genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80147049--80147109	29	2.1	29	85	8	81	60	3	3	32	1.29
80147933--80147976	24	1.9	24	86	9	65	75	13	2	9	1.14
80149321--80149364	19	2.2	20	88	4	63	50	0	13	36	1.42
80150760--80150809	22	2.3	22	96	0	91	30	4	22	44	1.71
80162371--80162676	46	6.5	47	78	10	249	28	18	30	22	1.97
80162371--80162682	47	6.7	47	76	11	232	28	18	30	22	1.97
80166399--80166453	28	1.9	29	92	3	94	14	23	47	14	1.81
80177593--80177632	20	2.0	20	100	0	80	50	20	5	25	1.68
80179582--80179665	29	2.9	29	87	1	125	30	27	13	28	1.94
80185582--80185657	23	3.3	23	75	5	82	34	18	23	23	1.96
80191032--80191089	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
80191430--80191784	47	7.6	45	73	15	219	27	20	29	22	1.99
80191433--80191788	94	3.8	91	79	10	350	27	20	29	22	1.99
80199293--80199332	20	1.9	22	90	10	66	7	17	0	75	1.03
80205783--80206105	27	12.0	27	83	2	328	40	18	11	29	1.85
80205783--80206100	54	5.9	54	86	2	426	40	18	11	29	1.85
80205783--80206105	81	4.0	81	81	3	373	40	18	11	29	1.85
80206600--80206671	32	2.2	32	83	9	94	22	18	22	37	1.94
80209775--80210124	81	4.3	80	88	5	449	40	17	12	29	1.87
80209775--80210114	27	12.6	27	84	2	362	40	17	12	29	1.86
80210541--80210630	27	3.3	27	72	6	83	24	21	15	38	1.92
80210616--80210676	32	1.9	32	89	0	95	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80215352--80215383	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
80225934--80225980	23	2.0	23	100	0	94	57	12	4	25	1.54
80229031--80229060	15	2.1	14	93	6	51	13	30	0	56	1.37
80234338--80234390	26	2.0	27	88	3	81	45	18	13	22	1.84
80234339--80234392	27	2.1	27	86	6	76	46	16	14	22	1.84
80240117--80240206	46	2.0	45	86	4	128	32	27	20	20	1.97
80242578--80242653	15	5.1	15	84	6	84	57	17	15	9	1.63
80249846--80249923	27	2.9	27	76	0	84	34	17	19	28	1.95
80250042--80250082	18	2.3	18	83	8	57	17	41	26	14	1.88
80252471--80252508	18	2.1	19	85	5	51	63	21	0	15	1.31
80257223--80257317	36	2.6	36	80	16	101	58	0	3	37	1.14
80263426--80263503	32	2.4	32	95	4	140	46	11	15	26	1.80
80263554--80263610	28	2.0	28	100	0	114	45	7	17	29	1.75
80263882--80263921	21	1.9	21	94	0	71	35	10	15	40	1.80
80267499--80267739	47	5.1	47	92	0	383	33	11	29	26	1.91
80267546--80267624	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
80267528--80267646	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
80267620--80267695	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
80267710--80267845	50	2.8	48	85	8	202	36	7	25	30	1.83
80267528--80267792	141	1.9	139	84	6	347	33	11	28	26	1.91
80267704--80267866	50	3.3	50	80	14	192	33	7	27	30	1.86
80267992--80268100	37	2.9	37	93	0	173	22	20	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80270948--80271017	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
80270948--80271029	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
80273271--80273428	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
80273271--80273458	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
80280434--80280507	29	2.6	29	93	0	130	27	13	31	28	1.94
80280491--80280566	29	2.6	29	78	0	89	23	18	34	23	1.96
80285346--80285418	27	2.6	28	93	2	121	30	13	26	30	1.94
80285346--80285430	27	3.1	27	85	8	75	30	15	23	30	1.95
80287526--80287766	47	5.1	47	91	0	356	33	11	28	26	1.91
80287573--80287651	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
80287598--80287673	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
80287647--80287722	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
80287526--80287814	94	3.1	94	86	3	332	33	10	28	27	1.90
80287737--80287872	50	2.8	48	83	8	184	35	6	25	32	1.82
80287555--80287819	141	1.9	139	82	6	329	34	11	27	26	1.91
80287731--80287893	50	3.3	50	77	15	167	32	6	27	33	1.83
80288019--80288126	37	2.9	37	91	1	164	22	20	30	26	1.98
80299148--80299238	23	4.0	23	81	4	94	21	24	21	31	1.98
80299129--80299224	23	4.2	23	81	9	97	23	26	17	32	1.97
80299129--80299224	45	2.1	46	84	3	122	23	26	17	32	1.97
80302480--80302693	40	5.4	40	91	2	326	24	22	27	25	2.00
80309466--80309555	44	2.0	44	100	0	180	38	8	24	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80310667--80310882	40	5.5	40	91	2	332	23	22	27	25	2.00
80314631--80314655	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
80315259--80315304	22	2.1	22	100	0	92	56	8	4	30	1.49
80322062--80322186	43	2.9	43	83	3	135	28	15	22	33	1.94
80322111--80322217	43	2.5	43	78	0	115	28	16	23	31	1.96
80322978--80323027	22	2.3	20	78	18	55	20	4	26	50	1.66
80324427--80324541	46	2.6	44	87	8	155	25	28	24	21	1.99
80324534--80324732	38	5.2	38	94	0	335	30	25	23	21	1.99
80341593--80341775	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
80349403--80349583	40	4.6	40	82	6	172	23	26	22	27	2.00
80357283--80357465	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
80363568--80363672	28	3.8	27	77	8	77	23	23	20	31	1.98
80363597--80363860	28	9.4	27	75	14	180	24	23	20	31	1.98
80363631--80363849	57	3.9	57	77	11	202	24	22	20	32	1.98
80363604--80363808	86	2.4	86	83	11	244	25	23	20	30	1.98
80366206--80366350	43	3.4	42	80	7	168	31	29	15	22	1.95
80366206--80366378	43	4.0	43	78	4	163	32	28	16	22	1.95
80366209--80366368	86	1.9	86	83	6	209	31	30	14	23	1.94
80368335--80368530	42	4.5	42	71	12	153	29	25	17	28	1.97
80371504--80371563	26	2.3	26	85	5	86	20	20	21	38	1.94
80372851--80373021	93	1.8	93	89	0	270	20	21	30	28	1.98
80372855--80373029	46	3.8	45	77	7	181	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80376333--80376433	24	4.2	24	100	0	202	36	24	17	20	1.94
80383082--80383214	40	3.3	39	80	12	144	21	21	15	42	1.88
80383082--80383247	41	4.1	41	80	3	167	19	21	15	42	1.88
80392428--80392603	46	3.8	46	79	4	201	21	21	29	28	1.98
80392425--80392596	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
80395537--80395616	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
80395528--80395615	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
80398001--80398174	46	3.8	45	80	6	197	20	21	29	28	1.98
80402011--80402039	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
80408423--80408600	36	5.0	36	77	4	171	15	24	23	35	1.94
80408423--80408616	107	1.8	107	80	2	237	15	25	23	35	1.95
80420583--80420611	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
80424954--80424991	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80428335--80428367	2	16.5	2	93	0	57	45	3	0	51	1.16
80431090--80431140	21	2.5	21	87	3	68	33	9	15	41	1.80
80433667--80433723	21	2.7	21	80	0	69	26	21	31	21	1.98
80436786--80436810	9	2.8	9	100	0	50	24	8	12	56	1.62
80439224--80439344	40	3.0	40	81	0	143	19	24	16	38	1.92
80446529--80446577	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
80448558--80448674	10	12.4	9	71	11	56	64	2	1	30	1.16
80448558--80448675	20	6.3	19	71	12	84	64	2	1	31	1.17
80448304--80449184	468	1.9	467	85	5	1224	42	10	9	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80449016--80449066	9	5.6	9	82	15	52	74	1	1	21	1.02
80449080--80449135	20	2.8	21	81	8	71	64	1	1	32	1.14
80449163--80449250	46	1.9	46	92	0	149	29	19	11	39	1.86
80449518--80449623	18	5.8	18	71	17	67	63	0	2	33	1.16
80449507--80449624	27	4.2	28	69	13	75	63	1	2	32	1.18
80449515--80449624	10	12.0	9	69	22	61	62	0	2	33	1.15
80450248--80450287	21	2.0	21	85	5	55	22	25	42	10	1.84
80451491--80451872	48	7.9	48	81	1	433	26	26	17	28	1.97
80451493--80451872	96	3.9	96	90	1	573	26	27	17	28	1.98
80464224--80464372	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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