genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16285178--16285311	66	2.0	66	100	0	268	36	4	17	41	1.70
16286920--16287083	51	3.2	51	92	0	283	33	12	22	31	1.91
16289682--16289763	41	2.0	41	95	0	146	18	21	20	39	1.93
16293153--16293303	53	2.8	53	88	4	205	25	15	27	30	1.96
16295083--16295217	65	2.0	67	82	12	163	57	16	0	25	1.45
16295250--16295368	60	2.0	60	96	0	220	53	12	0	33	1.39
16297503--16297539	19	2.0	18	94	5	65	37	0	8	54	1.30
16297892--16297946	28	1.9	29	88	3	85	34	9	0	56	1.31
16297885--16297963	29	2.7	29	80	7	88	35	6	0	58	1.24
16298150--16298196	10	4.7	10	76	7	51	61	2	0	36	1.08
16298148--16298196	20	2.5	19	87	12	64	59	2	0	38	1.09
16298255--16298300	20	2.3	20	88	0	65	65	2	0	32	1.05
16298817--16298854	18	2.1	18	90	9	60	26	0	0	73	0.83
16298815--16298862	16	2.9	16	81	9	60	29	0	2	68	1.01
16300913--16300968	29	1.9	29	96	0	103	17	44	14	23	1.85
16301002--16301036	18	1.9	18	88	0	52	0	22	2	74	0.95
16314567--16314769	67	3.0	67	100	0	406	51	4	8	34	1.53
16327590--16327648	25	2.4	25	76	0	73	30	6	20	42	1.78
16340957--16341006	22	2.3	22	82	3	66	54	0	4	42	1.19
16340975--16341013	21	2.0	20	85	10	53	53	0	5	41	1.23
16346733--16346802	16	4.6	16	70	20	60	42	0	0	57	0.99
16346753--16346822	30	2.3	30	78	9	79	47	0	1	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16349709--16349849	69	2.0	69	98	0	273	28	12	24	34	1.92
16351784--16351845	26	2.4	27	78	13	67	62	1	3	32	1.20
16353933--16353980	23	2.0	25	92	8	82	56	0	0	43	0.99
16354343--16354377	2	17.0	2	88	5	52	45	0	2	51	1.16
16355907--16355948	4	10.0	4	85	10	57	26	2	26	45	1.66
16360266--16360331	31	2.1	31	83	8	80	39	16	12	31	1.85
16362646--16362670	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
16363718--16363748	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
16364692--16364788	39	2.5	39	80	5	108	23	22	27	25	2.00
16369788--16369827	20	2.0	20	95	0	71	50	0	2	47	1.14
16370039--16370083	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
16371972--16371996	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16383654--16383829	68	2.6	68	77	13	150	20	27	17	34	1.95
16387510--16387565	28	2.0	28	96	0	103	44	0	25	30	1.54
16388137--16388210	37	2.0	37	97	0	139	33	8	20	37	1.82
16392530--16392576	23	2.0	22	88	8	67	10	8	40	40	1.70
16393523--16393600	40	2.0	40	89	5	122	24	15	28	32	1.95
16393585--16393661	28	2.8	28	88	7	120	31	14	25	28	1.95
16398567--16398856	27	10.8	27	89	0	402	28	23	8	39	1.84
16398860--16399164	27	11.3	27	83	1	335	38	20	9	31	1.85
16399210--16399376	27	6.2	27	88	0	217	35	15	20	28	1.93
16399210--16399377	54	3.1	55	90	3	243	35	16	20	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16399583--16399677	25	3.8	25	92	0	154	26	26	21	26	1.99
16399898--16399979	29	2.7	30	74	9	87	32	21	21	23	1.98
16403549--16403613	21	3.0	22	72	22	73	38	21	20	20	1.94
16403801--16403834	16	2.1	17	88	5	52	35	26	0	38	1.57
16407172--16407205	17	2.1	16	88	5	50	35	14	11	38	1.83
16410947--16410989	6	7.0	6	81	2	50	76	0	20	2	0.89
16411880--16411979	38	2.5	42	73	12	102	24	19	28	29	1.98
16411880--16411991	39	2.8	40	76	8	113	24	19	25	30	1.98
16412114--16412138	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
16412134--16412174	18	2.3	18	87	8	57	48	0	21	29	1.50
16412663--16412700	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
16413724--16413780	29	2.0	29	92	0	96	31	31	12	24	1.92
16424665--16424690	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
16426882--16427016	39	3.4	38	73	8	101	29	27	20	22	1.98
16428539--16428573	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
16430805--16430839	5	6.6	5	87	12	52	77	0	0	22	0.78
16430805--16430839	16	2.2	16	90	10	54	77	0	0	22	0.78
16430805--16430837	11	2.9	12	91	8	52	75	0	0	24	0.80
16432005--16432037	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
16432327--16432361	17	2.0	18	88	5	54	42	11	0	45	1.40
16432808--16432889	41	2.0	41	95	0	146	30	20	8	40	1.82
16441776--16441826	24	2.1	24	100	0	102	45	7	15	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16446453--16446495	20	2.2	20	100	0	86	9	25	18	46	1.79
16446516--16446658	72	2.0	72	88	0	214	17	27	18	37	1.93
16446678--16446728	25	2.0	25	96	0	93	19	23	21	35	1.96
16449913--16449944	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
16463170--16463208	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
16464004--16464030	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
16474389--16474426	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
16476501--16476540	18	2.2	18	86	0	53	65	2	0	32	1.06
16476549--16476625	31	2.5	31	89	0	109	36	14	14	35	1.86
16477966--16477996	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
16490587--16490638	25	2.1	25	100	0	104	25	23	15	36	1.93
16496857--16496889	5	6.4	5	96	3	57	75	0	24	0	0.80
16498703--16498769	27	2.5	27	72	15	66	53	13	2	29	1.54
16505358--16505487	61	2.1	64	80	12	164	37	7	4	50	1.52
16508393--16508433	20	2.1	20	86	13	59	68	7	0	24	1.15
16508405--16508456	25	2.2	23	93	6	86	71	7	0	21	1.11
16516903--16516980	39	2.0	39	100	0	156	33	23	20	23	1.97
16517906--16517947	22	2.0	20	90	9	66	61	0	0	38	0.96
16517909--16517954	16	2.9	16	83	0	56	60	0	0	39	0.97
16517905--16517965	22	2.6	22	80	19	63	60	0	0	39	0.97
16517906--16517961	20	2.7	20	81	10	60	62	0	0	37	0.95
16520903--16520951	25	2.0	24	84	4	62	61	0	6	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16529806--16529970	53	3.1	53	87	5	219	26	15	28	30	1.96
16531548--16531576	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16531939--16532003	31	2.1	32	83	13	82	49	0	1	49	1.10
16539993--16540026	11	2.8	12	86	13	52	2	17	0	79	0.86
16543022--16543083	19	3.2	19	90	6	90	51	4	0	43	1.23
16543054--16543107	26	2.1	25	86	3	72	50	5	0	44	1.25
16543066--16543115	25	2.0	26	84	4	66	50	4	0	46	1.20
16544247--16544276	9	3.3	9	95	0	51	23	20	20	36	1.95
16556963--16556987	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
16557907--16557954	8	5.7	9	79	18	50	43	0	2	54	1.12
16557923--16557955	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
16559530--16559590	18	3.3	19	76	15	65	32	8	11	47	1.69
16559612--16559666	18	3.1	18	78	0	65	36	10	12	40	1.79
16559602--16559684	36	2.3	36	83	4	96	38	8	12	40	1.73
16577332--16577364	16	2.1	16	100	0	66	24	21	6	48	1.72
16584323--16584349	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
16589103--16589166	32	2.0	32	100	0	128	43	6	34	15	1.72
16590780--16590822	23	1.9	22	85	4	59	37	2	0	60	1.10
16606719--16606769	20	2.6	21	84	9	63	58	0	0	41	0.98
16608025--16608073	18	2.5	19	81	15	55	65	4	12	18	1.41
16610749--16610797	25	2.0	25	84	4	64	6	20	2	71	1.18
16612402--16612608	3	68.7	3	73	11	149	64	2	2	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16612841--16612915	17	4.6	17	79	12	95	18	0	49	32	1.48
16614056--16614115	29	2.1	29	90	0	93	41	13	15	30	1.85
16614301--16614341	21	2.0	21	95	0	73	24	21	29	24	1.99
16623675--16623825	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
16625747--16625784	20	1.9	20	84	10	51	42	13	21	23	1.88
16627741--16627791	25	2.0	25	100	0	102	37	7	27	27	1.84
16627695--16627837	71	2.0	71	93	0	241	37	12	25	23	1.90
16627772--16627896	46	2.7	46	87	2	162	41	16	23	19	1.90
16634029--16634055	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
16634492--16634563	30	2.4	30	83	4	83	4	8	65	22	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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