Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  83  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27490640--27490667
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2
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0
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0
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0
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0
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1.11
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0
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27499696--27499723
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2.2
13
100
0
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21
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28
1.98
27508791--27508962
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1.8
93
96
0
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20
21
29
27
1.98
27516353--27516528
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
27516350--27516521
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
27520118--27520289
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11
23
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2.4
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212
32
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23
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11
23
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0.90
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0
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0.84
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132
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431
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26
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7.0
6
88
0
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2
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4
11.0
4
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0
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2
25
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
1
35
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23
1.9
22
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4
59
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6
4
16
1.24
27553300--27553342
11
3.8
12
84
9
54
72
6
4
16
1.24
27553328--27553378
22
2.3
22
75
0
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1.50
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21
100
0
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0
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2.0
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0
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2.0
21
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2.1
17
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2.1
17
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2.0
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6.0
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30
1.9
31
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84
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20
3
49
1.65
27583223--27583291
30
2.3
31
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7
79
27
18
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1.71
27587640--27587710
29
2.4
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2
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39
0
39
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2
94
0
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48
2
0
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1.15
27597531--27597613
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53
3
0
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1.18
27602162--27602342
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3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
27602164--27602334
93
1.8
93
96
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315
20
22
29
27
1.98
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13.3
3
100
0
80
32
0
0
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0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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2.0
49
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19
25
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1.99
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2.1
21
95
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1.63
27629965--27630001
8
4.6
8
100
0
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13
27
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2
100
0
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0
0
50
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158
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15
11
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2.0
23
87
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30
4
32
32
1.77
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2.2
22
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30
2
32
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1.69
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3
18
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0
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17
22
29
1.97
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26
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1.75
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5
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5
67
29
1
0
69
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
27677234--27677320
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0
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0
0
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1.00
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13
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0
0
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0
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0
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23
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1.92
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38
91
0
132
33
27
19
20
1.96
27693280--27693322
3
14.7
3
95
4
79
67
0
0
32
0.91
27696509--27696838
48
6.9
48
72
6
238
23
29
19
27
1.98
27696508--27696741
96
2.4
96
87
2
328
22
29
20
27
1.99
27696508--27696832
96
3.4
96
78
6
275
23
29
19
27
1.98
27696520--27696842
144
2.2
143
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4
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23
29
18
27
1.98
27702572--27702607
6
6.0
6
86
0
54
2
19
13
63
1.41
27703142--27703187
22
2.1
22
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58
54
0
2
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1.12
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16
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16
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0
0
55
0.99
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22
2.1
22
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0
5
29
1.17
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15
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15
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2
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1.28
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105
2.5
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7
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51
16
0
31
1.48
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16
2.1
18
89
10
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62
8
0
28
1.24
27736505--27736552
23
2.0
24
81
18
57
58
0
2
39
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27737207--27737275
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2.1
33
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0
111
44
13
15
26
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2
17.5
2
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0
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48
0
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0
1.00
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2.0
17
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5
50
33
3
12
51
1.54
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43
2.0
43
83
0
107
38
16
24
20
1.92
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50
2.7
50
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5
159
37
14
25
22
1.92
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4.8
6
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0
58
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0
0
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1.00
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4
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1.30
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90
2.1
90
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210
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25
1.58
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2.3
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0
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0
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1.51
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24
25
14
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1.93
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101
2.2
104
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6
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24
24
14
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1.93
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48
3.1
48
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158
22
27
13
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1.92
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2.1
31
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0
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25
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24
5.0
24
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27757301--27757419
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2.5
48
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8
163
26
23
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1.99
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20
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20
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0
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25
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31
2.1
31
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0
101
23
25
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20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
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1.88
27767226--27767332
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3.2
33
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0
12
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27767383--27767905
127
4.2
126
84
4
603
36
16
17
30
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27770065--27770114
25
2.0
26
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4
0
40
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27770071--27770118
24
2.0
23
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15
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54
4
0
41
1.20
27770071--27770120
25
2.0
24
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11
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54
4
0
42
1.19
27770549--27770591
18
2.4
18
88
0
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9
25
20
1.81
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21
2.1
22
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0
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2.0
22
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4
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25
2.0
25
95
0
89
44
24
12
18
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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