genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94471049--94471649	149	4.0	150	97	1	1109	25	20	22	31	1.98
94479793--94479837	23	2.0	23	90	0	72	24	17	13	44	1.85
94481375--94481418	17	2.5	17	81	3	52	68	2	2	27	1.14
94481608--94481713	33	3.2	33	69	10	81	57	7	6	28	1.51
94481608--94481712	32	3.2	31	69	19	79	58	6	6	28	1.49
94486798--94486839	16	2.7	15	82	13	57	69	2	0	28	1.01
94486799--94486837	19	2.1	19	95	0	69	69	2	0	28	1.02
94490941--94491006	6	11.3	6	77	18	59	45	0	19	34	1.51
94491812--94492081	45	6.0	45	89	2	380	19	17	20	41	1.90
94491808--94492087	92	3.1	91	87	2	395	20	17	20	42	1.90
94491812--94492081	137	2.0	134	88	2	396	19	17	20	41	1.90
94492067--94492116	6	8.2	6	86	4	73	20	18	14	48	1.82
94492067--94492124	18	3.2	17	80	9	62	18	18	15	46	1.84
94493005--94493033	13	2.2	13	100	0	58	62	0	6	31	1.22
94493085--94493134	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
94495022--94495080	29	2.0	29	96	0	109	42	18	11	27	1.85
94495096--94495225	59	2.2	59	97	0	242	34	11	13	40	1.81
94504395--94504424	6	4.8	6	95	4	51	46	3	0	50	1.18
94505022--94505073	27	1.9	27	84	7	70	44	1	3	50	1.31
94512055--94512092	19	2.1	18	85	14	51	10	28	50	10	1.70
94512601--94512646	18	2.6	17	83	10	56	26	2	4	67	1.21
94512805--94512840	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94512918--94512979	23	2.6	24	76	19	67	32	6	4	56	1.46
94512973--94513010	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
94513084--94513133	23	2.1	25	85	7	68	28	4	12	56	1.54
94513477--94513528	21	2.5	21	80	0	59	28	3	5	61	1.37
94516049--94516075	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
94516350--94516378	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
94516404--94516457	18	3.1	18	72	5	56	44	0	3	51	1.19
94516440--94516511	20	3.7	19	75	12	74	38	1	5	54	1.33
94519380--94519433	22	2.7	21	78	18	62	37	0	0	62	0.95
94519382--94519443	13	4.4	14	78	21	51	33	0	0	66	0.92
94520040--94520086	17	2.7	17	80	9	51	25	4	0	70	1.05
94526404--94526433	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
94532048--94532083	10	3.6	10	88	11	56	61	0	27	11	1.30
94534709--94534748	20	2.0	20	90	0	62	65	2	0	32	1.06
94535006--94535067	13	5.0	13	71	15	51	32	1	1	64	1.13
94535029--94535079	23	2.3	22	80	12	59	35	0	3	60	1.15
94538638--94538675	19	2.0	19	100	0	76	26	5	21	47	1.71
94538983--94539291	114	2.7	112	80	8	356	36	11	18	33	1.86
94538987--94539337	114	3.1	114	75	10	349	36	10	19	33	1.86
94542126--94542152	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
94542242--94542275	17	2.0	17	100	0	68	17	0	41	41	1.50
94545781--94545809	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94548850--94548929	29	2.6	30	88	5	108	32	0	12	55	1.38
94548849--94548940	29	3.1	29	82	7	78	32	1	11	54	1.44
94552979--94553065	45	1.9	46	83	2	113	54	2	4	39	1.34
94555256--94555349	29	3.2	30	75	4	93	27	8	6	57	1.53
94560058--94560094	17	2.2	17	90	0	56	43	0	8	48	1.32
94573448--94573492	20	2.2	21	88	4	65	48	8	2	40	1.47
94577209--94577259	6	8.5	6	100	0	102	0	66	0	33	0.92
94587669--94587739	13	4.6	14	71	27	54	26	0	4	69	1.07
94587704--94587749	21	2.1	22	84	11	60	23	0	4	71	1.03
94588266--94588312	16	3.5	13	81	18	60	78	0	6	14	0.93
94588272--94588316	14	3.1	14	79	14	56	77	0	6	15	0.96
94601313--94601722	137	3.0	134	77	10	411	37	7	8	46	1.64
94601981--94602030	20	2.5	19	81	15	57	42	2	0	56	1.11
94603403--94603435	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
94605457--94605674	40	5.5	40	86	2	271	22	23	28	24	2.00
94612906--94612935	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
94613755--94613972	40	5.5	40	85	2	262	23	22	27	25	2.00
94621242--94621286	23	2.0	23	100	0	90	31	31	17	20	1.96
94623512--94623553	20	2.0	20	86	4	57	52	7	11	28	1.64
94626057--94626375	137	2.3	138	84	8	420	36	7	10	45	1.67
94626698--94626736	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
94627088--94627137	20	2.6	20	90	6	77	52	6	0	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94627234--94627307	38	2.1	37	85	10	100	50	9	9	31	1.67
94631760--94631798	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
94632145--94632178	7	4.9	7	100	0	68	85	0	0	14	0.60
94632756--94632837	41	2.0	41	100	0	164	31	14	14	39	1.87
94636320--94636373	20	2.7	21	80	11	60	48	3	1	46	1.30
94636761--94636809	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
94639862--94639945	26	3.2	25	91	3	123	33	5	22	38	1.79
94641383--94641457	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
94641561--94641672	27	4.2	27	82	5	120	16	23	23	36	1.94
94641559--94641672	54	2.1	54	88	4	169	16	22	23	36	1.94
94645626--94645734	26	4.2	26	96	1	184	33	5	23	36	1.78
94647348--94647460	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
94647346--94647460	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
94648456--94648535	36	2.2	36	95	0	142	25	27	26	21	1.99
94649698--94649733	18	2.0	18	88	0	54	25	5	2	66	1.27
94652087--94652128	18	2.3	18	80	8	50	61	2	7	28	1.35
94652467--94652514	21	2.4	19	78	21	53	60	6	0	33	1.22
94652544--94652621	26	2.8	26	75	17	77	57	5	2	34	1.34
94652547--94652622	30	2.5	29	76	18	82	56	5	2	35	1.36
94652680--94652731	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
94653053--94653099	15	3.2	15	79	11	53	61	0	6	31	1.21
94654124--94654197	37	2.0	36	89	2	112	13	4	47	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94656472--94656545	37	2.0	36	89	2	112	13	4	47	35	1.62
94660909--94660993	30	2.8	30	90	0	134	24	48	3	23	1.67
94661559--94661632	2	38.5	2	75	12	57	39	2	1	56	1.22
94661559--94661632	14	5.5	14	75	15	75	39	2	1	56	1.22
94661650--94661708	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
94661666--94661714	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
94661867--94661914	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
94661867--94661918	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
94663484--94663519	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
94670231--94670405	71	2.5	69	84	5	201	29	13	22	34	1.92
94670499--94671044	140	3.9	140	93	1	898	25	16	19	38	1.93
94670882--94670915	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
94671049--94671189	72	2.0	72	100	0	282	32	16	18	32	1.93
94671143--94671238	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
94670964--94671463	274	1.8	272	87	3	754	31	16	18	33	1.93
94671071--94671310	121	2.0	121	95	0	435	30	16	18	33	1.94
94671192--94671545	78	4.7	75	87	5	448	31	17	18	32	1.94
94671192--94671545	153	2.4	150	86	4	464	31	17	18	32	1.94
94671467--94671641	96	1.8	96	85	2	244	29	20	18	31	1.97
94671563--94671923	80	4.5	77	74	10	283	29	16	19	34	1.94
94671907--94671965	30	2.0	30	90	6	93	22	10	25	42	1.84
94671319--94672169	251	3.5	245	82	7	792	29	16	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94672056--94672209	75	2.0	76	82	3	186	25	18	20	35	1.95
94673055--94673139	30	2.8	30	90	0	134	24	48	3	23	1.67
94673705--94673776	2	36.5	2	73	13	51	38	2	2	55	1.29
94673673--94673722	23	2.2	23	82	7	57	38	4	6	52	1.45
94673709--94673776	22	3.0	24	78	10	63	38	2	2	55	1.30
94673799--94673857	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
94673815--94673863	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
94674017--94674064	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
94674017--94674068	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
94674858--94674891	16	2.1	16	88	0	50	88	0	11	0	0.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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