Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  316  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93170715--93170746
2
16.5
2
93
6
57
53
0
0
46
1.00
93171196--93171225
15
1.9
16
93
6
53
10
3
33
53
1.51
93171597--93172552
205
4.7
205
91
0
1468
29
22
17
30
1.97
93180958--93180990
16
2.1
16
88
11
50
60
12
6
21
1.53
93181755--93181793
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
93182225--93182254
15
1.9
16
93
6
53
10
3
33
53
1.51
93183189--93183221
10
3.4
10
87
4
50
18
6
0
75
1.00
93183959--93184028
3
23.7
3
74
8
54
34
4
2
58
1.32
93184066--93184119
26
2.1
25
83
10
65
27
11
1
59
1.42
93184127--93184171
3
15.3
3
86
4
65
33
4
0
62
1.15
93184127--93184167
14
2.8
15
92
7
75
34
4
0
60
1.18
93184078--93184145
26
2.5
28
75
15
70
30
10
0
58
1.31
93184345--93184610
3
88.7
3
76
6
209
30
7
1
60
1.34
93186282--93186330
25
2.0
25
100
0
98
44
0
20
34
1.52
93187688--93187747
29
2.1
28
87
6
84
45
5
0
50
1.23
93187737--93187773
17
2.1
17
90
5
56
45
0
0
54
1.00
93188219--93188243
6
4.2
6
100
0
50
52
0
0
48
1.00
93188243--93188288
23
2.0
23
100
0
92
30
13
8
47
1.72
93189086--93189111
3
8.7
3
100
0
52
0
34
0
65
0.93
93192699--93192798
45
2.2
45
80
3
121
27
24
15
34
1.94
93195602--93195642
20
2.0
20
85
4
55
12
7
21
58
1.58
93196299--93196347
19
2.9
16
82
17
55
36
0
2
61
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93199593--93199649
11
5.8
10
76
17
57
56
1
0
42
1.10
93199589--93199651
18
3.3
18
74
23
58
57
1
0
41
1.08
93199593--93199651
21
3.0
21
81
16
72
55
1
0
42
1.09
93199593--93199651
10
5.9
11
74
18
58
55
1
0
42
1.09
93199887--93199922
18
2.0
18
94
0
63
47
2
0
50
1.15
93199988--93200020
17
1.9
17
93
0
57
27
0
0
72
0.85
93200649--93200719
17
4.2
16
73
20
56
70
2
1
25
1.09
93200760--93200864
52
2.0
52
98
0
201
42
7
8
40
1.64
93200762--93200844
25
3.2
25
62
18
62
46
6
7
39
1.56
93201973--93202009
12
2.9
14
84
15
53
59
5
0
35
1.20
93203366--93203597
116
2.0
116
99
0
455
29
19
17
33
1.95
93210949--93211001
25
2.1
26
89
3
81
71
0
0
28
0.86
93210961--93210996
14
2.6
14
81
0
54
75
0
0
25
0.81
93212447--93212486
17
2.3
17
86
4
53
17
42
27
12
1.85
93214789--93214821
17
1.9
17
93
0
57
33
6
0
60
1.21
93215180--93215222
23
2.0
21
86
9
59
27
9
6
55
1.57
93215491--93215536
2
23.5
2
86
4
67
47
2
2
47
1.26
93221213--93221376
81
2.0
81
97
0
310
43
12
10
32
1.78
93225823--93225861
2
20.0
2
94
5
71
48
0
0
51
1.00
93244032--93244188
44
3.6
42
72
14
104
36
21
22
19
1.95
93244016--93244229
88
2.5
86
81
7
243
36
21
20
21
1.95
93244327--93244623
87
3.4
87
94
1
526
36
19
21
22
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93244336--93244712
44
8.7
43
76
8
275
35
20
22
22
1.96
93247314--93248009
333
2.1
333
78
4
690
31
18
17
32
1.94
93250099--93250204
26
4.2
26
92
4
189
31
6
26
35
1.82
93250099--93250204
50
2.1
51
94
3
187
31
6
26
35
1.82
93253507--93253552
24
1.9
24
86
0
65
45
4
8
41
1.55
93254834--93254869
18
2.1
16
90
10
54
0
36
0
63
0.94
93257111--93257170
20
3.0
20
72
15
61
51
0
1
46
1.10
93257124--93257176
21
2.6
21
85
8
65
54
0
1
43
1.11
93257127--93257180
10
5.1
11
76
14
51
51
0
1
46
1.11
93263523--93263562
18
2.4
17
87
8
55
25
7
0
67
1.16
93263635--93263679
20
2.2
20
84
4
54
53
0
4
42
1.21
93263840--93263871
16
2.0
16
100
0
64
43
18
6
31
1.75
93264825--93264880
21
2.8
21
86
7
73
39
0
8
51
1.33
93265056--93265094
16
2.4
16
82
0
51
10
5
2
82
0.93
93266349--93266391
14
3.1
13
80
12
50
16
2
25
55
1.53
93268375--93268422
23
2.1
23
84
0
60
37
8
18
35
1.81
93271271--93271305
18
1.9
18
100
0
70
48
0
11
40
1.39
93271569--93271605
18
2.1
18
100
0
74
16
37
21
24
1.93
93271571--93271614
18
2.4
18
92
0
70
18
43
20
18
1.89
93273322--93273368
21
2.3
21
85
10
62
34
0
2
63
1.06
93273407--93273437
13
2.3
14
94
5
55
41
0
6
51
1.27
93273693--93273735
21
2.1
20
86
4
59
34
11
4
48
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93292499--93292644
53
2.7
53
90
4
213
29
28
15
26
1.96
93294937--93294997
30
2.0
30
87
0
86
39
8
22
29
1.83
93295414--93295453
16
2.5
16
100
0
80
17
20
27
35
1.95
93304862--93304888
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
93304862--93304905
16
2.8
17
86
10
58
40
2
0
56
1.11
93304931--93304986
23
2.5
21
83
11
67
35
1
3
58
1.26
93305004--93305043
16
2.5
16
83
0
53
30
5
0
65
1.14
93305700--93305774
33
2.3
33
93
2
134
26
12
5
56
1.57
93307627--93307655
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
93309711--93309742
2
16.0
2
93
0
55
50
3
0
46
1.17
93310979--93311045
33
2.0
33
100
0
134
29
20
19
29
1.97
93311926--93312051
19
6.9
19
84
10
183
36
15
11
36
1.84
93311926--93312043
35
3.3
35
92
3
191
36
15
11
36
1.84
93314498--93314532
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
93322111--93322272
26
6.2
26
90
1
245
35
23
6
34
1.80
93322111--93322272
78
2.1
78
94
0
279
35
23
6
34
1.80
93322785--93322815
12
2.5
13
89
10
55
70
0
6
22
1.09
93324168--93324281
3
38.7
3
68
19
62
33
1
0
64
1.10
93324154--93324286
20
6.7
19
69
20
69
31
3
0
64
1.14
93324230--93324281
7
8.0
7
77
16
58
38
0
0
61
0.96
93324293--93324330
14
2.8
14
84
4
51
34
7
0
57
1.28
93324464--93324530
27
2.5
27
79
13
68
40
2
0
56
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93325808--93327669
685
2.6
686
81
9
2034
39
15
10
34
1.82
93327597--93327630
13
2.8
13
86
13
54
58
14
5
20
1.57
93328078--93328124
21
2.2
21
100
0
94
36
0
8
55
1.31
93329431--93329468
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
93330151--93330224
30
2.4
30
80
10
80
37
18
8
35
1.81
93330769--93330834
31
2.1
31
83
5
80
37
1
19
40
1.61
93337071--93337108
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
93346267--93346316
21
2.4
21
81
12
59
44
2
2
52
1.24
93346657--93346803
54
2.7
53
87
4
204
27
29
13
28
1.94
93348334--93348373
20
2.1
20
86
9
57
37
0
2
60
1.11
93352561--93352587
12
2.2
12
100
0
54
14
18
25
40
1.89
93358956--93359014
21
2.9
19
74
23
50
44
3
11
40
1.58
93359242--93359294
27
2.0
27
85
7
72
26
9
9
54
1.63
93359592--93359661
35
2.0
35
97
0
131
21
11
18
48
1.79
93363655--93363693
18
2.3
18
86
8
55
56
0
7
35
1.28
93375676--93375714
18
2.2
18
95
0
69
30
23
0
46
1.53
93375819--93375856
18
2.1
18
95
0
67
44
0
0
55
0.99
93375960--93375999
16
2.5
17
84
12
57
50
0
0
50
1.00
93381380--93381445
18
3.7
18
95
0
114
33
13
13
39
1.84
93381869--93382040
72
2.4
71
82
4
229
25
7
13
54
1.65
93383454--93383488
12
2.9
12
95
0
61
25
2
42
28
1.69
93384071--93384157
13
6.7
13
87
0
129
39
28
6
25
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93385962--93385997
9
3.9
9
89
7
54
80
0
2
16
0.83
93390420--93390450
9
3.3
9
91
8
53
77
0
3
19
0.90
93392007--93392042
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
93391994--93392034
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
93392157--93392291
39
3.4
38
73
8
101
28
28
20
23
1.99
93392531--93392569
18
2.1
19
90
4
62
48
10
0
41
1.37
93393885--93393937
5
10.0
5
80
11
61
56
1
0
41
1.10
93393884--93393939
12
4.5
12
81
16
69
55
1
0
42
1.10
93398464--93398499
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
93398451--93398491
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335