genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63358827--63358863	19	1.9	19	88	0	56	54	10	2	32	1.49
63361711--63361747	19	2.1	18	85	14	51	75	0	16	8	1.02
63363054--63363156	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
63384098--63384322	40	5.6	40	79	7	258	23	23	28	25	2.00
63384098--63384322	83	2.8	80	86	4	326	23	23	28	25	2.00
63387822--63387951	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
63387838--63387989	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
63387838--63387987	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
63395845--63395994	40	3.8	40	78	6	146	23	26	23	26	2.00
63404401--63404469	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
63404392--63404479	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
63406859--63407034	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
63406855--63407026	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
63411603--63411740	53	2.6	53	82	2	159	37	19	23	19	1.94
63411544--63411747	53	3.8	53	76	5	158	37	18	23	21	1.94
63418411--63418629	46	4.7	46	80	9	248	22	20	26	30	1.98
63425970--63426140	45	3.8	45	80	10	204	22	20	27	29	1.98
63425967--63426135	92	1.8	92	92	2	286	21	20	28	28	1.98
63429939--63430112	45	3.8	45	78	9	199	20	20	30	28	1.98
63432998--63433047	15	3.3	15	91	0	82	12	18	12	58	1.64
63433021--63433070	23	2.2	23	85	7	66	10	16	18	56	1.67
63435457--63435629	46	3.7	47	80	6	183	20	21	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63435462--63435635	45	3.8	45	80	9	208	20	21	30	27	1.98
63438568--63438631	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
63438823--63438969	24	6.0	24	86	10	181	25	23	23	27	2.00
63438823--63438964	51	2.8	52	86	9	179	26	23	23	26	2.00
63439020--63439079	20	3.0	20	90	0	102	33	18	10	38	1.84
63439020--63439074	11	5.4	11	70	16	55	30	18	10	40	1.85
63439122--63439169	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63440940--63441131	27	7.2	27	82	5	212	34	18	19	27	1.95
63440940--63441131	81	2.4	80	85	6	239	34	18	19	27	1.95
63441273--63441333	27	2.3	27	85	0	77	16	21	21	40	1.91
63441506--63441592	33	2.6	33	88	0	120	25	21	28	24	1.99
63445126--63445200	38	2.0	38	86	0	105	22	21	25	30	1.99
63445181--63445261	43	1.9	41	90	5	126	12	23	32	32	1.92
63446885--63447018	42	3.3	40	83	5	162	33	24	17	24	1.96
63447375--63447415	21	2.0	20	85	4	55	43	24	2	29	1.67
63449177--63449359	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
63457209--63457391	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
63461022--63461071	16	3.2	16	78	18	52	62	0	14	24	1.32
63461913--63462079	43	3.9	43	73	8	144	27	13	25	33	1.94
63463549--63463827	43	6.5	43	89	1	380	27	17	26	28	1.98
63473210--63473293	43	2.0	43	88	4	125	29	14	22	33	1.93
63473266--63473323	28	2.1	28	93	0	98	31	18	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63473223--63473364	71	2.0	71	82	8	173	28	18	23	29	1.98
63477139--63477238	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
63484965--63484989	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
63485830--63485882	25	2.1	25	100	0	106	20	18	20	39	1.92
63487270--63487301	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
63489991--63490081	43	2.1	43	85	4	121	24	13	25	37	1.91
63493269--63493403	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
63493215--63493404	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
63501649--63501735	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
63501804--63502066	49	5.4	49	92	0	400	31	28	7	32	1.85
63504783--63504926	40	3.6	40	93	2	220	25	29	21	22	1.99
63504811--63505047	40	5.9	40	83	6	144	27	28	20	23	1.99
63506902--63506988	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
63507057--63507414	49	7.4	49	92	3	555	30	29	7	31	1.86
63511570--63511779	39	5.3	39	92	2	307	25	21	28	25	1.99
63514096--63514205	27	4.1	27	82	5	125	37	20	23	18	1.94
63514096--63514205	54	2.1	53	84	5	141	37	20	23	18	1.94
63519202--63519285	34	2.5	34	82	3	89	27	25	21	26	1.99
63523305--63523358	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
63526123--63526293	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
63526115--63526295	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
63526474--63526502	11	2.7	11	94	5	51	68	6	0	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63528641--63528728	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
63528641--63528719	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
63528652--63528728	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
63531624--63531795	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
63531616--63531791	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
63533643--63533745	29	3.6	28	76	5	98	28	34	17	19	1.94
63538852--63538966	58	2.0	57	84	5	151	31	17	20	30	1.96
63538852--63538985	58	2.3	58	78	6	130	31	16	23	29	1.96
63540613--63540685	36	2.0	36	97	0	137	20	5	19	54	1.63
63542401--63542549	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
63542442--63542549	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
63550518--63550666	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
63550559--63550666	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
63560372--63560526	39	3.9	40	83	0	170	22	21	30	24	1.99
63560372--63560526	79	2.0	79	85	2	213	22	21	30	24	1.99
63564685--63564751	34	2.0	34	87	0	98	26	23	22	26	2.00
63571852--63571904	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
63581340--63581516	27	6.6	27	79	4	142	38	20	10	30	1.86
63581499--63581558	27	2.2	27	87	0	84	41	25	3	30	1.71
63581472--63581558	27	3.2	27	79	6	77	40	25	5	28	1.78
63581563--63581675	62	1.9	58	83	13	144	38	15	19	26	1.92
63581563--63581650	27	3.3	27	85	0	113	38	15	18	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63581617--63581685	35	2.0	35	85	0	93	37	17	21	23	1.94
63581585--63581700	62	1.9	61	87	5	171	36	17	21	25	1.95
63582097--63582145	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
63582303--63582363	27	2.3	27	82	5	70	19	21	21	37	1.94
63582557--63582709	6	24.8	6	66	17	73	21	18	12	47	1.81
63582535--63582596	25	2.5	25	89	0	97	24	20	9	45	1.81
63582538--63582614	37	2.1	37	85	7	102	23	20	10	45	1.82
63582560--63582680	31	3.9	31	76	4	127	23	19	11	46	1.82
63582551--63582633	37	2.2	37	84	0	103	24	19	12	44	1.84
63582529--63582664	62	2.2	62	87	0	200	25	18	10	46	1.80
63584574--63584629	27	2.1	27	89	0	85	32	16	19	32	1.94
63584611--63584761	27	5.6	27	87	2	187	39	21	7	30	1.82
63584611--63584843	27	8.6	27	81	3	157	39	22	6	31	1.80
63584663--63584843	81	2.2	81	78	3	177	41	23	5	29	1.77
63584835--63584910	27	2.9	27	78	5	84	35	17	21	26	1.95
63584825--63584913	27	3.3	26	75	9	81	38	16	17	26	1.92
63585290--63585354	22	3.0	22	82	8	87	20	27	21	30	1.98
63585519--63585617	27	3.7	26	80	11	101	19	25	18	37	1.94
63585740--63585847	25	4.6	25	76	13	120	19	20	14	45	1.85
63585737--63585859	6	19.8	6	67	18	65	19	19	13	47	1.83
63585747--63585842	44	2.2	44	94	0	165	19	20	15	43	1.87
63585765--63585842	19	3.8	19	73	18	75	19	21	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63587751--63588009	27	9.6	27	80	4	236	38	20	8	31	1.83
63587994--63588135	27	5.3	27	86	0	185	35	20	20	23	1.96
63588735--63588818	27	3.1	26	79	6	87	19	20	21	39	1.93
63588769--63588833	27	2.4	26	82	5	67	26	23	15	35	1.94
63588960--63589097	6	22.3	6	66	19	52	20	18	12	48	1.80
63588960--63589020	25	2.4	25	83	0	77	19	19	14	45	1.85
63589010--63589094	37	2.3	37	83	0	98	20	18	9	51	1.73
63588988--63589076	19	4.7	19	71	8	74	20	21	10	48	1.78
63592793--63592996	40	5.1	40	83	2	232	27	26	20	25	1.99
63596599--63596802	52	4.0	51	74	10	168	22	17	29	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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