.96
53341885--53341936
23
2.3
23
82
0
59
36
3
0
59
1.16
53341410--53342700
150
8.6
150
90
2
1945
29
6
7
56
1.51
53342735--53342775
17
2.5
16
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7
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14
7
2
75
1.12
53342746--53342807
15
3.9
15
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20
4
4
69
1.26
53342735--53342816
17
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16
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10
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20
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69
1.26
53343288--53343335
3
16.0
3
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2
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0
64
1.05
53343281--53343335
21
2.6
22
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1
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61
1.06
53343437--53343491
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28
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53346792--53346837
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2.6
18
85
0
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45
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1.49
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131
2.4
129
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4
376
27
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19
36
1.93
53359982--53360525
168
3.2
168
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1
858
30
21
23
23
1.99
53361203--53361228
5
5.2
5
100
0
52
19
0
0
80
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53361992--53362031
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2.2
18
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0
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47
7
5
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131
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130
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26
19
18
35
1.95
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9
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9
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14
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32
0
0
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1.05
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26
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27
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1
1
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0
0
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0.88
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47
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1
0
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1.07
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1
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2
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49
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0
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29
1.88
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2.2
37
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20
20
34
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1.97
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28
1
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5.0
46
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1
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2.0
17
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0
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0
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24
1.97
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2.5
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7
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1.10
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29
2.2
29
94
0
112
30
16
27
24
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53405985--53406081
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48
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2
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2
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0
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3
0
48
1.17
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90
2
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22
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29
30
1.97
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40
5.4
40
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1
344
21
17
31
29
1.96
53418492--53418709
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2.7
80
90
1
348
21
17
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1.96
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21
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0
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2.0
191
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270
24
21
27
26
1.99
53449825--53450008
39
4.7
40
87
8
252
24
21
27
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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