Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  293  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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839
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1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
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Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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253
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20
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17
22
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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163
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21
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2.9
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40
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87985871--87986217
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18
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1.93
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2.6
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7
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57
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26
1.55
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26
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0
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24
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29
27
13
28
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88002114--88002139
13
2.0
13
100
0
52
38
23
23
15
1.92
88002501--88002653
83
1.9
82
90
4
245
33
18
19
27
1.96
88003240--88003266
12
2.2
12
100
0
54
14
0
0
85
0.61
88007691--88007724
18
1.9
17
94
5
59
20
0
0
79
0.73
88009815--88009896
41
2.0
41
100
0
164
43
14
2
39
1.59
88010173--88010232
21
3.0
20
73
4
66
45
23
21
10
1.82
88010248--88010307
20
3.0
20
80
4
86
45
23
23
8
1.80
88010217--88010307
39
2.3
39
92
0
146
45
21
20
12
1.84
88010242--88010301
19
3.1
19
80
4
84
45
23
21
10
1.82
88021522--88021575
25
2.2
25
83
6
65
53
5
1
38
1.35
88021946--88021991
19
2.4
19
85
7
58
32
4
2
60
1.28
88028784--88028819
15
2.3
16
90
4
56
44
0
11
44
1.39
88031797--88031823
13
2.1
13
100
0
54
48
14
14
22
1.81
88033510--88033560
22
2.4
22
83
6
61
56
1
3
37
1.29
88034099--88034145
21
2.4
19
80
16
51
59
14
2
23
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88034579--88034631
28
1.9
27
81
11
63
50
24
5
18
1.68
88036387--88036484
45
2.2
45
96
1
178
58
5
14
22
1.56
88041248--88041299
24
2.2
23
83
10
61
55
3
1
38
1.29
88041381--88041460
29
2.7
29
79
11
90
31
6
10
52
1.59
88042860--88042900
11
3.7
11
80
0
55
19
14
9
56
1.66
88042937--88043000
31
2.1
31
91
2
103
25
4
12
57
1.54
88044241--88044293
26
2.0
27
85
7
74
22
15
22
39
1.91
88045782--88045890
26
4.2
26
98
0
209
34
25
7
32
1.84
88048652--88048700
16
3.3
16
67
21
52
26
8
4
61
1.42
88050501--88050748
3
82.7
3
68
15
79
26
6
5
61
1.43
88050525--88050569
17
2.6
17
85
0
54
24
8
6
60
1.51
88050852--88050900
3
17.0
3
83
8
66
30
0
2
67
1.02
88050861--88050900
17
2.4
17
95
0
71
32
0
0
67
0.91
88050951--88050993
3
14.3
3
95
0
77
32
0
2
65
1.06
88051080--88051196
25
4.8
22
76
15
90
32
4
5
58
1.40
88051292--88051388
40
2.5
38
78
20
96
36
6
2
55
1.36
88051274--88051384
12
9.3
12
67
21
56
36
4
1
56
1.30
88051511--88051544
13
2.6
14
86
13
54
38
0
5
55
1.24
88052777--88052816
20
2.0
20
100
0
80
35
10
10
45
1.71
88059633--88059761
50
2.5
51
87
2
188
34
17
23
25
1.96
88059737--88059885
31
4.8
31
87
3
210
28
20
26
25
1.99
88059912--88060058
47
3.1
46
81
3
159
29
14
23
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88059912--88060079
49
3.5
49
78
11
170
29
16
23
30
1.96
88070047--88070085
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92
88071720--88071752
2
16.5
2
93
0
57
48
0
3
48
1.17
88071746--88071829
39
2.3
36
78
11
89
54
4
5
34
1.46
88072279--88072384
25
4.6
25
70
15
93
5
1
25
66
1.23
88072279--88072361
42
1.9
44
90
7
134
6
2
27
63
1.30
88073212--88073273
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
88073364--88073398
14
2.6
14
90
4
54
51
5
14
28
1.65
88073255--88073716
164
2.7
164
77
10
409
33
18
17
29
1.94
88073643--88073803
74
2.1
74
87
6
236
29
20
21
28
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335