genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76656172--76656373	40	5.0	41	77	11	197	22	23	28	25	2.00
76656168--76656373	80	2.6	80	80	6	274	23	23	27	25	2.00
76664214--76664459	40	6.2	40	74	15	208	24	23	26	26	2.00
76664220--76664435	119	1.8	120	86	3	319	23	24	26	25	2.00
76664260--76664466	79	2.6	78	83	3	236	23	23	26	26	2.00
76665835--76665881	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
76666142--76666491	46	8.0	46	85	10	462	22	24	15	37	1.93
76666186--76666491	84	3.5	84	94	3	495	22	24	16	36	1.94
76666321--76666480	38	4.0	38	87	12	248	23	25	17	33	1.96
76671803--76671861	29	2.0	29	100	0	118	44	13	11	30	1.80
76671922--76671951	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
76680540--76680640	27	3.5	28	87	5	132	28	12	25	32	1.93
76683041--76683187	48	3.1	47	83	4	181	31	17	26	24	1.97
76683054--76683219	48	3.5	46	81	4	174	31	17	27	24	1.97
76686418--76686473	28	2.0	28	100	0	112	21	25	25	28	1.99
76708859--76709037	94	1.9	95	85	1	252	29	18	29	22	1.98
76708817--76709138	46	6.7	47	75	9	208	29	20	27	22	1.98
76710286--76710325	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
76718700--76718954	55	4.8	54	79	11	262	36	16	25	21	1.94
76718707--76718907	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	23	1.96
76719146--76719176	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
76726999--76727198	55	3.7	53	75	9	181	36	18	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76727002--76727200	108	1.8	110	88	6	307	35	17	24	22	1.95
76731556--76731774	41	5.4	41	91	0	332	33	24	24	18	1.97
76731744--76731897	78	2.0	79	97	1	292	40	20	13	25	1.89
76732539--76732572	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
76732539--76732572	10	3.4	10	95	0	59	55	0	0	44	0.99
76733101--76733178	14	5.4	14	83	10	77	75	1	1	21	0.94
76733100--76733169	7	9.9	7	84	3	86	78	0	1	20	0.83
76733177--76733201	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76736870--76736998	37	3.4	38	94	5	219	25	33	19	21	1.97
76737093--76737685	49	12.5	49	90	6	943	29	29	9	32	1.88
76741034--76741064	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
76742440--76742573	43	3.1	43	92	2	207	25	16	29	29	1.97
76744805--76745250	42	10.4	42	72	8	310	22	31	23	22	1.98
76745137--76745331	85	2.3	84	81	5	212	23	32	23	20	1.98
76745203--76745331	43	3.0	41	74	15	118	24	30	24	20	1.99
76744805--76745271	211	2.2	213	81	3	528	22	31	24	22	1.98
76745192--76745325	42	3.1	42	75	13	139	22	31	24	21	1.98
76745193--76745360	85	2.0	85	83	4	214	23	32	23	20	1.98
76748341--76748449	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
76748503--76749255	48	15.7	48	93	0	1281	32	26	5	34	1.81
76752518--76752869	40	8.8	40	92	1	562	25	28	21	24	1.99
76754132--76754244	37	3.1	37	94	0	190	27	30	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76754289--76755009	48	15.0	48	94	0	1264	32	26	6	34	1.82
76761260--76761364	40	2.7	40	83	1	131	27	22	25	23	2.00
76769309--76769418	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
76769309--76769458	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
76774077--76774296	80	2.8	80	81	6	232	25	27	22	25	2.00
76774156--76774302	40	3.7	40	92	1	233	25	26	23	25	2.00
76786180--76786398	41	5.4	40	88	3	296	38	21	21	17	1.93
76786180--76786398	81	2.7	80	89	2	260	38	21	21	17	1.93
76786555--76786608	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
76786563--76786693	21	5.9	21	70	13	100	29	1	24	45	1.63
76786574--76786709	46	3.0	46	96	0	254	30	2	24	43	1.66
76786595--76786679	25	3.6	25	68	12	79	31	2	21	44	1.65
76786736--76786861	7	18.1	7	78	6	105	19	0	39	40	1.52
76787131--76787175	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
76787185--76787243	29	2.0	29	100	0	118	35	10	13	40	1.78
76792187--76792254	24	2.8	24	88	0	100	27	17	7	47	1.74
76792575--76792695	9	13.6	9	79	1	118	47	14	1	35	1.55
76792575--76792695	18	6.8	18	83	1	145	47	14	1	35	1.55
76792571--76792695	27	4.6	27	84	2	135	48	14	1	36	1.54
76798339--76798389	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
76798783--76798903	43	2.8	43	96	0	215	22	32	19	26	1.97
76806901--76807104	40	5.2	40	94	1	324	28	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76811194--76811261	24	2.8	24	81	0	82	11	32	7	48	1.67
76813507--76813541	16	2.2	16	100	0	70	28	17	0	54	1.43
76815237--76815285	21	2.2	23	79	20	68	28	20	28	22	1.98
76815242--76815288	21	2.2	21	92	7	78	29	23	25	21	1.99
76817007--76817124	40	3.0	40	94	0	209	22	17	29	30	1.97
76817007--76817154	80	1.9	80	84	2	199	23	18	27	29	1.98
76820254--76820461	40	5.2	39	85	4	240	25	27	22	24	2.00
76823035--76823097	32	2.0	32	84	6	83	34	20	20	23	1.96
76823083--76823151	27	2.6	27	78	0	75	39	14	21	24	1.91
76823584--76823663	27	3.0	27	88	0	115	30	16	15	38	1.89
76826463--76826574	25	4.5	25	76	6	111	32	20	25	22	1.98
76829269--76829317	24	2.0	24	84	11	64	40	6	10	42	1.63
76830292--76830318	14	1.9	14	100	0	54	51	25	14	7	1.68
76831743--76831933	83	2.4	79	79	11	224	18	13	20	47	1.82
76832148--76832180	3	11.0	3	100	0	66	33	33	33	0	1.58
76836015--76836057	17	2.4	18	84	7	61	34	0	0	65	0.93
76836101--76836158	21	2.8	22	85	10	70	24	0	6	68	1.13
76836130--76836187	24	2.4	24	81	13	66	29	0	3	67	1.07
76836847--76836879	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
76836850--76836901	25	2.1	25	86	10	72	48	3	0	48	1.20
76837420--76837469	26	1.9	26	83	0	64	54	20	16	10	1.70
76839647--76839770	28	4.5	26	83	8	140	28	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76839647--76839771	54	2.3	55	83	10	150	28	26	16	29	1.96
76854502--76854546	23	2.0	22	82	4	54	17	11	0	71	1.14
76854811--76854852	21	2.0	22	85	4	59	23	7	4	64	1.38
76857308--76857354	24	2.0	24	82	0	58	53	23	12	10	1.70
76860523--76860623	53	1.9	53	95	0	184	22	16	5	54	1.64
76861038--76861171	46	2.9	46	88	0	196	31	17	26	25	1.97
76862575--76862599	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76862692--76862764	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
76870591--76870663	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
76872355--76872384	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
76877495--76877741	40	6.2	40	87	3	313	25	27	22	24	2.00
76880771--76880934	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76880771--76880968	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
76888350--76888513	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76888350--76888547	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
76891377--76891410	17	2.0	17	88	0	50	23	5	0	70	1.09
76891800--76891839	3	13.3	3	84	10	55	30	5	0	65	1.14
76891800--76891855	27	2.1	27	83	6	69	28	5	0	66	1.14
76891800--76891839	21	2.0	21	90	5	64	30	5	0	65	1.14
76891800--76891855	24	2.3	24	81	6	69	28	5	0	66	1.14
76892216--76892251	19	2.0	17	89	10	54	44	13	22	19	1.86
76895205--76895291	27	3.3	27	79	4	88	29	24	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76895261--76895339	27	3.0	27	73	1	70	30	26	10	32	1.89
76897383--76897442	28	2.2	26	77	11	66	28	25	11	35	1.91
76897397--76897459	28	2.2	28	91	0	99	30	26	11	31	1.91
76899594--76899801	40	5.2	40	81	2	222	25	26	21	25	2.00
76904650--76904801	40	3.8	40	87	5	184	24	23	27	24	2.00
76908363--76908395	14	2.3	15	94	5	59	24	39	21	15	1.91
76908378--76908534	28	5.6	28	70	6	120	27	34	20	17	1.95
76908311--76908450	71	2.0	71	94	0	244	28	35	19	17	1.94
76908405--76908506	29	3.6	29	69	7	100	28	37	17	16	1.92
76908378--76908536	57	2.8	57	91	0	257	27	34	20	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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